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透骨消痛颗粒防治膝骨性关节炎的计算机药理学探讨: 目的：从分子水平上探讨透骨消痛颗粒防治膝骨性关节炎的药理学性质。方法：1.分子描述符的主成分分析法，研究透骨消痛颗粒所含分子与药物/类药分子的化学空间分布;2.分子对接法和靶-配体空间分布，初步鉴定出透骨消痛...; 郑春松叶蕻芝黄钦李旭东徐筱杰刘献祥; 关键词：透骨消痛颗粒骨性关节炎药物化学; 文献传递

血府逐瘀汤在心血管疾病方面的计算机药理学探讨被引量：6: 2009年; 目的:探讨血府逐瘀汤在心血管疾病的药理学性质。方法:1.分子描述符的主成分分析法,研究血府逐瘀汤所含分子与药物/类药分子的化学空间分布;2.分子对接法和靶-配体空间分布,初步鉴定出血府逐瘀汤中治疗心血管疾病的有效成分群;3.药代动力学特征预测。结果:血府逐瘀汤所含分子比药物/类药分子有更优良的多样性,通过分子对接打分,有些化合物显示出多重激酶特性,但其药代动力学特征预测与实验有差别。结论:血府逐瘀汤中分子对心血管疾病多通路、潜在协同作用的药理学性质。; 郑春松黄钦李旭东刘献祥徐筱杰; 关键词：中草药血府逐瘀汤心血管疾病药理学

11种结合自由能评价函数对中草药中法尼酯受体的配体预测比较被引量：8: 2007年; 以蛋白质晶体结构数据库PDB中FX-fexaramine复合物(PDB代码:1OSH)三维结构为研究对象,采用Ligandfit作为采样工具,筛选到中草药中12个可能与FXR相互作用强的的配体。并比较了11种结合自由能评价函数(Ligscorel、Lig- score2、D-Score、-PLP1、-PLP2、Jain、-PMF、Ludil、Ludi2、Ludi3,以及共同评价函数)在该研究体系中的预测能力。结果表明将评价函数中的-PLP1和-PLP1这2种评价函数的预测能力最好。; 朱伟黄钦李旭东陈可冀徐筱杰; 关键词：分子对接评价函数中草药

14种结合自由能评价函数的比较被引量：4: 2005年; 采用LigandFit作为构象采样工具,以230个蛋白质-配体复合物组成的预测集,系统地比较了14种自由能评价函数(Ligscore1、Ligscore2、Plp1、Plp2、Jain、Pmf、Ludi1、Ludi2、Ludi3、D-score、Pmf-score、G-score、Chemscore以及Xscore)对蛋白质和小分子之间的结合模式以及结合自由能的预测能力.Plp1、Plp2、G-score、Pmf和Xscore在预测测试集结合自由能时得到的分数同实验测定的结合自由能的线性相关系数大于50%.在识别配体分子实验结合构象的能力方面,选择测试构象与实际构象间的位置均方根偏差rmsd≤0.20nm作为评价标准,14种评价函数的成功率从46%到77%不等,其中Ligscore1、Ligscore2、Plp1、Plp2以及Xscore的成功率都在70%以上.将评价函数中的2个或者3个组合得到一组共同评价函数可以进一步提高实验构象的预测能力,其预测成功率可以达到80%.实验表明Xscore、Plp1和Plp2在对接和评价方面都得到较好的结果.; 李旭东侯廷军徐筱杰; 关键词：分子对接评价函数

透骨消痛颗粒防治骨性关节炎的计算药效学研究被引量：2: 2009年; 目的:从分子水平验证透骨消痛颗粒治疗骨性关节炎疗效,为临床用药提供依据。方法:分子对接法和靶-配体空间分布,初步鉴定出透骨消痛颗粒中治疗骨关节炎疾病的有效成分群。结果:透骨消痛颗粒是通过抑制聚蛋白多糖酶的活性、降低骨内压和降低骨性关节炎细胞因子的产生等起作用,其中,有些化合物显示出多重激酶特性。结论:透骨消痛颗粒对骨性关节炎具有潜在的协同作用。; 郑春松叶蕻芝李旭东刘献祥徐筱杰; 关键词：透骨消痛颗粒骨性关节炎药效学

中药方剂血府逐瘀汤中分子在靶标-配体空间的分布被引量：17: 2008年; 研究了中药方剂血府逐瘀汤(XFZYD)中501个分子在心血管疾病重要的靶酶肾素(renin),血管紧张素转化酶I(angiotensin-converting enzyme I,ACE I),3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMG-CoAR)和P-糖蛋白的靶标-配体空间分布.; 李旭东黄钦徐筱杰; 关键词：血府逐瘀汤药物化学

以G-四链体为靶标的抗肿瘤药物虚拟筛选、分子机理及生物活性研究: 真核生物染色体末端存在端粒结构,人体端粒DNA 由5'-TTAGGG-3'重复单元组成，在生理条件下可通过鸟嘌呤碱基间的Hoogsteen 氢键形成G-四链体。研究表明,正常体细胞中通常无端粒酶的表达,而85％以上的肿瘤...; 李骞李旭东向俊峰孙红霞张虹刘岩周秋菊唐亚林徐筱杰; 关键词：分子模拟抗肿瘤药物生物活性; 文献传递

基于药效团模型从中草药数据库中搜索gpIIb／IIIa受体抑制剂被引量：5: 2008年; 选择20个3,4-二氢-1(1H)-异喹啉酮类gpIIb/IIIa受体抑制剂作为训练集,利用Catalyst软件包建立了gpIIb/IIIa受体抑制剂三维药效团模型.探讨了药效团作用模式.并通过建立的可靠性最佳的药效团模型(线性回归系数r=0.7715),从中草药数据库中虚拟筛选了gpIIb/IIIa受体抑制剂,通过实验活性测定得到了8个抑制ADP活化全血血小板聚集的IC50从40到100μmol·L-1的化合物,进一步证明了所建药效团模型的有效性.; 李旭东徐筱杰胡娟; 关键词：药效团模型 GPIIB/IIIA

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李旭东