付海龙
- 作品数：9 被引量：20H指数：3
- 供职机构：南京医科大学公共卫生学院更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 生物信息学预测hsa-miR-26b的作用靶标及功能被引量：3
- 2012年
- 目的通过生物信息学预测hsa-miR-26b的靶基因,进一步分析其潜在功能,为其后续功能研究提供理论依据。方法用pubmed、谷歌(google)等工具检索hsa-miR-26b相关文献;用miRbase、NCBI、UCSC Browser和Promoter scan等在线工具分析hsa-miR-26b序列及所在基因组特征;用TargetScan、PicTar及miRanda预测hsa-miR-26b的靶基因;通过功能富集分析(GOanalysis)和信号转导通路富集分析(Pathway analysis),预测所得靶基因和已证实的靶标基因。结果研究证实hsa-miR-26b与神经发育、心肌肥大及各种肿瘤发生、发展有关;hsa-miR-26b位于CTDSP1基因内含子内,但可能具有与该基因不同的启动子;3种方法预测结果取交集获得可能靶标基因33个,合并已知靶标基因14个;hsa-miR-26b靶基因主要参与钠离子转运、溶酶体组织和生物形成、抑制细胞增殖、转运等生物学过程,涉及Notch、氨基糖类代谢、ABC转运子、VEGF及TGF-β等信号转导通路。结论 hsa-miR-26b的功能较为广泛,与发育、代谢等密切相关。
- 徐广峰付海龙史春梅季晨博赵亚萍郭锡熔
- 关键词：微小RNA生物信息学靶基因
- hsa-mir-1246在食管癌细胞株中的表达及其生物信息学分析
- 2013年
- 目的检测食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中hsa-mir-1246的表达,并对hsa-mir-1246进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为深入研究hsa-mir-1246在食管癌发生、发展过程中的分子机制提供理论依据和实验基础。方法应用qRT-PCR技术检测食管癌细胞株KYSE-150中hsa-mir-1246的表达水平,并与正常对照细胞株对比;通过miRBase、NCBI、UCSC Browser等在线工具分析hsa-mir-1246序列;应用TargetScan、miRanda及miRBD预测hsa-mir-1246的靶基因,进行功能富集分析和信号通路富集分析。结果 (1)食管癌细胞株中hsa-mir-1246表达水平明显高于正常对照细胞株(86.67±16.87 vs 30.95±11.51,P<0.05)。(2)miRNA-1246在人类同源的物种之间具有高度保守性。(3)3种预测网站得到hsa-mir-1246靶基因分别为114个、5 983个、398个,交集为13个。(4)hsa-mir-1246靶基因功能分别富集于转录的调控、信号转导、染色质修饰、细胞周期等生物学过程(P<0.001),涉及基底细胞癌、神经胶质瘤、Wnt信号通路、长时程增强效应等信号转导通路(P<0.05)。结论 hsa-mir-1246靶基因参与肿瘤发生的多种生物学过程,提示hsa-mir-1246可能与食管癌的发病机制密切相关。
- 付海龙蒋森张向君赵亚萍赵兵
- 关键词：食管癌生物信息学靶基因
- Hsa-miR-1在人食管癌细胞株中的表达及生物信息学分析被引量：2
- 2012年
- 目的探讨Hsa-miR-1在人类食管癌发病中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测分析,从而为后续Has-mir-1功能的研究提供线索。方法通过实时荧光定量PCR法,检测人食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中Hsa-miR-1的相对表达水平;应用miRBase获取、分析Hsa-miR-1序列特征并比较其同源性大小;应用HGNC、NCBI mapviewer、UCSC Browser工具分析Hsa-miR-1所在基因组特征;应用TargetScan6.1、PicTar及miRanda预测Hsa-miR-1的靶基因,取三者预测结果交集,并结合已证实的靶基因,进行功能注释(Gene Ontolo-gy)和通路富集分析(Pathway enrichment)。结果 KYSE150中Hsa-miR-1表达显著低于Het-1A细胞;Hsa-miR-1在物种进化上具有很强的保守性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中。结论 Hsa-miR-1可能参与了食管癌的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路;此为后续Hsa-miR-1生物学功能的研究奠定了基础。
- 蒋森付海龙徐广峰王秀芳赵亚萍杜云翔
- 关键词：细胞株生物信息学
- 流式细胞术在临床检验中的应用被引量：7
- 2012年
- 流式细胞术（flow cytometry,FCM）是近代细胞生物学、分子生物学、分子免疫学、流体力学、激光技术、电子计算机技术等高度结合和发展的结晶,是一种在功能水平上对单细胞或其他细胞粒子、抗原物质进行快速检测分析和分选的技术〔1〕。FCM能够快速分析单个细胞或粒子的多种特性,既可以定性,也可以定量,尤其适用于大量样品检测。
- 付海龙赵亚萍
- 关键词：流式细胞术流式细胞仪
- hsa-miR-100的生物信息学分析被引量：4
- 2012年
- 目的对hsa-miR-100进行靶基因、功能预测等生物信息学分析,为深入研究hsa-miR-100功能提供理论和试验基础。方法利用Pubmed检索miRNA-100相关文章,通过miRBase、NCBI、UCSC Browser等在线工具分析hsa-miR-100序列,应用miRanda、TargetScan及PicTar预测hsa-miR-100靶基因,结合已证实的靶基因进行功能富集分析和信号通路富集分析。结果 hsa-miR-100与多种肿瘤发生、发展有关,其序列在各物种间具有高度保守性。hsa-miR-100靶基因功能富集于基因沉默、染色质沉默、细胞生物合成负性调节等(P<0.01),涉及肿瘤信号通路、溶酶体信号通路、凋亡信号通路等信号转导通路(P<0.05)。结论 hsa-miR-100可能参与肿瘤发生相关的生物学过程。
- 付海龙徐广峰史春梅季晨博郭锡熔赵亚萍
- 关键词：微RNAS生物信息学靶基因
- MiR-143在ob/ob小鼠肝脏、骨骼肌中的表达及意义被引量：2
- 2013年
- 目的观察miR-143在遗传性ob/ob肥胖小鼠与正常对照组C57/BL6J小鼠肝脏、骨骼肌中的差异表达,初步探讨miR-143在肥胖及相关脂代谢紊乱发生中的作用。方法选择16周龄的ob/ob小鼠与C57/BL6J小鼠各12只,采用实时荧光定量聚合酶链反应技术检测两组小鼠肝脏、骨骼肌中miR-143的表达水平。结果 miR-143在ob/ob小鼠肝脏中的表达水平明显高于C57/BL6J小鼠(P<0.05),但在骨骼肌中的表达水平两组无显著性差异(P>0.05)。结论 miR-143可能参与了ob/ob小鼠肝脏脂质代谢紊乱的发生。
- 张向君黄婷婷付海龙徐广峰赵亚萍王加林
- 关键词：MIR-143脂质代谢紊乱
- 人食管鳞状细胞癌细胞株hsa-miR-143/145基因簇表达生物学信息的分析被引量：2
- 2012年
- 目的:探讨hsa-miR-143/145基因簇在人食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞株中的表达,并对其生物学特征以及功能进行预测分析。方法:通过实时荧光定量PCR法,检测人ESCC细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中hsa-miR-143/145基因簇的相对含量;应用miRBase获取并分析hsa-miR-143/145基因簇序列特征并比较其同源性大小;应用TargetScan 6.1、PicTar及miRanda预测hsa-miR-143/145基因簇的靶基因,取三者预测结果的交集,并结合已证实的靶基因进行功能注释(GO)和通路富集分析。结果:人ESCC细胞株KYSE-150中hsa-miR-143表达水平为0.000 2±0.000 5,显著低于正常食管上皮细胞Het-1A的0.000 6±0.000 7,t=10.301,P=0.001;hsa-miR-145的表达水平为0.000 5±0.000 1,显著低于正常食管上皮细胞Het-1A的0.001 2±0.000 2,t=6.139,P=0.004。应用3种靶标预测软件预测hsa-miR-143和hsa-miR-145的靶基因,取交集有119个基因,结合已证实的靶标基因,共224个。hsa-miR-143/145基因簇在21个物种上都显示了很好的同源性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中。结论:Hsa-miR-143/145基因簇可能参与ESCC的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路,为后续Hsa-miR-143/145基因簇生物学功能的研究奠定了基础。
- 蒋森杨晓娣王秀芳鲍子超付海龙杜云翔赵亚萍
- 关键词：计算生物学
- miR-26b过表达对不同时间点人脂肪细胞分泌脂因子的影响
- 目的:探讨miR-26b过表达对不同时间点脂肪细胞上清各种肥胖及炎症相关蛋白分泌的影响.方法:hsa-miR-26b过表达的病毒感染人脂肪前体细胞,并诱导分化;收集不同时间点的细胞培养基上清,采用酶联免疫吸附法(ELIS...
- 庞玲霞徐广峰赵亚萍史春梅宋桂仙付海龙朱璐宋雷雷赵超季晨博郭锡熔
- miR-26b慢病毒载体构建及其在人前体脂肪细胞中的表达验证
- 目的:构建人miR-26b慢病毒载体,并感染人前体脂肪细胞.方法:以人脂肪细胞基因组DNA为模板,PCR扩增包含miR-26b所在区域上下游100bp左右的基因组DNA,克隆慢病毒表达载体,进一步包装成慢病毒并感染人脂肪...
- 徐广峰赵亚萍史春梅宋桂仙付海龙朱璐宋雷雷赵超季晨博郭锡熔
