李亦学
- 作品数：116 被引量：304H指数：10
- 供职机构：中国科学院上海生命科学研究院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术农业科学更多>>
- 中药药效物质机理的生物信息分析平台及其分析方法
- 本发明提供了一种中药药效物质机理的生物信息分析平台及其分析方法，包括中药活性成分及含量数据库模块，INVDOCK软件包模块和网络数据库模块，网络数据库模块包括人类蛋白相互作用数据库、代谢数据库、和信号转导数据库、治疗性药...
- 李亦学曹志伟陈宇综陶林吴迪赵静
- 文献传递
- 生物医学大数据发展的新挑战与趋势被引量：28
- 2018年
- 生物医学数据从PB量级的组学时代进入到EB量级的多维度大数据时代,引发了生物医学研究向数据密集型的第四科学范式的深刻变革。如何将临床数据与研究数据进行高维度多层次的汇交共享,实现从"组学"到临床与健康人群数据的生物医学大数据的综合管理利用,从而使大数据迅速转化为新知识,成为生物医学大数据所面临的挑战。发展以递交为基础、以整合为导向的数据存储技术,以主题为基础、以交互为导向的数据共享技术,以及以传统信息技术为基础、以前沿信息技术为导向的数据分析挖掘技术,并同时开展标准质控相关研究,是生物医学大数据存储、共享和转化的新思路,也是构建新一代生物医学大数据研究中心的技术关键和未来趋势。
- 张国庆张国庆李亦学王泽峰
- 关键词：生物医学大数据数据挖掘
- 基于宫颈上皮与血管特征的阴道镜图像深度学习模型探索被引量：2
- 2021年
- 目的通过识别阴道镜图像中的上皮与血管特征,探讨深度学习的目标检测技术在宫颈癌前病变定位及分类中的可行性。方法收集2018年3月至2019年7月复旦大学附属妇产科医院病理诊断为宫颈低级别(5708例)、高级别(2206例)癌前病变和宫颈癌(514例)患者的28975张阴道镜图像。依照国际宫颈病理与阴道镜联盟及美国阴道镜与病理协会阴道镜标准化术语,基于16类宫颈上皮与血管征象,对图像进行像素级标注后得到有效标签39858个。为降低细粒度标注可能存在的误差,进一步将标签归并为低级别、高级别和癌三大类。采用经过二次迁移学习的ResNet101预训练网络作为特征提取器,分别构建基于Faster-RCNN网络结构的高级别病变目标检测和低、高、癌三类目标检测模型。结果基于ImageNet预训练的ResNet101模型,通过宫颈转化区分类的开源阴道镜数据进行第一次迁移学习,再以自有数据的病变分类为目标进行第二次迁移学习得到特征提取器。所构建的高级别和三类病变定位检测模型在测试集上的识别精度均值mAP@IOU=0.5分别为0.82和0.67。结论利用国内最大阴道镜中心的大样本数据,基于上皮与血管特征的精细标注,深度学习模型在宫颈癌前病变检测中取得较好效果。深度学习的目标检测技术在宫颈癌前病变定位及分类中可行,尽管在识别精度上仍有提升空间,但已显示其辅助宫颈癌筛查尤其是指导定位的可行性。
- 李燕云王永明周奇李亦学王振王珏孟妍蔡青青隋龙华克勤
- 关键词：阴道镜宫颈癌前病变目标检测
- 冬凌草甲素处理的Kasumi-1细胞蛋白磷酸化谱分析被引量：1
- 2013年
- 白血病是一种常见恶性肿瘤,是我国重点防治的十大恶性肿瘤之一。冬凌草甲素是一种从草药中萃取的化合物。研究表明,冬凌草甲素能够诱导肿瘤细胞凋亡,但人们对其抗癌作用的潜在分子机制还知之甚少。作者系统分析了经冬凌草甲素处理的人白血病Kasumi-1细胞的蛋白磷酸化水平变化特征,构建了蛋白位点之间磷酸化水平变化的相关性网络。不同于基因调控网络,磷酸化水平变化相关性网络呈现带状结构。网络结构显示了蛋白磷酸化信号的级联放大传递作用,以及冬凌草甲素对蛋白磷酸化水平影响的多向性。受冬凌草甲素影响而发生磷酸化水平变化的蛋白,显著富集在与控制细胞增殖、激酶结合功能、癌症相关的重要通路中。分析结果显示了冬凌草甲素影响下的蛋白磷酸化水平变化特征及其重要作用。
- 屯亮亮李贞孙红李亦学
- 关键词：冬凌草甲素蛋白磷酸化信号转导
- SARS冠状病毒核衣壳蛋白的抗原决定簇及其应用
- 2005年
- 该发明专利涉及SARS冠状病毒核衣壳蛋白（N蛋白)的抗原决定簇及其应用。
- 秦磊李亦学石铁流
- 关键词：SARS病毒非典型肺炎病毒冠状病毒核衣壳蛋白抗原决定簇
- BioDW——一个生物信息学数据集成系统被引量：12
- 2005年
- 异构的生物数据源的数据集成是现代生物学研究的前提和关键。根据生物信息学数据自身的特点,我们开发了一个生物信息学数据集成系-BioDW。本文介绍了BioDW的体系结构和实现BioDW的一些关键技术,即数据源之间的互操作、语义相似性问题的解决以及数据刷新的方法。
- 曹顺良张忠平李荣朱扬勇李亦学
- 关键词：DW数据集成系统刷新互操作生物信息学现代生物学
- 日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的生物信息学鉴定与分析被引量：5
- 2007年
- 目的鉴定日本血吸虫中存在的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,分析其蛋白结构特征。方法采用双向同源比对、结构域搜索和系统发育分析等生物信息学手段,在已有转录组和蛋白质组数据基础上鉴定日本血吸虫的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,并采用同源建模方法获得日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的结构特征。结果获得了2条腺嘌呤磷酸核糖转移酶的同源蛋白序列;分析了这2条序列的EST丰度、理化性质及蛋白三维结构等信息。结论日本血吸虫至少存在2个腺嘌呤磷酸核糖转移酶的异构体。
- 杨忠胡薇苏谨马骊李亦学冯正魏东芝
- 关键词：日本血吸虫生物信息学
- 基于氨基酸组成和二级结构的beta桶跨膜蛋白的识别
- 刘琪朱贻盛王保华李亦学
- 该文分析了12个beta桶跨膜蛋白的跨膜区和79个beta结构的水溶性蛋白的beta区的氨基酸组成。分别计算了各氨基酸在这两类中组成的平均值和方差。基于Fisher提出的鉴别率，Gly， Asn和Val等与分类最相关的氨...
- 关键词：
- 关键词：氨基酸组成线性分类器
- GenCenter:一个基因综合信息数据集成系统
- 2006年
- GenCenter集成了已被实验验证以及功能已经明确了的基因信息,增加了基因相关的核酸序列、蛋白质结构、专利以及与该基因相关的疾病、药物与文献等信息.描述了GenCenter的体系结构、数据库构成、关键技术、功能.
- 李杨曹顺良曹文君李亦学
- 关键词：基因文本挖掘生物信息学
- SARS早期诊断的多肽及试剂盒
- 本发明涉及SARS的早期诊断方法及试剂盒。具体地，本发明使用人工合成的源自SARS病毒M蛋白的多肽作为抗原，以及该多肽免疫动物后产生的抗体(单抗、多抗)，结合酶联免疫和其他方法检测人血清样品中的早期抗SARS抗体IgM或...
- 孙兵吴家睿裴钢李亦学石铁流杨瑞馥何有裕施木德吕伟季永镛
- 文献传递
