樊粉霞
- 作品数：19 被引量：61H指数：5
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金中美新发和再发传染病合作项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 效应蛋白AvrPtoB调控植物免疫系统的结构基础
- 病原微生物利用效应蛋白提高植物宿主的易感性，然而植物已经进化了复杂的免疫机制，通过匹配疾病抗性蛋白监测入侵的病原微生物。宿主抗性蛋白精确的识别病原菌中的效应蛋白对引发植物防御响应非常重要。这种识别是高度特异的，经常引起快...
- 樊粉霞
- 关键词：超敏反应病原微生物
- 细菌双杂交系统的优化及其应用
- 2021年
- 细菌双杂交系统是一种用于检测体内蛋白质互作的方法,该方法互补腺苷酸环化酶功能,通过检测细胞表达的β-半乳糖苷酶LacZ的活性,分析蛋白质互作能力。但在应用过程中,发现存在操作繁琐、灵敏度低、难实现高通量操作等缺陷。本研究目的是对原有细菌双杂交进行优化,建立一种操作方便、可批量操作、具有较高灵敏度和能够实现实时监测的细菌双杂交系统,本研究成功构建由lacZ启动子控制的luxCDABE的报告质粒pBBR-lacZ-luxCDABE,引入原有的检测系统,新的判读标准并不影响原有的判读标准,本文通过快速灵敏地冷光观察菌落或测定菌液冷光值即可判读结果,优化后的双杂交系统,阳性对照组冷光值为阴性对照组的几十(霍乱弧菌为宿主)至几百倍(大肠杆菌为宿主),阴阳性结果判读差异明显,不仅节约实验成本,提高工作效率,又实现了连续监测。该系统不仅以大肠杆菌为宿主获得成功应用,宿主范围也扩展到霍乱弧菌。该系统通过质粒将lacZ启动子的拷贝数提高,减弱了非腺苷三磷酸(cAMP)因素引起的lacZ启动子活性的干扰,无需繁琐耗时的实验操作,为大批量的蛋白质互作分析及互作蛋白质的筛选提供了有利工具。
- 樊粉霞赵文轩阚飙
- 关键词：双杂交系统Β-半乳糖苷酶霍乱弧菌
- 利用实时荧光定量-聚合酶链反应方法检测粪便标本中的伤寒沙门菌被引量：2
- 2013年
- 目的建立针对粪便标本中伤寒沙门菌的检测方法,评价该方法的特异性、敏感性及检测下限,以提高感染人群粪便标本中伤寒沙门菌的检出率。方法根据伤寒沙门菌特异基因STY1633设计特异性引物,优化反应条件,建立实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qPCR)反应体系。利用92株常见的非伤寒病原菌及44株伤寒沙门菌的染色体DNA评价该方法的特异性和灵敏性,并对伤寒沙门菌的粪便模拟标本进行检测下限评价,同时利用10份伤寒患者粪便标本及48份其他病原所致发热和/或伴腹泻的患者粪便标本进行特异性、敏感性验证。结果利用本方法检测的伤寒沙门菌纯菌及伤寒患者标本均扩增阳性,其余的非伤寒沙门菌、致腹泻的其他5种肠道致病菌及引起发热症状的8种常见非肠道病原菌纯菌及相应患者标本均扩增阴性。在对纯伤寒沙门菌DNA检测中,qPCR法的最低检测限为500 fg/反应,相当于97个拷贝/反应。以粪便模拟样品提取DNA为模板的检测中,增菌前检测下限达104cfu/g,增菌后可达50 cfu/g。结论基于STY1633基因的实时荧光定量PCR方法在检测粪便中的伤寒沙门菌中具有很好的特异性、灵敏度,为伤寒沙门菌的快速诊断及某些不明原因发热及腹泻症状的病原初步鉴定提供了新的简便型手段,对于伤寒的早期诊断及预防控制提供了技术支持。
- 肖燕任志鸿樊粉霞阚飙祝丽玲闫梅英
- 关键词：伤寒沙门菌伤寒
- 全血中伤寒沙门菌RT-LAMP检测方法的建立被引量：7
- 2012年
- 目的建立反转录-环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)方法特异检测伤寒沙门菌。方法针对伤寒沙门菌fliC-d基因设计6条特异性引物,通过优化反应条件,建立检测该靶基因的RT-LAMP方法,利用48个血清型的纯培养伤寒和非伤寒沙门菌菌株、常见非沙门致腹泻病原菌以及发热为主要症状的8种常见病原菌RNA评价该方法的特异性及敏感性,同时对伤寒沙门菌全血模拟标本进行敏感性检测,并与rRT-PCR方法的敏感性进行比较。结果等温65℃条件下,30～60 min内可完成RT-LAMP检测反应,利用该方法检测44株伤寒沙门菌均阳性,除4种少见的非伤寒沙门菌血清型扩增阳性外,其余30种非伤寒沙门菌血清型、致腹泻的其他5种肠道致病菌以及发热为主要症状的8种常见非沙门菌也均扩增阴性。在对纯菌总RNA检测中,RT-LAMP的最低检测限为0.5 pg/反应,即97个拷贝/反应。在以全血模拟样品提取核酸为模板的检测中,敏感性达1 cfu/ml,比rRT-PCR检测低限高100倍。结论建立了敏感性高、特异性好的RT-LAMP检测血液中伤寒沙门菌的方法,为伤寒沙门菌感染的快速诊断及不明原因发热症状的病原初步鉴别提供了简便的手段,可用于对伤寒的早期诊断、预防控制及临床治疗。
- 樊粉霞王淑京娄静陈建才聂艳妮阚飙闫梅英
- 关键词：伤寒沙门菌伤寒
- 利用双重TaqMan荧光定量聚合酶链反应技术鉴别诊断粪便标本中的伤寒和甲型副伤寒沙门菌被引量：3
- 2014年
- 目的建立针对粪便标本中伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的检测方法,评价该方法的特异性、敏感性及检测下限,以提高感染人群粪便标本中两种病原的检出效率。方法分别根据伤寒沙门菌特异基因STY1633及甲型副伤寒沙门菌特异基因SPA4289设计特异性引物及探针,优化反应条件,建立双重TaqMan荧光定量聚合酶链反应(dual taqman fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR)体系。利用44株伤寒沙门菌、30株甲型副伤寒沙门菌、88株其他血清型沙门菌染色体DNA及引起发热的其他病原菌,评价该方法的特异性和灵敏性,并对伤寒沙门菌及甲型副伤寒沙门菌的粪便模拟标本进行检测下限评价,同时利用10份伤寒患者、20份甲型副伤寒患者及48份其他病原所致发热和/或伴腹泻的患者粪便标本进行特异性、敏感性验证。结果利用本方法检测的伤寒、副伤寒沙门菌纯菌及伤寒、甲型副伤寒患者标本扩增阳性,其余的非伤寒沙门菌、致腹泻的其他5种肠道致病菌及引起发热症状的8种常见非肠道病原菌纯菌及相应患者标本均扩增阴性。在对纯伤寒沙门菌DNA及甲型副伤寒沙门菌DNA检测中,双重TaqMan荧光定量PCR法的最低检测限分别为1 pg/反应(194拷贝/反应)及2.5 pg/反应(485拷贝/反应)。以粪便模拟样品提取DNA为模板的检测中,增菌前伤寒沙门菌检测下限达102cfu/g,增菌后可达1 cfu/g;增菌前甲型副伤寒沙门菌检测下限达104cfu/g,增菌后可达10 cfu/g。结论本研究建立了特异性好、灵敏度高的检测粪便中伤寒沙门菌及甲型副伤寒沙门菌的双重TaqMan荧光定量PCR方法,为伤寒及甲型副伤寒疾病的同时快速诊断及鉴别诊断、某些不明原因发热及腹泻症状的病原的初步鉴定提供了简易手段。
- 李杰肖燕樊粉霞阚飙闫梅英
- 关键词：伤寒沙门菌甲型副伤寒沙门菌
- 三氯化铁-聚偏氟乙烯膜滤器富集噬菌体方法的建立和评价
- 2023年
- 目的建立和评价基于三氯化铁-聚偏氟乙烯(FeCl_(3)-PVDF)膜滤器富集自然水体中噬菌体的方法。方法基于絮凝浓缩原理,利用铁离子絮凝结合膜过滤器建立从水样中回收噬菌体的方法。利用琼脂双层法测定噬菌体滴度、噬菌体荧光染色观察和实时荧光PCR反应等方法检测噬菌体的回收效率。采集不同来源的水体标本进行模拟实验评价富集效果,同时以医院排出污水作为实际水样,利用临床常见的耐药菌作为宿主指示菌,进一步分析FeCl_(3)-PVDF膜滤器富集方法对自然实际水样中噬菌体的富集效果。结果建立了铁离子浓度50 mg/L,采用PVDF膜滤器富集自然水体中噬菌体的方法。该方法对噬菌体的回收率为93%~100%;在多功能显微镜下观察发现富集后水样的噬菌体明显增多,酶标仪测定富集后水样荧光值约为富集前的13倍;对医院外排水实际水样浓缩处理后,浓缩组和未浓缩组噬菌体的分离阳性率分别为23%和4%,浓缩组荧光值为未浓缩组的2~24倍。结论FeCl_(3)-PVDF膜滤器方法可简便、高效快速地富集不同水体样本中噬菌体。
- 张华尧田哲唐宋周海健樊粉霞阚飙
- 关键词：噬菌体
- 紫龙金对BGC-823细胞增殖的抑制作用及对p16^INK4a启动子活性的影响被引量：5
- 2010年
- 利用记数法和Brdu脉冲标记法研究了紫龙金对细胞增殖的影响,western blot检测结果表明:紫龙金(3,4mg.mL-1)处理可明显抑制人胃癌BGC-823细胞的生长、提高BGC-823细胞中p16的表达水平.进一步利用含有p16INK4a启动子片段(-967^-165区域)及荧光素酶报告系统的载体pGL3-Basic-p16N研究了紫龙金对p16INK4a启动子活性的影响及其作用的分子机制,结果表明,紫龙金可能通过提高p16INK4a启动子活性而促进p16的表达,从而抑制细胞的增殖.
- 樊粉霞卫玮柳惠图张伟
- 关键词：紫龙金荧光素酶
- 4株霍乱弧菌非产毒株溶源性噬菌体pre-CTXΦ的基因组结构分析被引量：1
- 2019年
- 霍乱弧菌溶源性噬菌体CTXΦ携带霍乱毒素基因ctxAB,通过其结构基因gⅢ编码产生的PⅢ蛋白识别霍乱弧菌毒素共调菌毛(toxin co-regulated pilus,TCP)的主要结构亚单位TcpA,从而感染具有TCP的霍乱弧菌,使之成为产毒菌株。CTXΦ还有不携带ctxAB的前体pre-CTXΦ,根据CTXΦ基因组中调控基因rstR序列型不同,可分成不同的型别。在不同霍乱弧菌菌株的基因组中,已发现CTXΦ/pre-CTXΦ基因组及其亚型的多种组合排列方式。研究该噬菌体家族的基因组多样性,能够分析其进化及在霍乱弧菌产毒株形成中的作用。本研究发现了4株O1和O139群霍乱弧菌非产毒株具有pre-CTXΦ基因组及多样的rstR序列型,进一步对pre-CTXΦ在4株菌株中的基因组特征进行了分析。利用第3代基因测序法(短读长测序技术和单分子长读长测序技术),获得了4株菌株的基因组序列。利用长读长测序和拼接分析,精确地获得了具有长片段重复序列结构的pre-CTXΦ基因组排列,明确了4株测序菌株中多样的pre-CTXΦ基因组排列。在非产毒株基因组菌株VC3193中发现了携带古典型pre-CTXΦ;还在菌株VC702的pre-CTXΦ基因组中首次发现了肺炎克雷白菌的转座子结构(Gen Bank序列号:SRIL00000000)。在这4株测序菌株中,受体TcpA以及pre-CTXΦ的PⅢ蛋白也具有明显差异的序列,有TcpA和PⅢ新序列型,这提示了CTXΦ家族感染宿主菌的受体-配体相互识别的复杂对应关系。本研究丰富了对CTXΦ/pre-CTXΦ家族基因组及其整合排列的多样化认识,也为分析该溶源性噬菌体在不同遗传特征霍乱弧菌菌株间的水平转移和促使新产毒克隆形成方面提供了更多的证据。
- 李旭赵林樊粉霞李哲卢昕逄波阚飙
- 关键词：霍乱弧菌噬菌体基因组
- TaqMan-rRT-PCR检测猪霍乱沙门菌方法的建立和实验室评价被引量：1
- 2021年
- 目的基于猪霍乱沙门菌血清型特异性基因,建立TaqMan逆转录实时聚合酶链反应(TaqMan-rRT-PCR)检测猪霍乱沙门菌的方法。方法利用基因组序列比对筛选到猪霍乱沙门菌特有的基因SC0358,通过普通PCR及利用多种血清型沙门菌及非沙门菌菌株共计145株,评价该方法的菌株特异性,针对该基因设计TaqMan-rRT-PCR检测方法的引物,优化反应条件,建立针对该靶基因的TaqMan-rRT-PCR检测方法,以纯菌及血液模拟标本RNA为模板进行敏感性检测。结果利用该方法检测26株猪霍乱沙门菌均为阳性,其余菌株扩增均阴性,对纯菌RNA检测中,TaqMan-rRT-PCR的最低检测限度为5 fg/反应,约为10个拷贝/反应。对全血液模拟样品分析中,敏感性达25 cfu/mL。结论以猪霍乱沙门菌保守、特异基因SC0358建立的TaqMan-rRT-PCR方法,能够简便快捷区分猪霍乱沙门菌与其他血清型沙门菌,尤其能够区分与其有抗原式相同的丙型副伤寒沙门菌,此方法为猪霍乱沙门菌感染的快速诊断提供了简便的手段,可用于对猪霍乱沙门菌的早期诊断。
- 张景山李旭闫梅英阚飙樊粉霞
- 关键词：猪霍乱沙门菌TAQMAN
- 噬菌体裂解细菌过程中冷光实时监测活菌方法的建立
- 2021年
- 产毒素的霍乱弧菌Vibrio cholerae可导致严重腹泻,已引起7次全球大流行。对于烈性噬菌体清除霍乱弧菌的效果评价上,一般使用传统的活细胞培养计数及噬菌斑进行观察分析,但操作费时耗力,尤其不能实时获得菌株被裂解及残存细胞的数量变化。进一步探索简便、能够实时监测噬菌体裂解霍乱弧菌的方法是非常必要的。利用荧光报告质粒的策略、将可在霍乱弧菌中高表达生物冷光的质粒转化至O1血清群霍乱弧菌耐药菌株中,通过测定比较生物冷光以及活菌计数,实时分析了噬菌体对液体培养状态下霍乱弧菌的裂解效果,结果显示:冷光值作为监测指标与传统的活细胞计数方法有很高的相关性,通过测定霍乱弧菌耐药株的冷光值监测霍乱弧菌活细胞的数量,可实时分析噬菌体裂解霍乱弧菌过程中细菌残存数量。这种分析方法与菌落计数和噬斑形成观察相比,能够重复对同一样本进行无干扰的连续多时间点检测,没有经过再培养或噬斑形成的时间迟滞,有利于进行噬菌体与宿主菌相互作用的实时监测分析。
- 樊粉霞李旭阚飙
- 关键词：噬菌体霍乱弧菌实时监测相关系数
