李晓晓
- 作品数：6 被引量：21H指数：3
- 供职机构：首都师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：北京市教委科技发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 日本百脉根■牛儿基■牛儿基氢化酶的电子克隆及进化分析
- 2006年
- 根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥牛儿基牛儿基氢化酶(GGH)基因cDNA序列为信息探针,搜索GenBank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到一个包含2个外显子和1个内含子的基因。以此基因序列BLAST检索GenBank中的est-others数据库获得了同源的EST片段。进行EST拼接后得到该基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ013361,由1 389 bp核苷酸组成,具有完整的开放阅读框架(ORF),推测编码蛋白为462个氨基酸。推导的氨基酸序列与大豆、截形苜蓿、烟草、拟南芥、小麦、水稻的牛儿基牛儿基氢化酶基因氨基酸序列的一致率分别为91%、89%、84%、81%7、3%、74%。该基因与叶绿素等的生物合成有关。
- 李晓晓李蕊李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：电子克隆EST
- 大豆尿黑酸叶绿基转移酶基因的克隆与进化分析被引量：8
- 2007年
- 采用基于EST的电子克隆方法,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)的尿黑酸叶绿基转移酶基因(Homogentisate phytyltransferase,HPT)cDNA序列为信息探针,对大豆的EST数据库进行同源检索筛选,获得了1 777 bp长大豆HPT基因的cDNA序列(GenBank登录号为:AY956421),经RT-PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,表明与电子克隆序列一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,173～1 408 bp),推测编码411个氨基酸的蛋白。该蛋白与拟南芥(Ara-bidopsis thaliana)、苜蓿(Medicago sativa)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、光合集胞蓝细菌(Synechocystis)的序列进行了比较,发现该基因具有保守性。
- 孟宪萍李晓晓李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：电子克隆EST数据库RT-PCR大豆
- 大豆酪氨酸氨基转移酶基因的克隆与表达分析被引量：1
- 2010年
- 采用电子克隆与实验克隆相结合的方法获得了大豆酪氨酸氨基转移酶基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ003328。序列分析结果表明,该cDNA序列含有一个编码425个氨基酸的完整的开放读码框,5′非翻译区具有多个同框终止密码子,3′端具有3个加尾信号和polyA尾巴。启动子区除含有通用核心元件外,还含有许多与光反应有关的作用元件。氨基酸序列比对和系统发育分析结果显示,不同物种之间酪氨酸氨基转移酶的氨基酸序列同源性较高。电子表达分析和RT-PCR组织表达分析结果表明,该基因的表达量与组织中叶绿体含量具有很高的关联,强光逆境能够上调该基因的表达。
- 胡英考李晓晓李雅轩蔡民华
- 关键词：大豆基因克隆
- 日本百脉根γ-生育酚甲基转移酶基因的电子克隆及进化分析被引量：4
- 2006年
- 根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学方法,以拟南芥-γ生育酚甲基转移酶cDNA序列为信息探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的日本百脉根基因组DNA序列——LjT44D21克隆。通过GENSCAN分析及序列拼接得到日本百脉根"γTMT基因的cDNA序列,GenBank的登陆号为DQ013360。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了44条日本百脉根的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长为1 077 bp,具有完整的开放阅读框架(1～1 077 bp)。推测编码蛋白为358个氨基酸,该蛋白序列与大豆、水稻、小麦、拟南芥、油菜、苜蓿和衣藻等物种的-γTMT蛋白质序列进行了同源性比较分析,具有很高的同源性。
- 孟宪萍李晓晓李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：Γ-生育酚甲基转移酶电子克隆EST
- 大豆维生素生物合成相关酶基因的克隆及对马铃薯的遗传转化
- 电子克隆(in silico cloning)，又称虚拟克隆(virtual cloning)，是近年来随着基因组计划和EST计划而日益发展起来的克隆基因的新方法。但由于受到序列资料丰富度的限制，在植物基因克隆领域应用仍...
- 李晓晓
- 关键词：电子克隆马铃薯
- 文献传递
- 大豆脱氢抗坏血酸还原酶基因的电子克隆及进化分析被引量：16
- 2007年
- 利用生物信息学和实验验证的技术路线,以拟南芥脱氢抗坏血酸还原酶基因cDNA序列为信息探针,对大豆EST数据库进行同源搜索,经同源性比对和序列组装,获得全长为955bp的大豆脱氢抗坏血酸还原酶基因的cDNA序列(GenBank登录号为DQ006810),经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆完全一致。该cDNA序列具有完整的开放阅读框架(ORF,36bp-815bp),推测编码蛋白为259个氨基酸。通过与几种植物脱氢抗坏血酸还原酶蛋白序列的比较,发现该基因具有较高的保守性。结果表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索筛选,拼接,是新基因克隆的一条有效途径。
- 李晓晓李蕊李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：大豆电子克隆EST
