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应用随机寡核苷酸文库修饰磁性颗粒提高血浆蛋白质的鉴定覆盖度: 2017年; 基于随机寡核苷酸与蛋白质之间的离子、亲和、疏水、氢键等相互作用力及多种空间结构作用,发展了一种基于随机寡核苷酸文库作为配基的新型血浆样品处理方法。采用寡核苷酸文库修饰的磁性颗粒(MNP@ssDNA)材料,在生理缓冲体系条件下捕获血浆样品中的蛋白质。比较了两种洗脱体系的洗脱效果,并利用nano-RPLC-ESIMS/MS对获得的蛋白质酶解液组分进行分析。结果表明,MNP@ssDNA材料处理后的血浆蛋白质鉴定数量提升了约29.5%,两种洗脱体系呈现良好的互补性(26.7%)。血浆中前10种高丰度蛋白质的谱图占有率从处理前的31.82%降低到21.31%(洗脱体系1)和26.20%(洗脱体系2)。在鉴定到的蛋白质中,丰度最低的蛋白质在血浆中的质量浓度约为0.29 ng/mL,该蛋白质仅在MNP@ssDNA材料处理后被鉴定到。结果证明MNP@ssDNA策略不仅能有效降低血浆中高丰度蛋白质的丰度,也为低丰度蛋白质的深度挖掘提供了新的思路。; 邓楠梁振边阳阳张明建张柯张丽华张玉奎; 关键词：血浆蛋白质低丰度

蛋白质组修饰谱分析新方法: 翻译后修饰大多发生在具有重要生理调控功能的低丰度蛋白质分子上,其分析鉴定面临诸多技术上的挑战。为此我们发展了多种蛋白质组修饰谱分析的新技术新方法。为了实现规模化定量分析正常和肝癌人肝组织的N-糖基化蛋白组的表达差异,在利...; 叶明亮孙珍朱俊边阳阳王方军邹汉法; 关键词：糖基化磷酸化质谱色谱; 文献传递

蛋白质组衍生肽段文库用于鉴定酪蛋白激酶2的底物模体被引量：2: 2011年; 模体是蛋白质二级结构上的一种特征序列,激酶底物通常具有一类特征性的模体,识别底物模体对鉴定激酶底物具有重要意义。为了快速鉴定激酶底物模体,将全细胞蛋白质酶解液作为肽段文库的来源,采用碱性磷酸酶去除肽段的固有磷酸化后构建了用于筛选激酶底物模体的肽段文库。该肽段文库是大量非磷酸化肽段的混合物,将此混合肽段与酪蛋白激酶2和三磷酸腺苷作用30min后,通过固定化金属离子亲和色谱法富集磷酸化肽段,采用反相液相色谱-串联质谱分析,成功地鉴定到472条非冗余底物肽段,包含451个非冗余磷酸化位点,并由此得到底物模体S/T-D/E-x-D/E。该法能够快速准确地筛选出激酶底物模体,对研究激酶-底物识别以及信号转导过程具有重要意义。; 张曼玉王春丽边阳阳程凯卫晓鸾叶明亮邹汉法; 关键词：激酶蛋白质组学

固定化β-葡萄糖醛酸酶反应器的制备及其在4-甲基亚硝胺基-1-(3-吡啶)-1-丁醇的O-糖苷化合物分析中的应用被引量：3: 2018年; 采用溶胶-凝胶法,以丙烯酰胺作为单体,制备了基于有机-硅胶杂化整体柱的β-葡萄糖醛酸酶反应器。优化了硅酸甲酯和γ-(甲基丙烯酰氧)丙基三甲氧基硅的物质的量的比、丙烯酰胺和聚乙二醇的用量,以及水浴温度等制备条件,获得了孔隙均匀、通透性良好、机械强度高的有机-硅胶杂化整体柱。采用光学显微镜和扫描电镜表征杂化整体柱。进一步将β-葡萄糖醛酸酶共价键合在整体柱上,以4-甲基亚硝胺基-1-(3-吡啶)-1-丁醇(NNAL)的O-糖苷化合物(NNAL-O-Gluc)为底物研究酶反应器的水解效果,实验结果证明酶反应器在室温条件下的水解效率大大提高,实现了NNAL-O-Gluc高效水解与分析,解决了目前NNAL-O-Gluc分析中前处理水解效率低的问题。; 王婷王婷姚二民邓楠边阳阳刘萍萍张柯陈千思

基于两相预柱的在线二维分离系统用于人肝组织中磷酸肽的规模化鉴定: 将C反相(RP)填充柱和磷酸基强阳离子交换(SCX)整体柱集成于一体的RP-SCX两相预柱,成功用于RPLC-MS/MS系统的自动进样和SCX分级,完成了磷酸肽在线多维分离平台的构建,可以减少样品的损失,极大地提高了系统...; 宋春侠王方军程凯边阳阳叶明亮邹汉法; 关键词：蛋白质组学人肝; 文献传递

一种位点注释的蛋白质数据库用于磷酸化肽段的鉴定被引量：2: 2015年; 磷酸化修饰的分析一直是蛋白质组学研究的热点之一。在鸟枪法的蛋白质组学研究中,通过在数据库检索中设定磷酸化为可变修饰可以直接鉴定磷酸化修饰的位点。但是翻译后修饰的引入会增加数据检索空间,造成鉴定灵敏度的降低。为了解决这一问题,我们构建了一种位点注释的数据库,这种数据库包含蛋白质的磷酸化位点信息,并开发了一种新的数据库检索策略用于磷酸化肽段的可靠鉴定。用不同类型的数据作为分析对象,通过Mascot检索软件对这种新的数据库检索策略进行了考察,证明了这种方法在保证鉴定结果可靠性的前提下提高了磷酸化肽段鉴定的灵敏度。; 程凯王方军边阳阳叶明亮邹汉法; 关键词：蛋白质组学磷酸化

基于两相预柱的在线二维分离系统用于人肝组织中磷酸肽的规模化鉴定: 2012年; 将C18反相(RP)填充柱和磷酸基强阳离子交换(SCX)整体柱集成于一体的RP-SCX两相预柱,成功用于RPLC-MS/MS系统的自动进样和SCX分级,完成了磷酸肽在线多维分离平台的构建,可以减少样品的损失,极大地提高了系统的集成化水平和检测灵敏度。对人肝组织酶解液富集的磷酸肽进行规模化鉴定,在假阳率小于1%的情况下,共鉴定到3 082条非重复的磷酸化肽段、3 056个磷酸化位点和1 332个磷酸化蛋白。对所鉴定到的磷酸化蛋白进行了功能分类和激酶分析。该实验结果对于了解蛋白质磷酸化在肝脏组织中发挥的生理学作用具有重要意义。; 宋春侠王方军程凯边阳阳叶明亮邹汉法; 关键词：蛋白质组学人肝

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