律娜
- 作品数：48 被引量：117H指数：6
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划北京市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生轻工技术与工程农业科学生物学更多>>
- 不同保存液和保存期限下肠道微生物组的变化
- 2020年
- 肠道菌群与人体健康的关系密切,通过检测肠道菌群可以获得有关健康的信息。新鲜粪便不易获得,很难做到快速低温冷冻,在进行标准化和大规模人群采样时,可用于常温条件下采集和保存样本的保存液可以弥补采集样本数量多、地域分布广、现场采样条件多样、工作量大、运输条件差等条件不足。本研究招募了5名健康志愿者,采集他们的粪便样本后,通过对比不同市售微生物样本采集常温保存液对新鲜粪便样本的影响,评估了各类保存液的保存效果。在室温下把粪便放置于5种保存液,在第0、1、3、7、15、30天提取元基因组DNA,进行16S rRNA V3–V4区高通量测序,来分析不同保存液,在不同时间段对肠道菌群组成的影响。结果显示,不同保存液对肠道菌群的影响存在差异,与对照组相比,不同保存液对样本中的OUT数量影响不大;保存液A、B和C在菌群构成上更接近对照组,保存液D会明显改变肠道菌群组成,使放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)增加;随着时间延长,各类保存液都有降低菌群多样性趋势,保存液E降低菌群多样性更明显;第30天时,5种保存液都会改变肠道菌群构成;肠道菌群组成存在个体差异,是影响各样本相似性的主要因素,来自不同志愿者的粪便样本,无论何种保存液和保存时间,彼此之间更接近。不同保存液对革兰氏阳性杆菌、革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性菌的含量存在不同影响,保存液C、E会降低双歧杆菌(Bifidobacterium)丰度,而保存液D则相对升高;除保存液E相对降低乳酸杆菌(Lactobacillus)丰度之外,保存液A、B、C、D与对照都相当。各类保存液对链球菌(Streptococcus)的影响,除保存液D差异较大之外,保存液C与对照组最接近;保存液D比对照组降低瘤胃球菌科UCG 003(Ruminococcaceae UCG 003),其他各类保存液与对照组差异不大;不同保存液都比对照组增加大肠-志贺�
- 段云峰律娜蔡峰朱宝利
- 关键词：粪便肠道菌群保存液
- 用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物
- 本发明公开了用于检测临床样本中GI.1型诺如病毒的试剂盒及专用引物。本发明提供了引物对Ⅱ。本发明还提供了引物组合，由引物对Ⅰ和引物对Ⅱ组成。本发明还提供了引物对Ⅰ。引物对Ⅱ由序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序...
- 朱宝利毛梦雨律娜张瑞芬
- 文献传递
- 市售酸奶中乳酸菌的鉴定与耐药性被引量：26
- 2013年
- 【目的】检测市售酸奶中乳酸菌的种类及其耐药情况。【方法】收集10种来自5个不同厂家的酸奶,通过细菌基因组重复基因外回文序列-PCR(repetitive extragenic palindromic-PCR,rep-PCR)结合16S rRNA同源性分析的方法对分离的乳酸菌进行基因分型和菌种鉴定。利用药敏纸片扩散法(K-B法)对分离的乳酸菌进行针对7种抗生素的药敏实验,用PCR特异性扩增结合测序的方法检测每个样品中不同基因型菌株的耐药基因(包括红霉素耐药基因erm A、erm B和四环素耐药基因tet M、tet K、tet S、tet Q、tet O、tet L、tet W)。【结果】10种市售酸奶中分离到100株乳酸菌。其中,德氏乳杆菌保加利亚亚种(Lactobacillus delbrueckii ssp.bulgaricus)23株,干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)26株,嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)30株,嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)5株,植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)6株,副干酪乳杆菌(Lactobacillusparacasei)10株。药敏实验发现所有100株乳酸菌均对链霉素和庆大霉素耐药,42株对万古霉素耐药,没有菌株对头孢氨苄,四环素,红霉素以及土霉素耐药。在28株经过16S rRNA测序的乳酸菌中检测到5种不同的耐药基因,在8株乳酸菌中检测到erm B基因,4株检测到tet K基因,2株菌检测到tet L基因,4株菌检测到tet M基因,2株菌检测到tet O基因,没有检测到erm A,tet S,tet Q,tet W基因。28株乳酸菌中有15株(53.57%)检测到耐药基因,其中有4株L.delbrueckii ssp.bulgaricus检测到2-3种不同的耐药基因。【结论】本研究在市售酸奶中除了检测到商品标签上标注的L.delbrueckii ssp.bulgaricus和S.thermophilus以外,还检测到商标上没有标注的乳酸菌;作为常用发酵剂的德氏乳杆菌保加利亚亚种和嗜热链球菌更容易检测到耐药基因;分离得到的乳酸菌均对红霉素和四环素敏感却检测到相应的耐药基因,再一次证明了没有耐药表型的菌株也可能携带耐药基因�
- 秦宇轩李晶王秋涯高可心朱宝利律娜
- 关键词：酸奶乳酸菌基因分型分子鉴定耐药基因
- 食品用乳酸杆菌和双歧杆菌泛基因组多态性及菌株间功能基因差异分析被引量：1
- 2023年
- 益生菌是一类有益于人体健康的微生物,主要包括细菌和真菌.益生菌的鉴定一直是学界亟需解决的技术问题,传统的分类学方法只能做种属水平的鉴定,而基于基因组学分析可鉴定到种或株水平.本研究对公共数据库中记载的我国《可用于食品的菌种名单》中的16种乳酸杆菌和5种双歧杆菌的基因组数据进行了全基因组比对分析,并应用核心基因平均核苷酸相似性(core genes average nucleotide identity,cANI)进行了物种的重新分类和鉴定方法探索.结果显示,乳酸杆菌和双歧杆菌的cANI值具有种属特异性,其中乳酸杆菌的cANI值在93.6%~99.6%之间,双歧杆菌的c ANI值在94.9%~98.1%之间,同时发现25株乳酸杆菌和1株两歧双歧杆菌有分类学错误.对247株乳酸杆菌和113株双歧杆菌基因组完成图的比对分析结果显示,乳酸杆菌和双歧杆菌菌株间的差异基因数目最多可达436个,菌株间的cANI相似值最小可达1个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).针对乳酸杆菌和双歧杆菌的毒力基因和耐药基因分析显示,在目前用于食品生产的菌株中均未发现毒力相关基因,同时发现有20%以上的菌株携带不同种类的耐药基因.结论:乳酸杆菌和双歧杆菌不同种的cANI值差异较大,有种属特异性,可用于益生菌的种属鉴定;同一物种不同菌株间的基因和SNP数目差异可用于菌株鉴定.
- 陈楠陈楠律娜李凤琴律娜向雪松陈历俊刘烈刚王红伟智发朝王欣陈卫刘烈刚朱宝利
- 关键词：毒力相关基因
- 益生菌促进胃肠道健康的机制及应用被引量：19
- 2022年
- 人体胃肠道内生活着大量微生物,它们影响着宿主的健康。益生菌是一种活的微生物,对维持肠黏膜屏障功能、调节免疫功能和促进营养物质的代谢吸收等具有重要作用;对肠道菌群紊乱、功能性消化不良、肠胃炎、腹泻、便秘、肠绞痛、肠易激综合征、炎症性肠病以及幽门螺杆菌感染等胃肠道疾病具有良好的应用。本文对益生菌与胃肠道健康的影响作简要概述,为普通消费者和专业人士了解和使用益生菌及其在日常胃肠道健康方面的作用提供支持。
- 段云峰蔡峰律娜朱宝利
- 关键词：益生菌乳酸杆菌双歧杆菌胃肠道肠胃炎幽门螺杆菌
- 不同粪便DNA提取方法比较分析被引量：1
- 2022年
- 肠道微生物群落结构和多样性与人体疾病密切相关。然而,相关群落结构分析结果可能受到DNA提取质量等实验因素影响。因此,评估不同DNA提取方法对肠道特定种属的提取效果,对于全面、准确获取人体肠道微生物谱,深入探究肠道微生物群落结构具有指导意义。本研究旨在借助实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT qPCR)技术,以DNA提取纯度、浓度,以及对肠道中特定种属微生物基因组DNA的提取丰度为指标,对5种DNA提取方法进行比较分析。结果表明,试剂盒Q的提取效果最佳,特别是对乳杆菌属和双歧杆菌属等革兰氏阳性菌的提取效果较好。N试剂盒的平均DNA提取浓度较Q试剂盒低,但在纯度方面,二者无显著性差异。与其他3种商用试剂盒(M、PSP、TG)相比,N方法对肠道内指定微生物基因组的提取效果仅次于Q试剂盒,位居第二。相比之下,M试剂盒提取所得DNA,质量较高,但浓度偏低,对于肠道内革兰氏阳性菌的提取效果不很理想。TG试剂盒和PSP试剂盒提取所得DNA在浓度、质量以及细菌丰度方面均不及其他验证的试剂盒。综上,Q试剂盒可作为肠道微生态研究相关实验中获取高质量基因组DNA的提取方法。本研究结果为肠道微生态研究相关实验中基因组DNA提取方法的选择提供参考依据。
- 史志远陈璐萍李博星朱宝利律娜
- 关键词：基因组DNA肠道微生物粪便定量PCR
- 心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用
- 本发明涉及生物信息技术领域，公开一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用，本发明通过将心血管疾病相关肠道微生物及其代谢产物进行组合策略研究，构建全面的、精确到种水平的BMGCD基因数据库和丁酸相关物种数据库...
- 朱宝利贾书磊律娜潘元龙张瑞芬
- 一种肺心病相关基因和物种数据库的构建方法及其应用
- 本发明涉及生物信息技术领域，公开一种肺心病相关基因和物种数据库的构建方法及其应用，本发明通过将肺心病相关肠道微生物及其代谢产物进行组合策略研究，构建全面的、精确到种水平的肺心病相关基因数据库和肺心病相关物种数据库，能够辅...
- 朱宝利贾书磊律娜潘元龙张瑞芬
- 肠道微生物菌群共存网络的构建与分析被引量：2
- 2018年
- 【目的】将网络分析应用到肠道微生物的分析之中,探究肠道微生物共存网络拓扑结构等相关网络系数的分析,从而展现肠道微生物共存网络的特性。【方法】将之前研究中的肠道微生物数据根据雌马酚代谢能力划分成雌马酚产生者和非产生者两组,计算两组微生物相对丰度,得出菌种之间的相关系数,构建肠道微生物的共存网络,分析两组间共存网络参数的差异;运用随机网络检验现实网络拓扑结构的特异性,分析两组网络中菌种间的差异。【结果】共存网络中两组节点数分别为45个和47个,即分别有45个和47个不同菌种。比较两组网络结构的差异,发现雌马酚产生者组中的共存网络菌群具有更复杂的连接,且两组之间的其他网络参数存在一定的差异。通过将现实网络与随机网络对比可知,现实网络的拓扑结构具有一定的特异性。将具有代谢雌马酚相关物质能力的菌种在两组网络中标出,发现它们在雌马酚产生者组共存网络中更趋向与来自不同门的菌种产生相互联系。【结论】将网络分析应用于肠道微生物分析之中,可以发掘菌种之间的相互作用和网络拓扑结构的复杂性与差异性,展现肠道菌群结构中之前较少被认识到的一些特征。因而,网络分析的方法可以为未来肠道微生物的研究提供新的视角。
- 马越王军胡永飞陈亮李晶律娜刘飞王黎明封雨晴朱宝利
- 关键词：肠道微生物网络分析随机网络雌马酚
- 16SrRNA的分子生物学方法分析牛奶中的细菌菌群被引量：15
- 2013年
- 选择4个不同生产厂家的市售牛奶作为研究对象,提取牛奶中细菌的基因组DNA,利用聚合酶链式反应(PCR)-克隆-测序的方法获得牛奶中菌群的16S rRNA-V3区序列信息,运用生物信息学分析牛奶中细菌种类、菌群多样性和菌群结构;荧光定量PCR法测定样品中的细菌总数。结果表明:各品牌牛奶中均含有大量细菌的16S rRNA-V3区DNA序列;牛奶样品中测序共得到472条16S rRNA-V3区序列,其中有452条序列可以明确鉴定到属,包括3个革兰氏阳性菌属和14个革兰氏阴性菌属;20条序列可以鉴定到纲的水平。各品牌牛奶中细菌总数均处于相对较高水平;4个厂家牛奶间菌群分布不同,菌群多样性存在差异。
- 李引强朱宝利吴俊王秋涯高可心律娜张庆波
- 关键词：菌群分布细菌总数
