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杨忠志: 作品数：274 被引量：346H指数：11; 供职机构：辽宁师范大学化学化工学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金辽宁省教育厅基金辽宁省自然科学基金更多>>; 相关领域：理学生物学医药卫生化学工程更多>>

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快速确定丙氨酸-α-多肽构象稳定性的新方法被引量：7: 2005年; 使用 B3 LYP/6-3 1 G* 方法优化得到了丙氨酸二肽和三肽分子的 2 3个稳定构象 .定义了丙氨酸多肽中的特殊氢原子 .对构象中与特殊氢原子有关的主要弱相互作用进行了分析 ,提出了一种快速确定多肽构象稳定性的新方法 .确定了相应的弱相互作用参数 .将新方法应用于三肽分子构象相对稳定性的预测 ,得到了满意的结果 .; 王长生王嘉杨忠志

原子和离子的边界半径被引量：3: 2001年; 假设原子 (离子 )中一个电子所受到的作用势等于其第一电离能的负值 ,定义了原子 (离子 )的边界半径 ,其具有内禀性、唯一性的特点 .借助于MELD从头计算程序 ,计算了原子 (离子 )中一个电子受到的作用势 ,给出了前四周期元素的原子和离子边界半径 .这种半径与传统半径之间存在很好的相关性 ,具有可应用性和预测性 .; 杨忠志张明波赵东霞; 关键词：原子离子作用势共价半径

应用ABEEMσπ/MM方法计算一些有机分子的总能量: 2013年; 应用ABEEMσπ/MM方法计算烷烃Cn H2n＋2（n=1-14）的总能量,以从头算（MP2/6-311＋G（d,p））的结果为依据,拟合了不同类型原子的价态能量参数.通过这些参数又计算了环烷烃Cn H2n（n=6-12）、烯烃Cn H2n（n=2-8）和一元醇Cn H2n＋1OH（n=1-8）体系的总能量,将结果与从头算（MP2/6-311＋G（d,p））方法相比,绝对偏差均小于27.878 9kJ/mol,相对偏差均小于3.874 4×10-5,环烷烃、烯烃、醇的均方根偏差分别为5.581 1,10.255 6,7.921 9kJ/mol;相对均方根偏差分别为0.327 3,0.910 9,0.565 0,线性相关系数全部达到1.000 0.由此可见,ABEEMσπ/MM方法计算的分子能量与从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））相比具有很好的一致性,验证了我们所拟合的参数的合理性和可转移性,而且计算速度很快.; 李辉杨忠志; 关键词：MM

M(H_2O)_(1～4)(M=Li^+,Na^+,Be^(2+)和Mg^(2+))的分子形貌理论研究被引量：1: 2017年; 金属离子与水分子的相互作用机理,对理解含金属离子生物分子的结构和功能具有指导意义.以M(H_2O)_(1~4)(M=Li^+,Na+,Be^(2+)和Mg^(2+))为模型分子,基于分子中单电子受到的作用势,绘制了各个体系的分子形貌.结果表明:在内禀特征轮廓上,电子密度最大值出现在氧原子附近,而最小值出现在金属离子附近.计算了各个体系金属离子和氧原子之间,化学键键心处的PAEM值以及电子密度临界点的电子密度.为了分析水分子与金属离子结合的强弱程度,计算了各体系的连续结合能.结果显示,键心处PAEM值和连续结合能具有线性关系.对讨论金属离子与其他分子之间的相互作用,有参考价值.; 赵东霞朱尊伟杨忠志; 关键词：分子形貌 DPB

碱基与氨基酸二肽间的氢键相互作用被引量：4: 2013年; 对于碱基-蛋白质之间的相互作用,氢键的形成及断裂起着重要的作用.选取7种氨基酸二肽和3种碱基,以它们之间形成单根氢键的体系为研究对象,在ab initioB3LYP/6-311++G(d,p)水平下进行结构优化,MP2/6-311++G(d,p)水平下进行能量的计算.同时应用ABEEMσπ/MM方法优化结构和计算能量.通过改变氢键相互作用区域的静电相互作用参数kH-bond和形成氢键的氢原子与其受体原子的孤对电子之间距离Rlp,H来拟合函数kH-bond(Rlp,H).用所得函数对选取的复合物进行结合能计算,其结果与ab initio方法所得的结果符合的很好.; 杨忠志王越; 关键词：氢键碱基 INITIO ABEEMΣΠ/MM

磷脂分子DPPC的浮动电荷分子力场被引量：3: 2018年; 基于量子化学(QM)计算和原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),构建了1,2-二棕榈酰磷脂酰胆碱(1,2-dipalmitoyl-sn-phosphatidylcholine,DPPC)分子的可极化势能函数.首先将DPPC分子分成乙基三甲基铵(ETMA)、乙酸甲酯(MAS)、磷酸二甲酯(DMP)和烷烃等官能团模型小分子片段,依据这些模型分子的QM结果,优选并确定相关电荷参数及力场参数.应用ABEEMσπ/MM对模型小分子的计算结果与QM计算结果符合很好,其中,稳定结构的键长、键角、二面角的绝对平均偏差(AAD)分别为0.000 5nm、1.59°和1.33°,两者的电荷分布的线性相关系数为0.968 8.进一步将上述函数应用到研究DPPC分子的结构和电荷分布,并与QM结果相比,结果表明:键长、键角、二面角的AAD和均方根偏差(RMSD)分别仅为0.000 01和0.000 02nm、0.006°和0.009°、0.007°和0.011°;两者计算得到的电荷分布的线性相关系数为0.965 9.; 宫利东田博李斌孙小雅于敏聪杨忠志; 关键词：DPPC ABEEMΣΠ/MM 电荷分布

ABEEM-σπ模型预测典型不对称烯烃加成反应的机制被引量：5: 2008年; 根据ABEEM-σπ模型计算的Fukui函数、局域软度、全局硬度和电荷分布等物理量,应用硬软酸碱原理和最大硬度原理,合理地解释了典型不对称烯烃加成反应的机制.; 丁艳丽杨忠志; 关键词：电荷分布

用ab initio方法研究CH4+H→CH3+H2反应体系特征轮廓的动态变化: ＜正＞典型的氢转移反应CH4+H→CH3+H2,无论在实验还是理论上都备受化学家们的关注。以往大部分文献报道都是利用经验或半经验的从头算法,来研究较易得到的反应的能量、势能面及其动力学性质等,却很少有人注意到反应过程中,...; 管清梅杨忠志; 文献传递

匀强电场中基态惰性原子的边界轮廓被引量：2: 2007年; 应用原子特征边界轮廓模型,计算了在5.292×10-5-5.292×10-3a.u.匀强电场下,基态惰性原子的边界轮廓.计算结果表明,在电场中原子的边界轮廓呈现近椭球形,轮廓的变化随电场强度的增强而增大;在电场强度不变的情况下,原子边界轮廓的变化随原子序数的增加而增大.并且计算中得到的单位强度原子平均径向变化率与原子极化率实验结果呈现很好的线性相关性.; 石华赵东霞杨忠志; 关键词：电场