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肾肿瘤相关基因的共表达网络构建与分析: 背景：肾肿瘤是泌尿系统常见的肿瘤之一，发生于泌尿小管上皮部位，发病率在过去20年间快速增长。目前，肾部恶性肿瘤的已经占到成人类恶性肿瘤的2 ％～3 ％。肿瘤致病机理涉及多个基因间的相互作用，仅关注单个或某几个基因的传统研...; 梁栋邢永强蔡禄; 关键词：肾肿瘤; 文献传递

体外组装含有组蛋白变体H2A.Z及H3.3的核小体被引量：4: 2016年; 核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,组蛋白变体H2A.Z及H3.3对染色质结构及基因转录过程发挥着重要的调控作用。体内研究核小体及染色质结构受到诸多因素限制,体外重构含有H2A.Z及H3.3的核小体结构是研究与组蛋白变体相关基因表达调控的重要方法之一。实验表达纯化了6种组蛋白,在复性的过程中装配了含有H2A.Z和H3.3的组蛋白八聚体。基于DNA序列10bp周期性及序列模体设计了3条易于形成核小体的DNA序列,通过PCR大量扩增的方法,回收了标记Cy3荧光分子的目的 DNA序列。采用盐透析法体外组装了含有H2A.Z和H3.3的核小体结构,利用荧光标记、EB染色及考马斯亮蓝染色检测了含有组蛋白变体的核小体形成效率及形成过程的吉布斯自由能变化。结果发现,设计的3条DNA序列可以有效地组装形成含有组蛋白电梯的核小体结构,而且随着组蛋白八聚体与DNA比例的增加,核小体的形成效率显著提高;采用Cy3荧光标记可以灵敏且定量地计算组装过程的吉布斯自由能。该方法的建立对研究组蛋白变体相关的结构生物学及转录调控等具有一定的意义。; 赵宏宇刘媛张凤慧邢永强蔡禄; 关键词：核小体定位染色质结构荧光标记

The regulated network of alternative splicing factors: Background: Alternative splicing is pervasive in multi-exon genes of human and other organisms, and is a major...; 蔡禄邢永强; 关键词：ALTERNATIVE SPLICING PROTEIN FACTOR ELEMENT INTERACTION

基于序列信息预测内含子保留型可变剪接: 2016年; 可变剪接是遗传信息传递与表达的重要环节,真核生物多外显子基因pre-m RNA的可变剪接现象非常普遍。可变剪接增加了蛋白质的多样性,影响诸如细胞组织特异性分化、个体发育、疾病发生等重要的生物学过程。基于内含子的k-mer(k=1…5)信息,利用多样性增量结合二次判别的方法,对保留型内含子和组成型内含子进行了区分。五折交叉检验显示的预测总精度、敏感性和特异性均大于70%。表明内含子的序列信息可能对保留型内含子的剪接有重要调控作用。; 李敏李瑞彬邢永强蔡禄; 关键词：可变剪接

肝癌血小板RNA-seq数据的可变剪接分析被引量：2: 2016年; RNA-seq高通量测序广泛用于全基因组范围寻找新基因及剪接变体.根据RNA-seq数据的高通量及复杂度的特点,选择稳定、快速和准确的数据分析软件是必要的.Hisat2和MISO是免费开源软件,可分析高通量RNAseq测序数据剪接事件及其差异.本工作通过肝癌和对照组的比较确定了11 487个差异剪接事件,包括6 577个外显子跳跃事件,2 447个可变5’和可变3’事件,1 683个互斥外显子事件和780个内含子保留事件.差异剪接事件可注释到2 797个基因.疾病关联和KEGG疾病通路注释分析发现这些基因大多与免疫和癌症相关.8个注释在癌症分类的基因与肝癌有关,其中COMT,CYP2D6,GSTP1,MLH1基因的蛋白互作关系可能与肝癌相关.; 斯阳明邢永强蔡禄; 关键词：可变剪接 RNA-SEQ MISO 肝癌

人类转录因子与剪接因子互作网络的构建与分析被引量：1: 2014年; 转录因子与剪接因子分别是转录和剪接过程中的重要调控蛋白,研究转录因子与剪接因子的偶合作用对理解真核生物的基因表达调控有重要意义。作者基于SpliceAid F、TFclass、HPRD、Biogrid、DIP、Intact和HINT数据库,构建了转录因子和剪接因子的互作网络。使用连通度、聚类系数和中心度对互作网络进行分析;统计了与剪接因子或其它蛋白质相连通的转录因子的个数;通过定义蛋白质互作相对倾向性因子对蛋白质之间的互作倾向性进行评价。结果表明,转录因子与剪接因子以相互间隔1、2、3个蛋白质为主的方式相互偶合;瓶颈蛋白占直接连接转录因子和剪接因子的蛋白质的20%;转录因子与剪接因子的内部互作倾向性强于二者之间的互作倾向性。; 魏官云邢永强蔡禄; 关键词：转录因子剪接因子

模式生物基因组中可变剪接位点的预测及序列特征分析: 信使RNA的可变剪接是真核生物有别于原核生物的基本特征之一。可变剪接使单个基因产生多种转录物，是多细胞高等真核生物蛋白质多样性和功能复杂性的主要机制。mRNA前体的可变剪接具有组织发育阶段性、特异性等特征，在系统发育、分...; 邢永强; 关键词：真核生物基因分离可变剪接生物信息学; 文献传递

如何优化大学物理实验设备管理: 2015年; 大学物理实验课是高等理工科院校训练学生基本科学实验能力的必修基础类课程,是本科生接受系统实验方法和实验技能训练的开端。物理实验设备的有效管理是保证实验项目开出率和实验课教学效果的基础。以内蒙古科技大学大学物理实验示范中心为研究对象,分析了大学物理实验设备管理存在的困难与不足,并从房间布置、仪器摆放、管理制度等方面提出了解决方案。; 邢永强李永治武娥; 关键词：工科院校

人类基因组盒式外显子和内含子保留的可变剪接位点预测被引量：6: 2008年; 信使RNA的可变剪接是真核生物有别于原核生物的基本特征之一,信使RNA前体的可变剪接极大地丰富了高等真核生物蛋白质的多样性,并与生物体的组织特异性密切相关。文章对人类盒式外显子和内含子保留的一些基本特征进行了统计;根据剪接位点附近的单碱基、碱基二联体和三联体的保守性等特征,利用基于多样性指标的二次判别法,对盒式外显子和内含子保留的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测。交叉检验结果表明,盒式外显子供体端和受体端的识别精度分别达到93%、84%以上的水平;内含子保留供体端和受体端的识别精度分别达到89%、81%以上的水平。; 邢永强张利绒罗辽复; 关键词：剪接位点

肾肿瘤相关基因的共表达网络构建与分析被引量：5: 2016年; 作为泌尿系统常见的肿瘤之一,肾肿瘤发病率在逐年上升。针对Affymetrix hgu133b的基因芯片数据进行差异表达基因筛选,应用加权基因共表达网络分析算法构建肾肿瘤差异表达基因的共表达网络。分析肾部正常组织和肿瘤组织差异表达基因之间的关联模式;选取与肿瘤发生关联程度最高的模块,筛选枢纽基因。最后,针对枢纽基因进行基因本体富集分析。细胞衰老是抑制肿瘤发生的主要机制之一,分析结果显示枢纽基因PLA2R1和TBX3与细胞衰老有关,可能对肾肿瘤的形成具有重要影响。该结果与基因PLA2R1通过促进细胞衰老抑制肾部肿瘤发生的研究结论一致。; 梁栋邢永强蔡禄; 关键词：肾肿瘤

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邢永强