宋彬
- 作品数：4 被引量：10H指数：2
- 供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划广西壮族自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 多序列比对问题的并行近似算法被引量：4
- 2005年
- 基于中心方法的思想,采用分治策略,在SIMD-CREW模型上设计了一个使用O(k2m)个处理器(其中k为序列个数,m为最长的序列长度),时间复杂度为O(m+logk)的并行近似算法.在实际情况中,由于logk远远小于m,相对于时间复杂度为O(m2k2)的串行中心方法,该算法在理论上达到线性加速.与现有的并行算法相比,它可以适用于任意情况,且易于分析时间复杂度.利用LARPBS模型的特点和并行求前缀和的方法,调用LARPBS模型上求和与最大(小)值的并行算法,首次给出了在LARPBS模型上的多序列比对问题的并行近似算法.该算法使用O(k2m)个处理器,时间复杂度为O(m+log logD),其中D为序列两两比对的代价值的最大值.该算法同样适用于任何情况,由于log logD通常远小于m,所以它在理论上也是线性加速的.
- 宋彬陈国良鄢超沈一飞
- 关键词：多序列比对LARPBS模型
- 生物信息学中序列比对算法的研究
- 本文首先讨论双序列比对和多序列比对的定义，介绍多序列比对的四种常用模型，分析其优缺点;然后分析和比较多序列比对的各类算法(精确算法、近似算法、启发式算法和并行算法等);最后给出需要解决的研究问题。在充分调研了序列比对问题...
- 宋彬
- 关键词：生物信息学双序列比对多序列比对并行计算模型
- 文献传递
- 一种纳米计算结构上的(m,n)选择网络被引量：1
- 2006年
- 通过分析一种新的结构模型——Cell MatrixTM,以及在其上实现的(m,n)选择网络,在晶格结构上实现比较器单元,然后构建互连网络连接各级比较器,从而实现了平衡分组选择网络.实验用晶格开销数目和晶格延迟时间数来衡量算法实现的复杂度,给出了该网络的开销(均是多项式级),具有良好的使用性.该模型上算法的实现过程以及开销分析,体现了Cell MatrixTM结构上计算的便捷性与独特性.
- 鄢超陈国良宋彬沈一飞
- 关键词：CELL
- 生物序列比对算法分析与比较被引量：5
- 2004年
- 序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作.它可以预测生物序列的功能、结构和进化过程等.文中首先介绍双序列比对的基本算法;接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法;最后,给出一些研究问题.
- 钟诚宋彬
- 关键词：生物信息学双序列比对多序列比对启发式算法
