陆星亦
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 供职机构：中国科学院研究生院更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 四膜虫基因表达数据库:四膜虫全基因组基因表达芯片和协同表达分析的数据资源被引量：2
- 2010年
- 嗜热四膜虫是一种优良的真核模式生物,对其功能基因组学的分析将为研究细胞和分子生物学的基础性重大问题提供新的机遇.四膜虫基因表达数据库(TGED)是原生动物纤毛虫中第一个基因表达数据库,整个数据库包括了四膜虫3个重要的生理和发育阶段20个时间点的全基因组基因表达数据,提供了友好的网页界面(http://tged.ihb.ac.cn)供用户获取这些数据.通过基因的标识号或描述信息,用户可以获取基因表达谱信息和协同表达基因.此外,TGED同时提供了制备四膜虫基因表达芯片的样品制备方法.欢迎研究者上传和分享其所有的基因芯片数据,以期为四膜虫或纤毛虫研究提供重要的功能基因组学资源.
- 熊杰陆星亦陆钰明曾宏辉袁冬霞冯立芳畅悦BOWEN JosephineGOROVSKY Martin傅诚杰缪炜
- 关键词：嗜热四膜虫
- 嗜热四膜虫腺苷三磷酸结合盒转运蛋白ABCC10基因的可变剪切分析
- 2011年
- 哺乳动物中腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporter,ABCT)可通过可变剪切产生多种转录本,其中含有提前终止密码子(premature terminal codon,PTC)的转录本还可与无义介导的mRNA降解通路(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)作用来调节蛋白的相关功能,但这些现象尚未在低等生物的ABCT研究中发现。该文以单细胞原生动物——嗜热四膜虫为对象,利用转录组数据发现ABCC10基因存在可变剪切,并产生两条转录本(SV1和SV2),其中SV2在第五个内含子处发生内含子保留事件,这段长49 bp的序列使SV2发生移码并产生PTC。在构建NMD通路中关键因子UPF1基因的嗜热四膜虫敲降株的基础上,利用实时荧光定量PCR方法检测SV2的转录情况。结果显示:含有PTC的转录本SV2在UPF1敲降株中的转录水平相对于野生型显著增加,说明SV2可被NMD通路降解。这与高等动物中某些ABCC蛋白通过可变剪切引入含PTC转录本,并能被NMD降解的方式一致,推测该方式在真核生物中十分保守,并在真核生物的共同祖先(the last eukaryotic commonancestor)中就已形成。
- 陆星亦熊杰袁冬霞缪炜
- 关键词：嗜热四膜虫ABC转运蛋白实时荧光定量PCRNMD
