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乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联被引量：6: 2016年; 【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS（22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58;GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ^2适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）。rs02位点处于低度多态（PIC〈0.25）,; 马晓萌轩俊丽王慧华袁泽湖吴明明朱才业刘瑞凿魏彩虹赵福平杜立新张莉; 关键词：生长性状多态性

利用微卫星标记鉴定北京油鸡的方法: 本发明提供了一种利用微卫星标记鉴定北京油鸡的方法，该方法是以待测鸡的基因组为模板，以5’-TGCGGAGAGCAATTAGTCTGC-3’和5’-GGAAAACAATCACTGCCTCG-3’为引物，对LEI0070微卫...; 文杰赵桂苹刘冉冉崔焕先郑麦青陈继兰王慧华李鹏; 文献传递

亲缘矩阵(Kinship)对绵羊初生重GWAS结果的影响: 王慧华魏彩虹赵福平张莉杜立新; 关键词：KINSHIP GWAS

利用微卫星标记鉴定北京油鸡的方法: 本发明提供了一种利用微卫星标记鉴定北京油鸡的方法，该方法是以待测鸡的基因组为模板，以5’-TGCGGAGAGCAATTAGTCTGC-3’和5’-GGAAAACAATCACTGCCTCG-3’为引物，对LEI0070微卫...; 文杰赵桂苹刘冉冉崔焕先郑麦青陈继兰王慧华李鹏; 文献传递

绵羊体重性状全基因组关联分析被引量：9: 2014年; 本研究旨在利用全基因组关联分析方法(genome-wide association studies,GWAS)挖掘影响绵羊体重性状的遗传标记和功能基因。采用Illumina OvineSNP50BeadChip中密度商业化羊芯片,对3个品种(苏尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊)共计329只绵羊的体重性状(初生重、断奶重、6月龄重、断奶前日增重、断奶后日增重、日增重)进行GWAS分析。统计分析和基因注释基于TASSEL软件、混合线性模型和2012年10月公布的最新版绵羊基因组Ovis_aries_v3.1序列信息。结果表明,有10个SNPs位点在全基因组显著水平上与断奶后日增重相关,部分位点分布在羊注释基因内(MEF2B、RFXANK等);除此之外还检测到22个SNPs在染色体显著水平上与其他体重性状存在相关性,获得一批重要的候选基因。这些基因对绵羊体重性状功能基因的挖掘具有重要的理论意义和参考价值。; 张莉刘佳森徐凌洋赵福平陆健张世芳王慧华张晓宁魏彩虹陆国彬郑友民杜立新; 关键词：绵羊体重性状全基因组关联分析

不同鸡种TLR1和TLR2基因SNP检测分析被引量：3: 2014年; 本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。; 张之宣营凡王慧华李鹏赵桂苹; 关键词：SNP

SPF鸡人工感染肠炎沙门氏菌死亡率与TLR4基因多态性的研究: 本研究对121只21日龄SPF白莱航鸡感染109CFU肠炎沙门氏菌,并记录攻毒后5天内（DPI）鸡群的死亡情况。利用DNA直接测序技术对感染鸡TLR4基因的全部外显子、部分内含子及5’上游调控区共5500bp序列进行单核...; 郑麦青张之宣李鹏刘丽刘冉冉文杰王慧华赵桂苹; 关键词：单倍型死亡率; 文献传递

绵羊胚胎发育中后期骨骼肌BTG2/3的表达动态及其与Myostatin的关系被引量：9: 2015年; 旨在探究绵羊胚胎中后期骨骼肌BTG2/3(B cell translocation gene 2/3)的动态表达情况,探索肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因对其表达的影响。以特克赛尔(Texel)和乌珠穆沁(Ujimqin)绵羊85、100、120和135d4个不同发育阶段的胎儿背最长肌为研究对象,利用Real-time PCR技术分别检测MSTN及BTG2/3的表达差异;选取100d各胚胎半膜肌、背最长肌、半腱肌和股四头肌检测不同组织BTG2/3的表达差异;构建稳定慢病毒干扰载体pFU-GW-myostatin,分别感染处于增殖和分化阶段的绵羊成肌细胞,检测BTG2/3表达水平变化。结果显示,随着胚胎生长,特克赛尔羊胎儿MSTN表达量持续下降,而乌珠穆沁羊胎儿先下降后上升,特克赛尔羊胎儿BTG2表达量呈先升高后降低趋势,而乌珠穆沁羊表现出先降低后升高再降低的趋势;BTG3的表达量在特克赛尔羊与BTG2表达趋势相同,而乌珠穆沁羊则与BTG2相反;100d胎儿4种不同骨骼肌组织中,特克赛尔羊与乌珠穆沁羊相比,背最长肌和半腱肌中BTG2表达量极显著偏高(P<0.01),而半膜肌和背最长肌中BTG3表达量极显著偏低(P<0.01);慢病毒干扰载体对成肌细胞具有较高的感染和干扰效率,增殖和分化阶段的成肌细胞被MSTN干扰后,BTG2和BTG3表达量极显著降低(P<0.01)。综上表明,BTG2和BTG3对绵羊胎儿中后期骨骼肌发育有重要作用,可能参与myostatin调节通路。本研究对绵羊胚胎发育过程的分子机制研究具有重要意义。; 刘瑞凿刘真吴明明王慧华朱才业张莉赵福平魏彩虹杜立新; 关键词：特克赛尔胎儿

全基因组选择信号揭示绒山羊绒毛性状相关的候选基因被引量：3: 2020年; 旨在对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊的基因组选择信号进行筛选。本研究利用Illumina 50K的山羊芯片,对内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和黄淮山羊进行基因型检测,质控后获得50010个共同SNPs位点。通过群体分化系数Fst和XP-EHH,以黄淮山羊为参考群体分别对内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊进行选择信号检测,Fst和XP-EHH值的top 5%作为阈值。结果,利用Fst在绒山羊基因组中筛选到501个候选基因,利用XP-EHH在绒山羊基因组中筛选到145个候选基因。其中有12个SNPs在绒山羊基因组中受到较强选择。通过基因注释筛选到21个候选基因,包括EXOC 4、ASIC 2、PCDH 9、RHBDD 1、IRS 1和PDE 10A等。这些基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、蛋白质消化吸收和松弛素信号通路等。研究结果发现,绒山羊在驯化过程中其基因组很多与毛囊相关的基因受到了强烈的选择。这些发现也有助于更好地了解绒山羊的选择进展,为中国绒山羊品种的种质资源保护和利用提供重要参考。; 金美林陆健费晓娟卢曾奎权凯储明星狄冉王慧华魏彩虹; 关键词：内蒙古绒山羊辽宁绒山羊 FST

绵羊PDGF-D基因多态性与尾型的关联被引量：2: 2019年; 旨在研究血小板源性生长因子-D(platelet-derived growth factor-D, PDGF-D)与绵羊尾型的关系,寻找可用的分子标记,同时对前期的研究结果进行验证。本研究在533只绵羊(湖羊、藏羊、杜泊×湖羊杂交羊)试验群体中,选取藏羊、湖羊两个品种各30个个体的血液样本,等量混合分别构建两个DNA混池,对PDGF-D基因的外显子及其上下游1 000 bp扩增,目的片段测序分析后,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点进行基因分型,Haploview4.1软件对突变位点进行连锁不平衡分析,使用SPSS19.0软件对PDGF-D基因SNP位点与尾型性状进行关联分析。结果显示,在PDGF-D基因及其上下游1 000 bp共找到6个突变位点,其中rs5、rs27、rs28与尾长、尾宽及尾周长均相关,rs6、rs19仅与尾长相关,rs13与尾宽、尾周长均显著相关(P<0.05)。连锁不平衡分析结果表明,rs6～rs13之间存在强连锁;组合基因型与尾型关联分析结果显示,CCGG型个体无论是在尾长、尾宽还是在尾周长上,其平均值均显著(P<0.05)或者极显著(P<0.01)低于其他组合基因型,但在群体中的数量较少。结果表明,PDGF-D基因对绵羊的尾型有着较为显著的影响,其SNP位点作为分子标记对于绵羊尾型选育工作有着一定的指导意义,可考虑将CCGG型作为筛选小尾绵羊的潜在分子标记,但是该基因型个体在群体中所占的比重较小,可适当增强人工选育以扩大数目。; 李青王慧华卢曾奎金美林储明星魏彩虹; 关键词：多态性连锁不平衡分析

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王慧华

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