谭钟扬 作品数:19 被引量:23 H指数:3 供职机构: 湖南大学生物学院 更多>> 发文基金: 国家科技支撑计划 湖南省科技计划项目 湖南省自然科学基金 更多>> 相关领域: 生物学 环境科学与工程 农业科学 医药卫生 更多>>
基于相对密码子频率的芜菁花叶病毒基因组序列的进化分析 被引量:3 2010年 现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列已在GenBank报道,据分析报道其中58株不含重组序列。利用系统聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子频率RSCU值进行聚类分析。同时利用系统发育分析方法分析了这92株和58株TuMV全基因组序列。结果发现,92株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度很低;而不含重组序列的58株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度却非常高,且与寄生宿主类型基本对应。这表明在不存在重组的情况下,TuMV密码子频率的偏性可能是宿主内的一种选择压力,影响TuMV基因组的点突变进化方向,促使TuMV适应宿主内环境。 周祎 陈洪俊 李明福 易丽萍 刘选明 谭钟扬关键词:芜菁花叶病毒 密码子偏性 聚类 乙型肝炎病毒B2和C2亚型中SSRs的比较分析 被引量:2 2011年 乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)属于嗜肝DNA病毒科(hepadnaviridae),它分布在世界各地并严重危害人类的健康。本文从NCBI的GenBank中下载了106条B2亚型和130条C2亚型的基因组全长序列,以下载的数据为材料,分析简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)在B2和C2亚型基因组序列中的分布情况。结果显示,简单重复序列的重复次数比较少;二型简单重复序列在研究的五种简单重复序列类型中占绝对优势;这可能与B2和C2亚型基因组序列有较高的突变率有关。同时还发现最普遍的SSRs、序列间SSRs的平均相对丰度和平均相对密度在B2和C2亚型中分布情况相似。 冯海平 谭钟扬 李丹 赵相艳 李明福 欧阳清检关键词:简单重复序列 乙型肝炎病毒 生物传感与分子信号转换技术研究进展 阐述了核酸适体(aptamer)传感技术、纳米结构传感界面构建与传感技术和生物传感器件标准化技术等生物传感与分子信号转换的新技术的研究进展,这些技术是现场快速的分子检测技术领域中的研究热点. 谭钟扬 蒋小平 易丽萍 蒋健晖 沈国励 俞汝勤关键词:生物传感 文献传递 基于胸腺嘧啶-汞离子(Ⅱ)配位作用的汞离子(Ⅱ)检测技术的研究进展 被引量:1 2009年 通过胸腺嘧啶-汞离子(Ⅱ)-胸腺嘧啶(T-Hg2+-T)特异性配位结构的形成,汞离子(Ⅱ)可以稳定寡聚核苷酸中胸腺嘧啶-胸腺嘧啶(T-T)错配杂交,利用这种特殊原理可以高灵敏度、高选择性地检测汞离子(Ⅱ)。探讨了基于该机理的汞离子(Ⅱ)检测技术研究进展,该类技术在实时环境监测方面的应用具有很可观的潜力。 刘斯佳 朱静 谭钟扬关键词:汞 有尾噬菌体目中微卫星和复合型微卫星的发生及分析(英文) 2014年 简单重复序列亦称微卫星,被成功应用于许多真核生物、原核生物和病毒的基因组和进化研究,但是噬菌体中的微卫星目前很少被研究。因此对60条尾病毒目基因组中的微卫星和和复合型微卫星(由两个或两个以上直接相邻的微卫星组成)做综合性分析,在这60个基因组中总共观察到11 874个微卫星和449个复合型微卫星。相关性分析表明微卫星个数与基因组大小成正线性相关(ρ=0.899,P<0.01)。参考序列中的微卫星个数少于对应的随机序列中微卫星个数,这种反常现象主要是因为参考序列含有较少的单核苷酸和二核苷酸重复。A/T和AT/TA重复是单核苷酸和二核苷酸重复中最主要的类型,因此单核苷酸重复中的GC含量明显低于相应的序列中的GC含量;相比之下,微卫星中的二核苷酸和三核苷酸重复的GC含量与对应的参考序列的GC含量无明显区别。尾病毒目基因组中的这些结果与其它生物体基因组存在一定的差别。有助于了解尾病毒目中微卫星的分布、进化和生物学功能。 周兰 吴晓龙 付永卓 赵相艳 陈禹保 谭钟扬厌氧微生物降解矿井瓦斯的特征实验研究 2018年 采场煤体是历经反复多次的沉降、变质过程之后形成的稀氧甚至缺氧、且含甲烷的复杂地质体。为了实现煤体被采掘之前甲烷降解效率的最大化,从淹水水稻田20 cm深土壤中取泥样,利用NMS培养基通过培养、分离、纯化得到了目标厌氧型甲烷氧化菌株;然后分别控制变量——温度、p H值和甲烷浓度,利用气相色谱仪测定了气样中甲烷的含量,分光光度计测定了菌样的OD600值。结果表明,在30℃、p H为6~7的条件下菌株降解甲烷的能力最强,且具有降解更高浓度甲烷的潜力。实验结果将在一定程度上丰富和完善微生物治理矿井瓦斯的理论体系,并促进其应用技术的推广和应用范围的拓展。 赵相艳 张瑞林 于红 吴金刚 谭钟扬关键词:气相色谱 细菌培养 基于酶催化沉积放大的检测芜菁花叶病毒的生物传感技术 2009年 提出了一种基于酶催化沉积放大检测芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)的生物传感技术。该方法先通过夹心免疫反应,将碱性磷酸酯酶标记的芜菁花叶病毒抗体固定到电极表面,然后通过碱性磷酸酯酶催化还原银离子在电极表面形成不溶性沉积物,从而放大电化学检测信号。考察了抗体的用量和沉积时间对免疫分析的影响,结果显示传感器信号响应与芜菁花叶病毒原液的浓度在10~1000倍稀释范围内呈良好的线性关系,检出限达到500000倍芜菁花叶病毒原液稀释浓度。 蒋小平 李明福 陈洪俊 吴会旺 谭钟扬 蒋健晖 沈国励 俞汝勤关键词:芜菁花叶病毒 免疫传感器 阳极溶出伏安法 水泥固化处理重金属污染土的研究进展 使用水泥等固化剂固化处理重金属污染土是当前国际环境岩土工程界研究的热点、重点和难点之一。本文回顾了国内外水泥固化处理重金属污染土的技术的研究现状,分析了目前国内外在研究这一技术方面存在的不足之处,并针对在我国东南沿海工业... 杜延军 谭钟扬文献传递 甲型流感病毒HA基因的简单重复序列分布分析 被引量:4 2011年 以GenBank公开的甲型流感病毒亚型的血凝素(hemagglutinin,HA)核苷酸序列为材料,从简单重复序列(simple se-quence repeat,SSR)分布的分析角度出发,分析了来自于亚洲、非洲、北美洲、南美洲、欧洲、大洋洲的49个地区的76株甲流病毒的HA片段。分析表明:所分析序列的SSRs的分布都很相似,其中单碱基重复的相对丰度值和相对密度值均高于其它五种碱基重复的相对丰度值和相对密度值;甲流病毒HA片段的SSRs与HIV-1[16]基因中的SSRs相比,前者的相对丰度值和相对密度值高于后者。这些结果表明甲流病毒基因中的SSRs可能与甲流病毒的快速变异相关。 彭军 谭钟扬 蔡立军 易丽萍 赵相艳关键词:甲型流感 简单重复序列 血凝素 基于核酸适配体-质粒DNA复合物信号放大的荧光免疫传感技术 被引量:5 2009年 提出了一种简便、高灵敏的荧光免疫传感新技术,通过抗体/抗原/核酸适配体-质粒DNA复合物的特异性识别与双链质粒DNA与荧光染料SYBR GreenⅠ的嵌合作用,实现对血小板衍生增长因子BB(PDGF-BB)的检测。生物识别反应在微孔板中进行,PDGF-BB抗原与微孔板底部预包被的PDGF-BB抗体免疫反应后,加入核酸适配体-质粒DNA复合物与抗原形成夹心复合物。加入DNA双链嵌合染料SYBR GreenⅠ与夹心复合物的双链DNA部分结合可产生强荧光,其荧光强度可用于定量测定PDGF-BB浓度。实验考察了离子浓度、核酸适配体的延伸引物片段与质粒PUC19的反应比例、染料SYBR GreenⅠ浓度等分析条件对荧光信号的影响。在优化反应条件下,PDGF-BB检测的线性范围为0.2~200μg/L,检出限为0.1μg/L,并且实现了对人血清中PDGF-BB的定量检测。 朱静 黄勇 蒋小平 谭钟扬 蒋健晖 沈国励 俞汝勤关键词:核酸适配体