沈丹
- 作品数：17 被引量：22H指数：3
- 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省产学研联合创新资金项目中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 斑马鱼活性转座子(ZB)的发现及其活性验证研究
- 由于活性转座子在基因组内具有可以移动的特性,因此在转基因和基因治疗等领域具有很好的应用前景,目前PB、SB、To12等转座子已经作为基因治疗和转基因的重要介导载体进行广泛应用,并取得显著进展.本研究通过生物信息学分析,在...
- 沈丹薛松磊钱跃王赛赛陈才史云强高波王宵燕崔恒宓宋成义
- 关键词：转座子转基因斑马鱼小鼠基因治疗
- 环境污染物对斑马鱼早期胚胎转座子转录活性的影响被引量：1
- 2017年
- 转座子在生物基因组中占据重要的组成部分,是基因组中可移动和扩展的重要元件,其转座活性受外界环境因子调控。为了探讨环境应激对基因组转座子表达活性的影响,用环境污染物二噁英(TCDD)和重金属Cu^(2+)或Cd^(2+)处理斑马鱼早期胚胎,通过荧光定量PCR(q RT-PCR)比较处理前后9种结构完整的转座子转录活性变化,这9种转座子分别是DNA转座子Tc1家族的Tc-a、Tc-b、Tc-c、Tc-d、Tc-e,反转录转座子病毒家族ZB-ERV-1、ZB-ERV-2、反转录转座子LINE家族L1-323和L1-21。结果发现,TCDD使8个转座子转录活性明显下调,1个转座子显著上调;Cu^(2+)导致7个转座子上调,2个显著下调;Cd^(2+)导致6个转座子上调,3个显著下调。研究表明,斑马鱼转座子转录活性受环境因素影响显著,环境胁迫可能是转座子活性变化的原因之一。本研究对了解和评估环境因子对鱼类转座子活性的影响作用具有重要的意义,为进一步研究生物基因组的进化机制提供参考。
- 高波陈才张丽沈丹王赛赛陈伟王伟产舒恒宋成义
- 关键词：斑马鱼转座子污染物转录活性
- Tol2转座子介导斑马鱼rps26基因附近增强子捕获及注解分析
- 2018年
- 随着人类等生物大规模基因组测序工作的完成,认识和理解基因组上表达调控元件成为后基因组时代的重要研究任务,增强子捕获技术是一种鉴定基因组上增强子元件及其对基因表达调控机制的有效方法。本研究选择Tol2转座子系统介导制备的稳定增强子捕获品系TK4系(头部和躯干特异性GFP表达),利用Splinkerette PCR(sp-PCR)、原位杂交和比较基因组学等技术手段进行所捕获增强子的解析研究。将TK4系的F1代与野生型斑马鱼杂交,收集受精卵,于6 hpf(Hour post fertilization)、24 hpf、48 hpf、3 dpf(Day post fertilization)、4 dpf、5 dpf六个发育阶段通过荧光显微镜检测绿色荧光蛋白报告基因的表达模式;然后通过sp-PCR方法克隆到Tol2转座子插入位点斑马鱼基因组侧翼序列,经比对分析表明插入位点位于基因组23号染色体27749253位置,在rps26基因的intron1中,且报告基因插入方向与基因方向相反。在插入位点100 kb的基因组范围内有7个基因,分别为arf3a、wnt10b、wnt1、rps26、IKZF4、dnajc22和lmbr1l。通过VISTA程序对不同脊椎动物基因组同源序列比对结果显示,在rps26基因下游有2个潜在保守的非编码序列区CNS1(Conserved non-coding sequence)和CNS2,为可能的增强子元件。胚胎原位杂交表明:rps26基因的两个转录本有母源性表达,rps26-201在合子中的表达早于rps26-001,而TK4系斑马鱼的GFP在早期(6 hpf)不表达,后期rps26与GFP的表达模式既存在相似性,也存在差异性,提示两者可能既接受共同的增强子调控,但也存在不同增强子调控,所获得的2个潜在的增强子(CNS1和CNS2)可能对附近的基因(包括rps26)发挥差异的时空表达调控作用。本研究首次成功获得rps26基因附近2个潜在增强子,为深入研究这两个增强子对基因组附近基因的表达调控机制奠定基础,本研究所采用的结合技术手段也为增强子解析提供参考。
- 桑亚通沈丹陈伟产舒恒顾浩高波宋成义
- 关键词：注解斑马鱼
- 多转座子载体的构建及转座特性比较研究
- 2015年
- 【目的】转座子(transposon,Tn)是染色体上可自主复制和移位的基本单位,普遍存在生物体基因组内,Sleeping beauty(SB)、piggy Bac(PB)和Tol2分别来源于鲑鱼、甘蓝尺蠖蛾和青鳉鱼,是目前脊椎动物中活性较高的转座子。比较了这3种转座子在哺乳动物细胞的转染、插入和剪切效率,从而获得细胞水平上的高活性转座子系统。【方法】通过高保真PCR法分别从SB、PB和Tol23种转座子载体克隆3种转座子3′和5′端的转座元件,测序正确后,将各转座元件依次亚克隆至p T2-HB载体框架,构建成包含这3种转座子的多转座子载体pT3-PST。将绿色荧光蛋白表达框CAG-GFP和新霉素表达框PGK-NEO分别克隆至p T3-PST载体,获得两个表达载体pT3-PST-CAG-GFP和pT3-PGK-NEO。将这两个表达载体分别和转座酶表达质粒pCMV-SB100X、p CMV-HAhy PBase、p CMV-Tol2以1﹕1质量比混合,经多聚阳离子PEI包裹,共转染小鼠胚胎成纤维细胞(3T3),同时以突变失活的转座酶质粒SB△DD与转座子载体共转染作为阴性对照组。转染GFP 36 h后,用荧光显微镜进行检测GFP表达率,提取细胞基因组,以Amp基因作为内参,进行实时荧光定量PCR,检测GFP插入拷贝数;根据被剪切位置上下游序列设计引物,进行实时荧光定量PCR,检测3种转座子的剪切效率。细胞转染NEO 48 h后,用浓度为500μg·m L-1的G418进行耐药性筛选,至正常细胞基本全部死亡(10 d),将细胞进行吉姆萨染液染色,统计耐药细胞数,从而比较各组转座活性。【结果】成功构建了多转座子载体PT3-PST、pT3-PST-CAG-GFP和pT3-PGK-NEO。实验组转染细胞效率均大于50%,且差异不显著(P>0.05)。SB组GFP相对拷贝数高于Tol2和PB组,但差异不显著(P>0.05),均显著高于对照组(P<0.05)。SB和PB组剪切效率显著高于Tol2组(P<0.05),但SB和PB组之间差异不显著(P>0.05)。pT3-PGK-NEO与转座酶共转染3T3细胞,G418抗性筛选结果表明,SB组耐药细胞数显著高于P
- 沈丹谢雨琇李庆平薛松磊史云强王赛赛陈才钱跃高波崔恒宓宋成义
- 关键词：胚胎成纤维细胞
- Tc1/Mariner转座子超家族的研究进展被引量：2
- 2017年
- 随着高通量测序技术的迅猛发展,越来越多的生物基因组注释结果表明:转座子几乎存在于所有生物的基因组中,是大多数生物基因组的重要组分。其中,Tc1/Mariner转座子是自然界中分布最广泛的一类DNA转座子超家族,在自然界已经发现14个有活性的Tc1/Mariner转座子(如Minos,Mos1等),另外通过分子重构也获得高活性的人工转座子,如睡美人转座子(Sleeping Beauty,SB)。SB和Mos1等转座子作为基因转移载体已被广泛应用于转基因、基因捕获和基因治疗等领域的研究中,并取得了很好的应用效果。本文将重点综述Tc1/Mariner转座子的结构、分类、分布、转座机制、活性转座子的挖掘,及其在转基因、基因捕获和基因治疗等研究领域的应用。
- 沈丹陈才王赛赛陈伟高波宋成义
- 关键词：转基因基因治疗
- 核定位信号肽和转运肽对斑马鱼转基因效率的影响
- 2017年
- 为了探讨核定位信号肽S413-PV和转运肽Tp10这2种融合肽对转基因效率的影响,将S413-PV和Tp10与线性化质粒分别以质量比50∶1、100∶1、200∶1混合制成转染液,注射斑马鱼单细胞期胚胎,分别检测转染24 h、120 h后胚胎的阳性率和成活率。结果表明:与对照组相比,转染24 h后,S413-PV组胚胎阳性率极显著上升,胚胎成活率均下降,但差异不显著;Tp10组阳性率均呈上升趋势,200∶1组差异极显著,其他组差异不显著,胚胎成活率均显著下降;转染120 h后,S413-PV组胚胎阳性率均极显著上升,胚胎成活率均呈下降趋势,100∶1、200∶1组差异极显著;Tp10组胚胎阳性率上升,200∶1组差异显著,胚胎成活率均极显著下降。以上结果表明,S413-PV可显著提高斑马鱼转基因效率,对胚胎毒性较小;Tp10对转基因效率影响不显著,且对胚胎毒性较强。
- 钟继汉沈丹陈才高波宋成义
- 关键词：转运肽基因转移斑马鱼
- SB,PB和Tol2转座子介导基因捕获效率比较
- 为了比较和探索SB,PB和Tol2三种转座子介导下,斑马鱼上的转基因效率和基因捕获效率研究,以及基因捕获个体的F1代的基因捕获效率；本研究将包含三种转座子的转基因载体pT3-PST-FAG-GFP分别与三种转座酶表达载体...
- 薛松磊沈丹陈才史云强钟继汉宋成义崔恒宓高波
- 关键词：转座子GFP
- BMPMP3、BMPBMP10、BMPBMP15基因在雏鸡和成年鸡主要器官中的表达特性研究被引量：4
- 2016年
- 骨形态发生蛋白(BMP)是转化生长因子超家族中的重要成员,其信号通路控制着诸如中胚层形成、神经系统分化、牙齿和骨骼发育以及癌症发生等许多重要的生物学过程。研究旨在分析BMP家族中的BMP3、BMP10、BMP15在雏鸡和成年鸡主要器官中表达水平。采用RT-PCR方法分析BMP3、BMP10、BMP15在雏鸡、成年鸡主要器官中的表达情况,并分析这3个基因在雏鸡和成年鸡心脏中的表达差异性。结果表明:BMP3、BMP10在雏鸡和成年鸡两阶段主要器官中均可表达,BMP15在成年鸡母鸡各器官均有表达,公鸡仅肝中有表达;BMP3在雏鸡心脏中表达水平显著高于成年鸡(P<0.05),BMP10表达水平两者差异不显著(P>0.05),BMP15在成年鸡表达水平显著高于雏鸡(P<0.05)。研究结果为BMP信号通路研究提供参考。
- 王赛赛王亚丽沈丹薛松磊钱跃史云强陈才钟继汉刘帅军高波
- 9种硬骨鱼类转座组注释
- 2018年
- 通过生物信息学手段对9种硬骨鱼转座组进行注释。结果表明9种硬骨鱼类转座组大小和构成差异显著,其转座组含量从高到低分别为斑马鱼、矛尾鱼、青鳉鱼、罗非鱼、花斑剑尾鱼、大西洋鳕鱼、三刺鱼、金娃娃和红鳍东方鲀,转座子含量和基因组大小呈正相关。DNA转座子在硬骨鱼类中具有多样性高和含量差异大的特点(0.50%–38.37%),是硬骨鱼类转座组差异的主要决定因素,其中h AT和Tc/Mariner超家族是硬骨鱼类主要的DNA转座子。RNA转座子在硬骨鱼类中也具有多样性高的特点,其中LINE转座子占硬骨鱼类基因组的0.53%–5.75%,共检测到14个超家族分布,其中L1、L2、RTE和Rex转座子扩增较为明显,LTR转座子除了在斑马鱼和三刺鱼中含量达到5.58%和2.51%,在大多硬骨鱼类基因组中的含量低于2%,在硬骨鱼类中共检测到6个LTR转座子(Copia、DIRS、ERV、Gypsy、Ngaro和Pao)超家族分布,其中扩增最为明显的是Gypsy。而SINE转座子在硬骨鱼类中扩增最弱,仅在斑马鱼和矛尾鱼中分别达到3.28%和5.64%,在其他7个物种中低于1%。SINE中t RNA、5S和MIR三个超家族在部分硬骨鱼类中有一定程度扩增。本研究表明硬骨鱼类转座组具有多样性丰富、差异大的特点,转座组差异与硬骨鱼基因组大小有很强的相关性,转座组是决定硬骨鱼基因组大小的重要因素。
- 高波沈丹陈才王赛赛杨昆仑陈伟王伟张丽宋成义
- 关键词：硬骨鱼转座子注释
- 斑马鱼活性ZB转座子的挖掘及其应用研究
- DNA转座子是一种在生物界广泛分布,且能够在宿主基因组移动的DNA 元件,是一种重要的遗传操作工具.目前,PB,SB,Tol2 等DNA 转座子在转基因,基因捕获,基因治疗等领域应用广泛,但目前国内具有自主知识产权的转座...
- 沈丹王赛赛陈才钟继汉陈伟高波王宵燕崔恒宓宋成义
- 关键词：转座子转基因斑马鱼小鼠
