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李维忠: 作品数：14 被引量：56H指数：3; 供职机构：北京大学化学与分子工程学院物理化学研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家杰出青年科学基金国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学理学医药卫生自动化与计算机技术更多>>

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静电作用与修饰铜锌超氧化物歧化酶的稳定性: 1996年; 铜锌超氧化物歧化酶（Ｃｕ，Ｚｎ－ＳＯＤ）表面的赖氨酸经化学修饰后，酶的稳定性显著提高．赖氨酸被修饰后，酶的电荷结构遂发生变化，从而影响到酶分子电场．使用ＦＤＰＢ方法（有限差分法求解Ｐｏｉｓｓｉｏｎ－ＢＯｌｔｚｍａｎ方程）计算了酶修饰前后的静电场变化，以及对维持酶的结构稳定起重要作用的Ｃｕ，Ｚｎ配位结构的影响结果表明，Ｃｕ，Ｚｎ配位体的两级离解常数在酶修饰后分别约下降１０３，１０６．; 李维忠缪方明; 关键词：超氧化物歧化酶酶稳定性化学修饰静电作用

酶-配体复合物亲和性的计算被引量：3: 1998年; 描述了一种新的计算酶－配体复合物亲和性的方法．它考虑了酶－配体结合过程中自由能变化的各主要因素，并利用经验公式加以计算、从蛋白质结构数据库中选取了66个酶－配体复合物作为训练集，利用回归分析得出最后的模型．此模型通用于各种类型的酶－配体复合物，计算结果比技准确，预测算合物解离常数的平均偏差小于一个数量级．此方法还可以定量评价配体分子中每个部分对结合过程的贡献大小。; 王任小李维忠来鲁华唐有祺; 关键词：药物设计配体复合物亲和性定量构效关系

基于微扰突变的蛋白质侧链安装的遗传算法: 链转子库的基础上，研究人员提出了微扰突变的遗传算法。它在常规单点突变的同时又采用了微扰突变的方法，因而同时具有传统遗传算法和理论搜索模拟方法特点。研究人员分别用均方根偏差能量函数和真实的能量函数计算了单个蛋白质和蛋白复合...; 刘志杰李维忠韩玉真来鲁华; 关键词：遗传算法

具有相同结构骨架的蛋白质环区肽库: 在蛋白质结构数据库(PDB)中存在许多源于相同结构骨架而又具有不同序列和构象的环区。通过搜索PDB及结构相似蛋白家族数据库(FSSP),建立了一个具有101个环区家族的数据库,其中每个家族的环区均源于同一结构骨架。对各家...; 李维忠刘志杰韩玉真来鲁华; 关键词：肽库; 文献传递

蛋白质分子与配体结合过程构象变化的研究被引量：2: 2000年; 蛋白质分子与配体的作用模式主要有直接的环区结合及铰链式结合两种方式.针对这两种不同的作用方式,我们提出采用不同的策略进行结合过程的构象研究.对于直接的环区结合模式,通过建立环区主链构象库,来实现蛋白质环区与配体的准柔性对接,并以链霉抗生物素蛋白体系为例对构象库建立的可行性进行了验证计算.对铰链结合方式,采用分步对接的方法进行计算,并具体应用于HIV蛋白酶与其小分子配体的结合过程.计算结果表明,这两种处理方法分别能较好地模拟不同类型的蛋白质与配体结合后的构象变化.; 刘志杰江林李维忠韩玉真来鲁华; 关键词：蛋白质配体构象变化

修饰Cu，Zn超氧化物歧化酶的分子动力学模拟: 1996年; 使用分子力学和分子动力学方法建造并优化月桂酸修饰Ｃｕ，Ｚｎ超氧化物歧化酶的结构，优化结果与晶体结构数据之间骨架均方根偏差０．１７０ｎｍ．并在溶剂存在的条件下，对修饰酶进行了分子动力学模拟和构象分析，讨论了其结构与性能的关系，认为月桂酸修饰链无序性带来的熵效应是提高修饰酶稳定性的主要原因．; 李维忠刘小兰王谨玲缪方明; 关键词：超氧化物歧化酶修饰酶分子动力学

溶剂化对修饰超氧化物歧化酶稳定性的影响被引量：2: 1998年; The stability of Copper, Zinc superoxide dismutase increases remarkably when thelysines on the surface of the enzyme are modified. The fmite difference solution to the Poisson-Boltzman equation (FDPB) method is usedf to calculate the electrostatic interaction between so-lution and enzyme. The resnlts show that the reaction field energy of SOD is reduced by about,1270kJ·mol-1 after modification.; 李维忠缪方明; 关键词：稳定性超氧化物歧化酶化学修饰溶剂化

基于微扰突变的蛋白质侧链安装的遗传算法被引量：3: 1999年; 在侧链转子库的基础上，我们提出了用于蛋白质侧链安装的微扰突变的遗传算法。它在常规单点突变的同时又采用了微扰突变的方法，因而同时具有传统遗传算法和理论搜索模拟方法的特点。我们分别用均方根偏差能量函数和真实的能量函灵敏计算了单个蛋白质和蛋白与蛋白复合物结合区域的侧链构象。结果表明该方法优于传统的遗传算法，能精确地重建蛋白质侧链的构象。; 刘志杰李维忠韩玉真来鲁华; 关键词：蛋白质构象

大分子静电势程序软件包MMEP被引量：2: 1996年; 在ＳＧＩ图形工作站上开发大分子静电势程序软件包ＭａｃｒｏＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃＰｏｔｅｎｔｉａｌ（ＭＭＥＰ）。使用有限差分法求解大分子体系的Ｐｏｉｓｓｏｎ－Ｂｏｌｔｚｍａｎ方程。得到在溶液状态下的大分子内部及溶液中的静电势。考察了溶液中的电荷分布对静电势的影响。并运用ＳＧＩ图形工作站的高效图形处理技术，使静电势得到良好的三维表达。; 李维忠王瑾玲刘小兰缪方明; 关键词：静电势有限差分计算机图形生物大分子

大环硫氮冠醚金属配合物的研究──Ⅱ．1，4，10，13－四硫－7，16－二氮杂环十八烷硝酸铜配合物的合成、结构及立体化学被引量：1: 1996年; 作为系统研究大环硫氮杂冠醚配合物的第二部分，合成了四硫二氮杂环十八冠的硝酸铜配合物［Ｃｕ（Ｃ＿（１２）Ｈ＿（２６）Ｎ＿２Ｓ＿４）］·（ＮＯ＿３）＿２·Ｈ＿２Ｏ，测定了元素分析和红外光谱。利用Ｘ－射线衍射分析方法，测定其晶体结构。晶体学参数ａ＝１７．５７６（４），ｂ＝１１．７５３（３），ｃ＝１０．４８５（５），Ｖ＝２１６３．９（７），Ｚ＝４，Ｄ＿ｃ＝１．６３２ｇ／ｃｍ￣３，Ｆ（０００）＝１１０８，μ＝１．４２ｃｍ￣（－１）（ＭｏＫα），最终偏离因子Ｒ＝０．０３２和Ｒｗ＝０．０３４。晶体测定结果表明：有杂原子组成的四硫二氮大环冠醚比含氧冠醚有更大的柔变性；四硫二氮大环冠醚与Ｃｕ离子配位前后，大环的构象发生了变化。; 王瑾玲周游苗秀生缪方明李维忠; 关键词：配合物晶体结构