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尖吻蝮毒腺cDNA文库的构建、金属蛋白酶基因克隆和序列分析(英文)被引量：1: 2006年; 目的构建非标准化尖吻蝮（五步蛇，Agkistrodon acutus）毒腺cDNA文库，随机挑取克隆测序，分析金属蛋白酶基因。方法以Tnzd试剂提取新鲜尖吻蝮毒腺总RNA，以superscript Ⅱ反转录酶合成cDNA第一链并以DNA聚合酶Ⅰ连续合成第二链。双链DNA经过含EcoRⅠ酶切位点接头加接，末端磷酸化并以XhoⅠ内切酶酶切，按照〈0．25kb，0．25-0．5kb，0．5-1kb，1-2kb和〉2kb5个片段大小分别回收，随后与pBluescriptⅡSK（＋）载体相连转化E.coli DH10B，构建成尖吻蝮毒腺cDNA文库。随机挑取克隆5’端测序，共获得8696条高质量表达序列标签，经过序列拼接和聚类，这些序列在经过功能注释后最终被聚类成2855个基因聚类。其中，发现一个由74个克隆组成的基因聚类（Agkihagin）为新的金属蛋白酶基因。经反转录和巢式PCR扩增该基因并对其进行结构分析。结果构建好的文库含有2．048×10^6个重组子，新的金属蛋白酶开框读码序列全长1827个核苷酸，编码608个氨基酸，属于PⅢ型金属蛋白酶。其Zn^2＋结合模序HEMGHNLGIDH和去整合素模序DECD在进化上高度保守。结论该文库符合建库标准库容要求，为构建尖吻蝮毒腺基因表达谱和筛选新的目的基因提供了有效平台；克隆的金属蛋白酶基因与GenBank中其他蛇毒金属蛋白酶氨基酸序列同源性最高达87％，为研究蛇毒金属蛋白酶结构与功能的关系奠定了良好基础。; 刘清华胡松年银巍苏兴文张晓伟李晨吉邱鹏新颜光美; 关键词：基因文库

西洋参表达序列标签（EST）文库构建及其功能分析: 西洋参为五加科人参属名贵药材,世界年需求量约3600吨,贸易额达4000万美元,临床和保健的市场经济价值巨大,其化学、药理、栽培等研究较多,但功能基因的研究尚未见报道。本文采用表达序列标签（EST）技术开展西洋参功能基因...; 陈士林张晓伟宋经元李滢李晨吉孙永巧李西文姚辉胡松年; 关键词：西洋参功能基因; 文献传递

椰枣全基因组测序与分析: 椰枣是中东和北非地区广泛种植的作物,具有重要的经济价值和历史文化意义.为了揭示椰枣的生物多样性、地理种群的分布、抗旱和抗逆的分子机理、性别决定(雌雄异株植物)与分子育种研究等,我们开展了椰枣基因组和转录组测序和分析工作....; Al-Mssallem Ibrahim S.张同武尹玉新辛成齐吴浩张广宇Ba Abdullah Mohammed M.黄大维方永军AlnakhliYasser O.贾善刚胡松年殷安Al-OwayyedSaad A.AlsaihatiBurair A.赵多军张笋Al-OtaibiNoha A.孙高远MajrashiMajed A.李福森塔拉张晓伟AlhuzimiEman M.王吉祥云权正AlnassarNafla A.王磊杨猛Al-JelaifyRasha F.刘凯高胜寒陈开富谭军AlkhaldiSamiyah R.刘贵明张猛郭海燕于军林强刘万飞于晓光刘久成潘林林; 关键词：全基因组

禽流感病毒基因组测序与分析及五步蛇毒腺基因表达研究: 近年来，禽流感在我国和世界各地频繁爆发，严重威胁人类的健康，造成了极大的经济损失。为了研究禽流感病毒的进化机制和变异规律，我们收集了152株近年来在我国各地传播的禽流感病毒，并通过RT-PCR测序的方法，完成了基因组测序...; 张晓伟; 关键词：禽流感病

羊轮状病毒NT株VP1基因的测序和分子进化分析: 2009年; 【目的】为了研究羊轮状病毒NT株VP1基因的遗传进化规律,【方法】根据GenBank中相关VP1基因的保守序列,设计合成引物,扩增NT株VP1基因并进行克隆测序和序列分析。【结果】氨基酸序列比较表明NT株与其他毒株VP1基因的相似性为77.3%～98.4%,且氨基酸突变多发生在VP1蛋白的非功能区。VP1蛋白进化树表明NT株与牛轮状病毒处于同一进化分支,有较近的亲缘关系。结合26株具有代表性的轮状病毒,计算毒株间VP1基因的核苷酸和氨基酸进化距离,并对核苷酸的同义突变率(dS)和非同义突变率(dN)进行研究,发现dN/dS的比值小于1,说明同义替代是VP1基因在进化过程中的主要变异。【结论】本文首次对羊轮状病毒NT株进行了VP1基因的测序,并对VP1基因的进化距离和进化规律进行深入探讨。; 陈艳君朱伟文隋硕张晓伟胡松年; 关键词：VP1基因进化距离

西洋参cDNA文库构建及表达序列标签(EST)分析被引量：18: 2008年; 为研究西洋参根的基因表达谱和挖掘其功能基因,采用表达序列标签(EST)技术首次建立了四年生西洋参根的EST文库。通过BLAST与Gene Ontology分析获得与人参皂苷生物合成相关、编码P450和糖基转移酶等的基因序列11个,与生长素调节生长发育相关、编码生长素响应因子4和生长素调节蛋白等的基因6个,与水分胁迫相关、编码蛋白dehydrin和DC2.15 like蛋白等的基因7个,与编码抗氧化酶如peroxidase和catalase相关的基因6个。另外,从西洋参根的EST文库获得抗病基因12个,分别编码转录因子WRKY家族蛋白和ribonuclease蛋白家族,62个EST是其他物种尚未报道的新基因。可见,EST技术作为功能基因组研究的重要手段可在西洋参功能基因的开发与研究中发挥重要作用,这些基因的发现为进一步克隆基因全长、研究基因功能、改良西洋参品质、阐明西洋参生长缓慢的分子机制等方面奠定了基础。; 陈士林孙永巧宋经元李滢李晨吉胡松年李西文姚辉张晓伟; 关键词：表达序列标签功能基因西洋参

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张晓伟

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