胡建平
- 作品数：62 被引量：119H指数：6
- 供职机构：成都大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金四川省教育厅科学研究项目四川省教育厅资助科研项目更多>>
- 相关领域：医药卫生理学生物学农业科学更多>>
- HIV-1整合酶结构的研究进展
- 2011年
- 完整而确定的HIV-1整合酶结构在基于受体的抗AIDS药物设计中起着重要的作用。概述了HIV-1整合酶的结构和功能,并从片段结构、模建的全长聚集体以及同源体系3个方面综述了整合酶结构的研究进展。给出了各个代表性体系的应用价值。旨在对HIV-1整合酶抑制剂药物设计及筛选平台的建立提供一定的参考。
- 张智锦胡建平
- 关键词：HIV-1整合酶药物设计
- 谷氨酰胺结合蛋白构象变化的分子动力学模拟
- 2004年
- 从谷氨酰胺结合蛋白单体(GlnBp)和谷氨酰胺结合蛋白复合物(GlnBP-Gln)的晶体结构出发分别做600ps的对比分子动力学(MD)实验。从体系的分子结构,铰链区柔性和口袋区相互作用三个方面分析了该体系的构象开合机制。结果表明,构象闭合直接导致了体积收缩;复合物铰链区的较大柔性赋予构象闭合以结构基础;其中His156、Lys115、Ala67三个残基对于GlnBP特异性结合底物Gln起着重要作用,而Lys115和Asp10的相互作用对于构象的闭合十分重要,这些模拟结果与实验数据相吻合。
- 胡建平廖金花张知锦弓加文
- 关键词：分子动力学模拟
- 生物技术专业有机化学教学改革研究被引量：2
- 2011年
- 有机化学是本科生物技术专业的一门重要的专业基础课程。该文针对目前高校专业基础课课时压缩的情况，结合教学实践和体会，指出现有教学中的弊端，提出了改革探索与实践方案。
- 胡建平唐典勇杨述章杨勇罗元春
- 关键词：生物技术专业有机化学教学改革
- 二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究
- 2016年
- 目的研究二酮酸类化合物（diketoacids，DKAs）与HIV-1整合酶（integrase，IN）的分子识别机制和二者复合物的构象变化，为预测同类化合物抑制活性提供理论支持。方法使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接，得到一系列对接复合物模型。选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟，并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基。结果二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键，结合在由1141～M154，W61-L63和V77构成的口袋中，与实验数据吻合。基于分子动力学模拟轨迹做了结合自由能分解，其中范德华能项与IgIC50有较高的线性相关，结果表明该方程可用于此类化合物的活性预测。结论氢键是抑制剂维持活性及复合物稳定的重要作用力。结合自由能中的疏水作用与抑制活性有明确的相关性。对后续HIV-1整合酶抑制剂设计具有一定的指导意义。
- 杜文义胡建平左柯代田洋刘嵬梁立苟小军
- 关键词：HIV-1整合酶分子对接分子动力学模拟
- 指纹光谱病原菌快速检测研究进展与趋势被引量：1
- 2021年
- 病原菌检测对于保障饮用水和食品安全,应对突发公共卫生事件至关重要。现行检测标准或方法存在操作耗时费力,成本高等缺陷,难以满足现代社会高时效性要求,因此开发操作简单、低成本的病原菌快检技术迫在眉睫。近年来,随着激光技术和光电探测技术的高速发展,能够快速获取微生物指纹信息的激光光谱引起了研究者的广泛关注,其中表面增强拉曼光谱(SERS)和激光诱导击穿光谱(LIBS)由于具有快速、原位无损或微损检测等优点,在病原菌快速检测领域广受关注。SERS作为一种分子振动光谱技术,是在常规拉曼(Raman)光谱中引入具有光学信号放大作用的贵金属纳米结构,实现Raman信号数量级的提升同时能够猝灭荧光,因此可以快速获取目标分子的指纹光谱信息。然而受贵金属纳米粒子的材质、形貌、大小等自身属性,以及与待测物距离等多种因素的影响,重现性仍然是SERS在细菌检测中的一大瓶颈。LIBS作为一种新兴的原子发射光谱技术,具有多元素实时检测的能力,可以快速获取样品包括微量和痕量元素在内的所有元素信息。LIBS进行细菌分类和鉴别时,为了降低基底、共存基质的元素干扰,需采集大量纯培养细菌的光谱数据,不仅增加了检测周期,同时带来定性定量难两全的局面。结合SERS和LIBS技术在病原菌快检领域的研究现状,综述了两类方法各自的优势和局限性,并对其在病原菌快速检测领域的发展趋势进行了展望,为开发基于激光光谱的病原菌快检技术提供参考意见。
- 廖文龙刘坤平胡建平甘亚林庆宇段忆翔
- 关键词：病原菌拉曼光谱激光诱导击穿光谱
- HIV-1整合酶四聚体的模建及结构基础研究
- 2017年
- HIV-1整合酶(HIV-1 IN)是目前开发抗艾滋病药中最具潜力的药物靶点之一,四聚体是该蛋白发挥生物学功能的主要聚集体形式。为了得到IN四聚体与病毒DNA的复合物,并研究其运动性与生物学功能的关系,采用同源模建、结构优化及叠落等方法,在Tn5转座酶的基础上建立了IN-DNA的复合物模型,并采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究四聚体的运动模式。Ramachandran Plot分布和Profile-3D结果验证了复合物模型的合理性。运动模式结果表明,四聚体的N-端、C-端的运动有利于螯合DNA,而核心区的稳定状态是IN发挥整合作用的前提。分子对接结果表明,IN抑制剂更偏向于结合在四聚体中间CCD与病毒DNA结合的区域。
- 左柯胡建平杜文义梁立刘嵬苟小军
- 关键词：病毒DNA分子对接
- 蛋白质-核酸对接方法研究进展被引量：3
- 2012年
- 分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具。本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质-核酸对接中主要的计算方法。最后回顾了蛋白质-核酸对接计算模型的应用,并对未来的工作进行了展望。
- 刘董敏常珊胡建平田绪红
- 关键词：打分函数
- 新德里金属-β-内酰胺酶-1的结构、催化机理及其抑制剂研究进展被引量：2
- 2017年
- β-内酰胺类抗生素,作为一线抗生素被广泛用于各类细菌感染的临床治疗.由位于质粒的基因blaNDM-1编码的新德里金属-β-内酰胺酶-1可高效水解几乎所有β-内酰胺类抗生素,对β-内酰胺类抗生素的应用造成了极大的威胁,开发有效的抑制剂新德里金属-β-内酰胺酶-1抑制剂迫在眉睫.而抑制剂分子的设计改造工作的开展有赖于对新德里金属-β-内酰胺酶-1结构和催化功能的研究,本综述旨在总结目前有关新德里金属-β-内酰胺酶-1结构、催化机理及其抑制剂的相关研究进展,为基于新德里金属-β-内酰胺酶-1结构的药物分子设计、改造等研究提供帮助.
- 胡建平左柯万华
- 关键词：细菌耐药NDM-1抑制剂药物设计
- 病毒末端DNA与不同长度HIV-1整合酶四聚体的对接研究(英文)被引量：3
- 2010年
- 整合酶(integrase,IN)是HIV病毒复制周期中的一个重要酶,一般认为,IN是以四聚体形式发挥其生物活性。本文用DOT软件包研究了IN四聚体与8个不同长度病毒末端DNA的结合模式,以及病毒DNA长度对二者识别的影响。结果表明,IN有3个DNA结合区域,其中两个是病毒DNA结合区域,另外一个是宿主DNA结合区域。模拟结果与实验数据吻合较好,本研究为基于整合酶结构的药物研发及整合酶整合机理的研究提供了良好的基础。
- 柯国涛李平胡建平谭建军陈慰祖王存新
- 关键词：分子对接HIV-1整合酶DNA
- HIV-1整合酶与芳香二酮酸类抑制剂相互作用的分子模拟研究被引量：2
- 2009年
- 用分子对接方法研究了一系列芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的识别及相互作用.结果表明,抑制剂结合到整合酶Asp64～Leu68,Thr115～Phe121,Gln148～Lys159和Mg2+所构成的口袋区,抑制机理与5CITEP相似.采用分子动力学模拟和MM/PBSA方法计算了芳香二酮酸类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,计算结果与实验值相吻合,平均绝对偏差为3.6kJ/mol,体系范德华相互作用和溶剂化效应的非极性项是利于形成复合物的主要因素.相关性分析结果表明,结合自由能值与疏水相互作用有较强的线性相关(R=0.61),基于此,用多元线性回归方法给出了一个能较强预测芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的结合自由能预测模型,为后续基于抑制剂结构的抗HIV-1药物分子设计提供指导.
- 胡建平张小轶唐典勇常珊
- 关键词：整合酶分子设计
