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千里光肌动蛋白基因(Actin)的生物信息学及功能分析被引量：2: 2012年; 肌动蛋白(Actin)是广泛存在于高等植物中的组成型表达蛋白质,与细胞分裂、细胞运动、细胞信号转导等功能密切相关。为明确肌动蛋白性质与功能的关系,本研究从千里光全长cDNA文库中分离得到Actin基因。序列分析结果表明:该基因长度为1 481 bp,编码360个氨基酸残基的多肽,与甘草Actin基因编码的氨基酸序列(GenBank登录号:ABW71681.1)的同源性最高,达96%;预测蛋白质的分子量为40.02 kDa,理论等电点为5.85;结构分析发现,螺旋结构和无规则卷曲构成Actin二级结构的主要组分;三级结构预测发现,Actin具有4个结构域;蛋白系统发生树发现,与甘草和鹰嘴豆的亲缘关系较近。本研究认为,高等植物Actin可能参与基因的转录调控,其氨基酸突变位点未对功能结构域产生影响。; 张珍平军娇蔡振锋汤贤春钱刚; 关键词：千里光 ACTIN基因

3种棱型大麦中脱水素6(DHN6)的性质、突变位点与蛋白质进化分析被引量：2: 2011年; 脱水素(dehydrins,DHNs)是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,能够逆转细胞脱水所造成的伤害。为明确脱水素性质与功能的关系,本研究从3种棱型大麦分离到Dhn6基因,生物信息学分析其编码的蛋白质序列长度分别为523个(六棱)、502个(四棱)和486个(二棱)氨基酸残基;氨基酸突变位点分析发现该基因具有整体保守性和突变位点偏倚性。蛋白质性质与二级结构分析表明,DHN6是高度亲水的碱性蛋白质,线性结构和自由卷曲为二级结构的主要组分,K-片段参与α-螺旋结构的形成,由此推测DHN6的兼性α-螺旋结构域在稳定膜结构的水合保护体系过程中发挥着重要的生理功能。构建的21个物种DHN6蛋白质系统发生树,发现禾本科植物遗传距离较近,结合核苷酸序列的物种特异性,本研究认为Dhn6基因可作为物种鉴定依据。; 钱刚平军娇张珍王乾兴刘茂生; 关键词：大麦系统进化

温度对千里光种子萌发特性的影响被引量：2: 2010年; 目的：了解温度条件对千里光种子发芽率的影响,为千里光的遗传资源改良和规范化栽培奠定技术基础。方法：千里光种子分别置于25、20、15℃恒温光照培养箱以及4-20℃的室外变温培养,检测种子的发芽势、发芽率和发芽指数。结果：在25℃恒温光照培养条件下,千里光种子不萌芽;随着温度降低,发芽率由20℃时的4%升高到15℃时的13%;而室外变温条件下的发芽率高达76%。结论：千里光种子无休眠期,变化低温有助于提高千里光种子的发芽率。; 钱刚彭家琼平军娇汤贤春; 关键词：千里光种子发芽

SSR多态性信息含量(PIC)对大麦糖化力的选择效果被引量：3: 2011年; 通过检测103份贵州地方栽培大麦(Hordeum vulgare L.)的糖化力和麦芽无水浸提率,并在此基础上选择22对麦芽品质紧密连锁的SSR引物进行遗传标记。不同糖化力群体的引物多态性信息含量(polymorphism information content,PIC)的分析结果表明,与低糖化力群体相比,高糖化力种群具有丰富的谱带信息和更高的PIC参数(包括平均等位位点数、PIC平均值、PIC值大于0.5的比例和PIC值大于0.5的平均等位位点数),表明大麦的高糖化力可能与数量性状的基因加性效应有关,也提示了麦芽品质紧密连锁的SSR位点可作为大麦糖化力分子辅助选择(marker assisted selection,MAS)的候选指标。; 钱刚平军娇王大忠张珍刘茂生; 关键词：大麦糖化力 SSR

大麦麦芽品质表型效应的关联因子分析被引量：3: 2010年; 采用碘量法和密度瓶法分别测定103份贵州地方栽培大麦的糖化力和麦芽无水浸出率,并分析糖化力与无水浸出率之间相关性,以及受资源产地、棱型的影响。结果表明,参试大麦材料的糖化力（68.12-297.37WK°）和无水浸出率（29.56%-78.50%）表现出性状分布的多态性,其中2份大麦资源麦芽品质符合国家啤酒大麦生产的行业标准。相关性分析结果发现,糖化力与无水浸出率之间成不显著负相关（r=-0.127）,意味着从大样本量材料中分别检测糖化力和无水浸出率才可能筛选到适宜的啤酒大麦种质资源;本研究也提示选育四棱和六棱啤酒大麦可成为丰富国内啤酒大麦种质资源遗传多样性的重要途径,稳定优质啤酒大麦资源遗传力是保持最佳啤酒麦芽品质的重要育种环节。; 平军娇王大忠罗素元翟旭光钱刚; 关键词：大麦麦芽品质糖化力

千里光热激蛋白90-3(Hsp90-3)的生物信息学与功能分析被引量：2: 2012年; Hsp90是真核细胞重要的一类分子伴侣,与植物的生长发育、抗逆性、信号转导及生物进化等功能密切相关。为了深入理解高等植物Hsp90结构与功能的关系,该研究从千里光(Senecio scandens)全长cDNA文库中分离到Hsp90-3基因。序列分析结果表明,该基因编码699个氨基酸的多肽,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtHsp90-3(登录号:NP_200412.1)的同源性最高,为93.71%;预测蛋白质的分子量为79.78 kD,理论等电点为5.08。信号序列分析结果发现,该蛋白主要定位于细胞的细胞核、过氧化物酶体、叶绿体类囊体膜及叶绿体基质中,提示作为分子伴侣,高等植物Hsp90-3参与细胞内膜系统蛋白质的转运。结构与功能分析发现,该蛋白有3个结构域及1个连接区,推测Hsp90-3在真核细胞的信号转导、转录调控及胁迫表达等过程中发挥重要功能。; 平军娇张珍蔡振锋汤贤春钱刚; 关键词：千里光

基于千里光全长cDNA文库的表达序列标签（ESTs）与Hsp90-3生物信息学分析: 目的：构建千里光叶片组织全长cDNA文库,并对该文库进行随机克隆测序及分析,部分基因进行生物信息学研究,以期了解千里光的功能基因组学信息,并为EST-SSRs /(simple sequence repeats,简单序列...; 平军娇; 关键词：千里光 CDNA文库 ESTS; 文献传递

大麦Dhn6基因的克隆、蛋白质结构预测与干旱胁迫表达模式被引量：9: 2011年; 脱水素（Dehydrins,DHNs）是高等植物胚胎发育晚期产生的一类特异多肽,其表达累积程度与植物的发育阶段、低温、ABA和脱水信号调节等因素密切相关。为了解脱水素的结构与干旱胁迫表达累积反应,文章从六棱大麦分离到序列全长为1 767 bp的Dhn6基因,序列分析结果表明,该基因含一个92 bp内含子,90~1 759 bp为一个开放阅读框,与裸大麦Dhn6基因（GenBank登录号：AF043091）的同源性最高,达93.18%,编码523个氨基酸残基的多肽,预测蛋白质的分子量为49.68 kDa,理论等电点为8.04。结构分析发现,蛋白质具有3个螺旋区,无规则卷曲构成二级结构的主要组分,亲水氨基酸比例超过83%;三维结构预测发现,多肽链自身反向平行排列成松散的亲水索链,K-片段参与兼性？-螺旋结构域的形成,意味着该脱水素具有束缚自由水、稳定细胞膜相结构的功能。实时定量RT-PCR检测结果表明,Dhn6基因的相对表达水平在干旱处理8 h快速累积,推测DHN6在大麦对干旱胁迫的早期响应中发挥重要功能。; 钱刚平军娇张珍罗素元李学英杨明镇张达; 关键词：大麦干旱胁迫

千里光泛素(Ubiquitin)基因生物信息学与功能分析被引量：3: 2012年; 为阐明泛素(Ubiquitin)在高等植物中结构与功能的关系,从千里光全长cDNA文库中分离到泛素基因,采用生物信息学方法对其进行系统分析。碱基序列和系统进化树结果显示,千里光泛素基因与果子蔓泛素基因的核苷酸序列(GenBank登录号:GQ890686.1)的同源性最高(87%);尽管碱基位点出现较大的变异,但高度保守氨基酸序列结果提示,泛素的保守位点对维持蛋白质结构和功能发挥关键作用;蛋白质的理化性质、三维结构预测与亚细胞定位结果表明,作为辅酶,泛素主要参与高等植物细胞的信号转导、转录调控和物质转运等功能。; 蔡振锋平军娇张珍汤贤春白威峰钱刚; 关键词：千里光泛素基因

千里光全长cDNA文库的构建及分析被引量：16: 2012年; 目的构建千里光全长cDNA文库,以期研究千里光的功能基因组学信息,为克隆药理学性状相关的功能基因提供数据资源。方法 Trizol法提取千里光叶片总RNA,通过SMART(switching mechanism at 5’end of RNA transcript)构建全长cDNA文库,随机挑取600个单克隆测序分析文库滴度、全长率及冗余率,得到的EST序列进行Blast分析(NR、NT、Swiss-Prot、KEGG)及COG功能分类。结果文库的库容为4.3×106cfu/mL,插入片段大小平均1.7 kb,文库重组率96.35%,全长率58.24%,冗余率10.88%;获得524条全长EST序列,含有467条独立基因(unigenes),其中5条序列与千里光次生代谢产物的合成、运输与代谢有关。结论经检测,SMART技术成功构建了千里光全长cDNA文库,该文库可用于千里光功能基因组鉴定、新基因筛选及次生代谢产物生物合成的表达调控研究。; 平军娇张珍蔡振锋汤贤春钱刚; 关键词：千里光全长CDNA文库 SMART EST 基因组学

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