袁倩倩
- 作品数：23 被引量：17H指数：3
- 供职机构：中国科学院天津工业生物技术研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院重点实验室基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术轻工技术与工程环境科学与工程更多>>
- 一种DNA合成难度预测的系统及其应用
- 本发明公开一种DNA合成难度预测的系统及其应用。其包括1）数据预处理模块，用于对用户输入的序列数据进化标准化操作；2）特征构建模块，用于从核苷酸序列中提取出数字特征，其中包括：训练模块，其用获取训练样本集，所述训练样本包...
- 廖小平史振坤任帅张建琦袁倩倩陈阳马红武
- 利用丙酮酸合成β-丙氨酸的方法
- 本发明公开了一种丙酮酸合成β‑丙氨酸的新途径，所述方法包括在酶催化下L‑丙氨酸生成β‑丙氨酸的反应，所述的酶选自脱氢酶和氨基变位酶。本发明的途径步骤短、无碳损、无CO<Sub>2</Sub>释放再固定、无转氨反应参与，并...
- 马红武毛雨丰魏凡李金龙罗家豪刘岯袁倩倩
- 利用乙醇醛合成乙酰辅酶A及其衍生产品的新途径
- 本发明公开了一种利用乙醇醛合成乙酰辅酶A及其衍生产品的新途径，所述方法包括在酶催化下乙醇醛和3‑磷酸甘油醛反应生成5‑磷酸阿拉伯糖的反应，所述的酶选自醛缩酶、转醛醇酶、及其同工酶、突变酶。该方法的催化速率较高，反应路线的...
- 马红武杨雪袁倩倩江会锋
- 文献传递
- 由代谢网络分析发现菌种代谢工程改造新策略被引量：4
- 2017年
- 微生物菌种需要经过一系列代谢工程改造才能实现高产特定产品,而经过二十多年的研究积累,应用传统代谢工程方法通过局部途径分析发现菌种改造策略遇到严重瓶颈,急需从新的角度进行分析以发现新的改造策略。本文结合本实验室已有工作以及文献报道的实例,阐述了应用代谢网络模型分析发现产品合成新途径进而指导代谢工程菌种改造方面的研究进展。本文总结了代谢网络模型的构建方法及应用代谢网络模型进行途径预测的常用方法,将已有的模型指导代谢途径改造的策略总结为两类,即模型指导的产品从无到有和从有到优的改造策略,并结合实例分别对这两类策略进行详细阐述。同时本文阐述了目前利用代谢网络模型进行途经预测中存在的问题,并且针对这些问题提出了一些可行的解决方案。
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- 关键词：代谢生物工程优化设计
- 来自Clostridioides difficile的L-谷氨酸-2,3-氨基变位酶在合成β-丙氨酸中的应用
- 本发明公开了一种丙酮酸合成β‑丙氨酸的新途径，所述方法包括在酶催化下L‑丙氨酸生成β‑丙氨酸的反应，所述的酶选自脱氢酶和氨基变位酶。本发明的途径步骤短、无碳损、无CO<Sub>2</Sub>释放再固定、无转氨反应参与，并...
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- 数字细胞模型的研究及应用被引量：2
- 2022年
- 组学分析技术的发展推动生物学逐渐成为一门以数据分析为中心的科学。依托生物数据在细胞整体系统水平建立数字细胞模型,对于理解细胞系统组织原理和生命产生进化规律,预测各种环境和基因扰动对细胞功能的影响并指导设计人工生命具有重要意义,因此数字细胞的构建模拟设计已成为合成生物学的核心研究内容与底层支撑技术。本文重点对天津工业生物技术研究所创立十年来在数字细胞研究方面的进展进行回顾介绍,重点包括基因组尺度代谢网络模型的构建、质控以及其在途径设计和指导菌种代谢工程改造方面的应用,进一步结合近年来细胞模型研究的前沿趋势,对整合多种约束的模型的构建和分析研究方面的最新成果进行了介绍,最后对数字细胞研究的未来发展方向进行展望。数字细胞技术将与基因组测序、合成和编辑等合成生物学前沿技术一起提升人们对生命进行读写改创的能力。
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- 关键词：代谢工程
- 来自Taxus chinensis的L-苯丙氨酸变位酶在合成β-丙氨酸中的应用
- 本发明为来自Taxus chinensis的L‑苯丙氨酸变位酶在合成β‑丙氨酸中的应用，公开了一种丙酮酸合成β‑丙氨酸的新途径，所述方法包括在酶催化下L‑丙氨酸生成β‑丙氨酸的反应，所述的酶选自脱氢酶和氨基变位酶。本发明...
- 马红武毛雨丰魏凡李金龙罗家豪刘岯袁倩倩
- 一种基于代谢网络分析最小化基因组的方法及其在大肠杆菌中的应用被引量：1
- 2013年
- 最小生命体的合成是合成生物学研究的重要方向。最小化基因组的同时而又不对细胞生长产生影响是代谢工程研究的一个重要目标。文中提出了一种从基因组尺度代谢网络模型出发,通过零通量反应删除及对非必需基因组合删除计算获得基因组最小化代谢网络模型的方法,利用该方法简化了大肠杆菌经典代谢网络模型iAF1260,由起始的1 260个基因简化得到了312个基因,而最优生物质生成速率保持不变。基因组最小化代谢网络模型预测了在细胞正常生长的前提下包含最少基因的代谢途径,为大肠杆菌获得最小基因组的湿实验设计提供了重要参考。
- 汤彬彩郝彤袁倩倩陈涛马红武
- 关键词：大肠杆菌
- 基于高质量代谢网络模型的聚3-羟基丁酸酯新途径设计
- 本文研究目的是利用高质量代谢网络模型预测聚3-羟基丁酸酯（PHB）合成新途径,围绕此目的本文开展了如下工作:对四个已发表的恶臭假单胞菌代谢网络模型进行系统的途径比较与修正,在此基础上构建了高质量恶臭假单胞菌代谢网络模型P...
- 袁倩倩
- 关键词：恶臭假单胞菌聚3-羟基丁酸酯
- 文献传递
- 海洋氮循环过程及基于基因组代谢网络模型的预测被引量：3
- 2020年
- 海洋氮循环在地球元素循环中充当着必不可少的角色。海洋氮循环是由一系列氧化还原反应构成的生物化学过程。固氮作用和氮同化作用为生态系统提供了生物可用氮(铵盐)。硝化作用可进一步将铵盐氧化为硝酸盐,硝酸盐又可以通过反硝化作用转化为氮气。整个氮循环实现了海洋中不同含氮无机盐间的转换。微生物是海洋氮循环的重要驱动者,海洋氮循环的研究可以帮助理解海洋生物与地球环境相互作用及协同演化的机制,从而更好地保护地球生态环境。随着氮循环关键微生物基因组尺度代谢网络模型的发表,研究者可以利用代谢网络模型来研究不同氮循环过程的效率、环境因子对氮循环过程的影响以及解析氮循环及生物网络的内在机理等,从而帮助人们更深入地研究海洋氮转化机制。本文主要综述了海洋氮循环过程中各个转化过程的主要微生物,以及基因组尺度代谢网络模型在分析氮循环中的应用。
- 张日钊李斐然袁倩倩马红武
- 关键词：硝化过程反硝化过程
