目的分析引起吉林省2009年手足口病(Hand,Footand Mouth Disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus Group A Type16,CVA16)VP1编码区的基因特征。方法 对2009年分离于吉林省部分HFMD来源的15株CVA16分离株的VP1编码区基因,进行逆转录-聚合酶链反应扩增,并对扩增产物进行序列测定,使用Bioedit软件和MEGA4.0软件对VP1编码区基因进行基因遗传进化及同源性分析。结果吉林省2009年15株CVA16分离株有86.7%(13/15)属于B1a基因亚型,13.3%(2/15)属于B1b基因亚型,并且15株分离株分属于3个相对独立的传播链(Clade1～3),分别由11株、2株、2株组成。3个传播链各自的组内核苷酸和氨基酸同源性均较高,其中较大优势传播链(Clade1)的核苷酸和氨基酸同源性均高达98.2%～100.0%,两个较小传播链均高达100%。结论吉林省2009年监测到至少有2个基因亚型、3个传播链的CVA16引起的HFMD流行,并且呈现以1个B1a基因亚型的优势传播链为主,其他2个小传播链为辅的传播模式。无论是优势传播链还是小传播链,均各自呈现密切的亲缘关系。
