潘明
- 作品数：39 被引量：246H指数：10
- 供职机构：四川省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项四川省卫生厅科研基金艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学生物学更多>>
- 一种狂犬病病毒检测的序列组合及捕获方法
- 本发明公开了一种狂犬病病毒检测的序列组合及捕获方法，涉及病毒检测领域，包括针对狂犬病病毒基因组全序列设计的91条叠瓦式PCR扩增引物，91条叠瓦式扩增引物序列依次为SEQ ID No.1‑91。本发明通过狂犬病病毒基因组...
- 冯玉亮李伟蒋明凤钟红荣潘明
- 四川省首起登革热本地传播疫情登革病毒全基因组特征及溯源分析被引量：1
- 2022年
- 目的对2019年四川省发生的首起本地传播登革热疫情中检出的登革病毒进行全基因组测序,分析病毒分子生物学特征并探讨其可能的来源。方法对实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测为阳性的本地病例标本提取核酸并扩增全基因组序列和测序,测序后进行同源性、系统进化分析和变异分析。结果通过基因扩增和序列测定获得1株病毒全基因组序列和2株包括E基因的全基因组部分序列,全基因组序列全长10706 bp,编码3393个氨基酸;同源性和系统进化分析显示,本次疫情流行株与2019年我国广州市分离株、2019年广州市分离的柬埔寨输入株、2019年云南省分离株、2017年越南分离株以及2016年新加坡分离株的同源性较高,系统进化属于同一分支;与登革1型原型株相比本次流行株散在分布有589个核苷酸变异和64个氨基酸突变,但影响毒力的主要氨基酸位点没有改变。结论2019年四川省首起登革热本地暴发疫情可能由柬埔寨输入病例引起,其病原体为登革1型病毒基因Ⅰ型;本次四川省流行株的毒力相关基因没有明显改变,但其在某些相关区域发生点突变的生物学意义有待进一步研究。
- 冯玉亮林世华潘明曹一鸥李伟
- 关键词：登革热登革病毒
- 基于环介导等温扩增的甲型流感病毒N1/N2亚型检测方法的建立
- 2022年
- 目的建立用于甲型流感病毒N1/N2亚型的环介导等温扩增方法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),探索该方法在现场快速检测领域的使用前景。方法根据甲型流感病毒N1和N2的基因序列分别设计6条引物,建立LAMP方法,用甲型流感病毒N1/N2感染者的咽拭子为阳性样本,以乙型流感病毒、人鼻病毒感染者的咽拭子样本为对照验证方法的特异性,用市售实时荧光定量PCR试剂盒和LAMP法同时检测106份疑似甲型流感病毒阳性样本,比较LMAP方法的灵敏度和特异性。结果建立的甲型流感病毒N1/N2 LAMP方法检测用时少(30 min)、重复性和特异性好,与乙型流感病毒、人鼻病毒未出现交叉反应。LAMP方法与市售实时荧光定量PCR试剂盒的检测结果有一致性(Kappa=0.706,P<0.0001),特异性和灵敏度分别为90.0%和80.1%。结论建立的甲型流感病毒N1/N2的LAMP检测方法快速、简单,特异性和灵敏度好,适用于现场检测。
- 何佩霖何纬邓晓东卢涛张青高国龙刘杨潘明常晓松
- 关键词：甲型流感病毒环介导等温扩增实时荧光定量PCR
- PCR检测粪便中志贺菌被引量：4
- 2008年
- 目的建立一种粪便样本中快速、特异、敏感的志贺菌检测方法。方法运用PCR对痢疾、福氏、鲍氏和宋内4群志贺菌进行侵袭性质粒H抗原(ipaH)基因的检测,并对该PCR方法进行反应的灵敏度、特异性以及模拟粪便样品的最低检出限测定。结果4群志贺菌均能检出侵袭性质粒H抗原(ipaH)基因,纯菌检测灵敏度达102cfu/ml,特异性实验中志贺菌菌株PCR扩增均为阳性,阴性对照菌株未扩增出特异性条带,混合菌株PCR扩增均为阳性;接种志贺菌到粪便样品中,当粪便样本中菌量达104cfu/ml以上时,不需要增菌,志贺菌均可立即检出。结论PCR方法检测志贺菌灵敏度高、快速、特异性强,可以很好地应用于粪便等临床样本中志贺菌的检测与鉴定。
- 杨小蓉赵晋张元群薛晴徐耀方潘明何树森
- 关键词：PCR志贺菌粪便
- 四川省2006～2007年度甲3亚型流行性感冒病毒抗原性和基因特性分析被引量：6
- 2008年
- 目的了解四川省甲3亚型流行性感冒（流感）病毒血凝素（Hemagglutinin,HA）的抗原性和基因变异情况,比较四川省2006-2007年度甲3亚型流感病毒流行株与世界卫生组织（WHO）推荐的2006-2007年度北半球甲3亚型流感疫苗株甲/威斯康星/67/2005（H3N2）HA1区的基因差异,为评价流感疫苗免疫效果提供依据。方法采集四川省流感监测哨点医院和疑似流感疫情的流感样病例咽拭子,用狗肾传代细胞进行病毒分离。选取来自不同时间、地点,且经血凝抑制（Hemagglutination Inhibition,HI）试验鉴定为甲3亚型的流感病毒分离株进行单向HI试验;提取病毒核酸,进行逆转录-聚合酶链反应扩增HA基因的HA1区,对扩增产物进行序列测定并推导出氨基酸序列;将分离株的序列与甲/威斯康星/67/2005（H3N2）的HA1区序列进行比较,并进行基因进化特征分析。结果单向HI试验表明,2006-2007年度四川省甲3亚型流感毒的抗原性与中国甲3型流感标准株（甲/云南/1145/2005和甲/江西东湖/312/2006）相比,HI效价均无≥4倍的差异。核苷酸和氨基酸序列分析结果表明,核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为99.59%和99.47%,仅有4-6个氨基酸位点发生了替换,涉及2个抗原决定簇。结论四川省2006-2007年度甲3亚型流感病毒的抗原性和基因特性未发生明显变异。
- 李天舒潘明何超童文彬黄婷杨超美
- 关键词：流行性感冒病毒血凝素基因
- 四川省40例境外输入新冠肺炎确诊病例病毒全基因组特征分析被引量：1
- 2022年
- 目的了解四川省2022年1—3月境外输入的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)分子特征。方法选取2022年1—3月经由成都双流国际机场入境的182例境外输入新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)确诊病例的样本进行变异株核酸检测和病毒全基因组测序及其序列分析。对病例的呼吸道样本提取病毒RNA,用突变核酸检测试剂盒进行变异株核酸检测;采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序,采用Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别,分析病毒的变异位点。与NCBI数据库中SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析并构建系统进化树。结合病例的流行病学资料,分析病毒的来源和相关性。结果在182例确诊病例的样本中,检测出3例B.1.617.2突变和57例B.1.1.529突变。其余122例未检出上述两种变异突变。本研究共获得40条覆盖度>95%的SARS-CoV-2全基因组序列,Nextclade分型结果显示:3条属于21J型(Delta)、5条属于21K型(Omicron)、32条均属于21L型(Omicron);Pangolin分型结果显示:3条21J型(Delta)分别属于AY.4、AY.109和B.1.617.2,5条21K型(Omicron)均属于BA.1.1,32条21L型(Omicron)属于BA.2。这一结果与截至2022年3月GISAID SARS-CoV-2数据库中Omicron变异株的序列占比达到99.7%、具有绝对优势的结果一致。与参考株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,3条21J型(Delta)的核苷酸变异位点分别为45、47和42个,氨基酸变异位点分别为36、25和36个;5条21K型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为59个(26~64个),氨基酸变异位点中位数为48个(10~53个);32条21L型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为71个(66~76个),氨基酸变异位点中位数为53个(40~56个)。进化分析结果显示:40条SARS-CoV-2序列均与目前流行的需要关注的新冠病毒变异株相关。结论四川省持续对境外输入确诊病例的SARS-CoV-2基因组进行全序列测定,使之逐渐形成一套系�
- 徐佳楠冯玉亮刘晨霞杨慧萍潘明刘李
- 关键词：新型冠状病毒基因组序列分子特征
- 2007年四川省流感监测分析被引量：14
- 2008年
- 目的了解四川省流感流行状况,为制定流感防制策略提供依据。方法用鸡胚和犬肾传代细胞分离病毒,用血凝抑制试验鉴定毒株。通过国家疾病监测信息报告管理系统、突发公共卫生事件报告管理信息系统和流感/人禽流感专报系统收集四川省流感及流感样病例(ILI)监测资料,对其流行病学、病原学以及流感暴发疫情监测结果进行分析。结果四川省ILI逐年减少,没有明显的就诊高峰。共报告流感暴发疫情9起,主要在3-4月,以农村中小学为主。在879份ILI标本中共分离到流感毒株100株,分离率11.38%。主要为H3型和B型,分别占52%和45%。结论需要加强四川省流感监测和流感病毒抗原变异研究,同时加强农村中小学暴发疫情监测。
- 黄婷何超刘学成潘明李天舒
- 关键词：流感病原学
- 基于现场证据的四川省新冠肺炎防控措施动态调整
- 2022年
- 2019年底,武汉暴发新冠肺炎疫情后,基于对疾病认识的不断深入,国家卫生健康委员会及时出台和更新防控方案指导各地开展疫情防控。从现场调查到证据整合,再到形成国家方案,势必耗费较长时间。四川省基于现场证据,不等国家方案更新,及时调整具体措施,提前实施了密切接触者判定时间前推到感染者发病或检出阳性前3 d、无症状感染者与确诊病例同等管理、粪便标本核酸检测结果纳入出院和解除隔离标准、分区分类管控、圈层管控等措施,起到较好防控效果。提示各地方在应对新发传染病时,应谨慎研究,大胆探索“基于国家方案原则、依据现场确切证据、及时调整具体措施”的模式。
- 唐雪峰冯燎王卓程秀伟刘润友李帆陈剑宇潘明袁珩肖崇堃蒲晨廖如珺钟波毛素玲
- 关键词：新发传染病
- 2011-2014年四川省流行性感冒监测结果分析被引量：8
- 2016年
- 目的了解四川省流感的流行特征和病毒亚型,为流感防控提供科学依据。方法在中国流感监测信息管理系统和传染病报告信息管理系统收集四川省2011-2014年流感样病例(ILI)监测数据、聚集性疫情监测数据、病原学监测数据和流感疫情数据进行描述性分析和Spearman秩相关分析。结果 2011-2014年ILI%具有一定的季节性;流感病原学检测2011年以甲型H1N1(55.75%)和B型(36.41%)为主,2012年以H3N2型(47.71%)和B型(47.25%)为主,2013年以甲型H1N1(63.61%)和B型(21.80%)为主,2014年以H3N2型(66.60%)和B型(24.08%)为主;ILI%与流感样病例病原学阳性率之间的相关性检验结果为r=0.1079,P=0.1209;全省的ILI暴发疫情85.71%发生在中小学校。结论四川省流感2011-2014监测年度间的优势毒株亚型之间呈现交替变化并有一定的规律。ILI%季节变化与流感疫情之间存在一定差异;ILI%季节变化与流感样病例病原学阳性率之间未发现统计学相关性;流感暴发疫情主要发生在中小学校。
- 周丽君刘学成吕强刘磊潘明黄婷程秀伟郝彩霞
- 关键词：流行性感冒
- 多重PCR技术和呼吸道病原体微流体芯片在诊断儿童急性呼吸道病毒感染中的应用被引量：14
- 2020年
- 目的 了解多重PCR技术(RespiFinder■SMART 22检测试剂盒)和呼吸道病原体微流体芯片技术(TaqMan array cards, TAC)在诊断儿童急性呼吸道感染(acute respiratory infection, ARI)中的应用价值。方法 从2018年8月份至2019年8月份采集的成都市儿童专科医院275例有ARI症状的患儿咽拭子样本中随机选择120份样本,分别使用RespiFinder■SMART 22和TAC进行呼吸道病毒核酸检测,比较2种检测方法的优缺点。结果 120份儿童ARI标本经RespiFinder■SMART 22和TAC检测,阳性率分别为88.33%和93.33%,混合感染率分别为26.67%和35%。在120份样本中,2种方法检测结果一致率为88.33%,其中阳性一致性106例,阴性一致性7例。结果不一致的有7例。结论 多重PCR技术和TAC技术在此次实验检测中检出阳性样本一致性较高,两者对于呼吸道病毒检测均具有良好的临床应用价值。
- 徐佳楠潘明李天舒吴海燕童文彬何树森杨慧萍
- 关键词：呼吸道感染多重PCR
