史晓红
- 作品数：8 被引量：25H指数：4
- 供职机构：华中科技大学控制科学与工程系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学化学工程理学更多>>
- 基于图论算法的蛋白质结构的同源模建
- 蛋白质结构相互连接相互作用的性质,对蛋白质结构的同源模建产生较大困难,我们提出一种基于图论的最大团算法来克服这个困难。用氨基酸序列中残基的构象代表图中一个点,根据蛋白质结构中侧链原子与主链原子间的相互作用给每个点赋权,图...
- 史晓红刘文斌
- 关键词：图论最大团同源模建蛋白质结构预测
- 文献传递
- 网络结构与优化中的智能计算方法研究
- 许进魏小鹏强小利张强潘林强王燕方刚董亚非张社民石小龙刘向荣张征崔光照史晓红黄布毅王延峰范月科徐崇军吴秦周东生周昌军
- 该项目系统地研究生物计算的系统结构、计算复杂性、编码方法、计算模型和算法等基本问题，不仅丰富了智能计算理论和方法，而且促进了新兴交叉学科的形成和发展，在优化问题求解、生物信息学、图像处理等需要大计算量的领域中有重要的应用...
- 关键词：
- 关键词：DNA计算神经计算
- 基于图的匹配方法预测蛋白质结构中的二硫键被引量：4
- 2007年
- 在蛋白质结构预测的研究中,一个重要的问题就是正确预测二硫键的连接,二硫键的准确预测可以减少蛋白质构像的搜索空间,有利于蛋白质的3D结构的预测。论文将一个蛋白质结构中二硫键的预测问题,等价为一个寻找图的最大权的匹配问题。图的顶点表示序列中的半胱氨酸残基,边连接每一顶点,表示一种可能的连接方式,边的权根据一个权值函数赋值,用EJ算法寻找具有最大权的匹配,则这个匹配对应二硫键的正确连接。应用这个方法对蛋白质结构的二硫键进行了预测并取得了良好的结果。
- 史晓红王燕张凯罗亮许进
- 关键词：蛋白质结构预测二硫键
- LVQ神经网络方法预测蛋白质结构中的二硫键被引量：6
- 2007年
- 在蛋白质结构预测的研究中,一个重要的问题就是正确预测二硫键的连接,二硫键的准确预测可以减少蛋白质构像的搜索空间,有利于蛋白质的3D结构的预测,成功地将LVQ神经网络方法引入蛋白质的二硫键的预测工作中。结果表明蛋白质的二硫键的连接与半胱氨酸的局域序列模式有重要联系,可以由蛋白质的一级结构序列预测该蛋白质的二硫键的连接方式,应用这个方法对蛋白质结构的二硫键进行了预测取得了良好的结果。
- 罗亮史晓红许进
- 关键词：蛋白质结构预测LVQ神经网络
- 基于图论算法的蛋白质结构的同源模建
- 蛋白质结构相互连接相互作用的性质,对蛋白质结构的同源模建产生较大困难,本文提出一种基于图论的最大团算法来克服这个困难.用氨基酸序列中残基的构象代表图中一个点,根据蛋白质结构中侧链原子与主链原子间的相互作用给每个点赋权,图...
- 史晓红刘文斌
- 关键词：图论最大团同源模建蛋白质结构预测
- 基于氨基酸分类的基本氨基酸秩序的研究被引量：11
- 2005年
- 在分析了基本氨基酸分类的基础上,提出基本氮基酸存在着一种参考排列秩序,以 此固定的氮基酸排列秩序为参考标准,分析蛋白质一级结构相对此参考秩序的变化规律,能够找到 构成蛋白质的二级结构的某些信息．
- 史晓红刘向荣罗亮刘文斌许进
- 关键词：蛋白质二级结构
- 现代优化计算方法在蛋白质结构预测中的应用被引量：6
- 2006年
- 现代优化计算方法在蛋白质结构预测中占有重要地位.简要地介绍了模拟退火算法,遗传算法,人工神经网络和图论算法在蛋白质结构预测中的应用.对国内外近年来应用这些算法,特别是在蛋白质构象搜索问题中,解决蛋白质结构预测的研究作了回顾,并分析、比较了这几种算法的效果和特点.
- 史晓红王燕刘文斌殷志祥
- 关键词：模拟退火遗传算法人工神经网络图论算法蛋白质结构预测
- 图论方法研究蛋白质结构预测问题
- 2005年
- 图论方法在蛋白质结构预测中占有重要地位。该文简要介绍图的连通子图、图的最大团、图的完美匹配及图谱法在蛋白质结构预测中的应用。对国内外近年来应用这些方法在蛋白质3D结构预测及折叠的研究工作进行了回顾,并分析、比较了这几种方法的效果和特点。
- 史晓红刘文斌王燕罗亮许进
- 关键词：最大团完美匹配蛋白质结构预测
