王淑栋
- 作品数：47 被引量：195H指数：8
- 供职机构：山东科技大学信息科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国博士后科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学生物学一般工业技术更多>>
- 用于DNA编码的部分字
- 2011年
- 寻找合理的DNA编码是DNA计算中一个基本的问题.因此要给出一种方法使得DNA序列不会产生不想要的结构,尤其是假阳性是解决此问题的关键.传统方法是要求码字间的Hamming距离足够大.因此考虑用部分字的方法来解决DNA编码问题,利用部分字的洞的定义及其性质得到了关于部分字的洞、Hamming距离和Watson-CrickHamming距离的3个命题,通过部分字对DNA编码进行了优化,解决了DNA编码中的部分疑难问题.
- 李珍王淑栋李二艳
- 关键词：DNA编码HAMMING距离WATSON-CRICKHAMMING距离
- 三元DNA编码法与扩元DNA编码法被引量：1
- 2009年
- DNA编码是DNA计算中初始数据库的寡核苷酸序列的设计问题,合理的DNA编码可以提高试验的成功率,从而确保DNA计算的稳定性和正确性。提出了更为合理的DNA编码改进Hamming距离与用于DNA编码的DNA码矩阵;给出设计优码字的三元DNA编码法以及扩元DNA编码法并对算法的复杂性进行了分析;结合算例给出算法设计DNA码字的优点。
- 宋弢王淑栋马芳芳
- 关键词：DNA计算DNA编码HAMMING距离
- 基因网络相继故障机理分析(英文)被引量：1
- 2013年
- 癌相关基因在疾病发生与发展过程中的作用机理是非常重要的研究课题。现代数据分析方法,为从基因组数据中推断癌相关基因之间的关联,以及分析基因组的作用机理提供了有效的手段。本文根据基因表达谱数据分别建立了正常组织与神经胶质瘤和肾癌的患病组织的基因互信息网络。用以介数为基础的相继故障模型研究了基因网络结构与鲁棒性之间的关系。定义了网络相继故障节点百分比、平均相继故障规模和相继故障规模比例累积概率等衡量网络鲁棒性的结构参数。通过对照组与实验组之间的比对,我们发现实验组网络比对照组网络更加稳定,并将引起网络大规模相继故障的基因称为结构性关键基因。这些结构性关键基因中的一部分已经被证明与神经胶质瘤或肾癌的发生、发展有密切关系。大多数基因被预测在神经胶质瘤和肾癌的发生中起着激励或抑制作用,需要进一步的试验验证。预测信息为研究癌相关基因提供了新的方向。
- 孙龙霄王淑栋李凯凯孟大志
- 关键词：系统生物学基因网络介数
- 基于环形DNA的图着色计算方法及其DNA计算系统
- 本发明涉及一种基于环形DNA的图着色计算方法，该方法包括以下步骤：根据给定颜色种类，获得图对应的顶点着色方案集合；根据所述顶点着色方案集合，在顶点数字序列不相邻但相连的边中，找出两顶点颜色未定的边；利用环形DNA分子计算...
- 张成杨静许进刘向荣王淑栋强小利
- 文献传递
- DNA编码限制条件与编码策略被引量：2
- 2009年
- 以评价DNA编码的基本限制条件之一——Hamming距离为出发点分析了DNA编码的三个参量:码字个数、码字长度与Watson-Crick Hamming距离,并得到它们之间的内在联系;讨论了Watson-Crick Hamming距离与DNA码字重量之间的关系;在此基础上得到了DNA编码的编码策略;提出了适合DNA编码的改进Watson-Crick Hamming距离及DNA编码模块化的定义,对DNA编码的优化做出了详细分析,为DNA计算的发展注入了活力。
- 李珍王淑栋
- 关键词：DNA计算DNA编码WATSON-CRICKHAMMING距离
- 图的最小顶点覆盖问题的质粒DNA计算模型被引量：10
- 2004年
- 给出了图的最小顶点覆盖问题的质粒DNA计算模型及其实现算法 .算法的时间复杂性是O(q) ,编码最小覆盖问题所需的核苷酸片段种类为n ,其中n ,q分别是图的规模和边数 .在算法中 ,所用酶的种类也等于图的规模 .而且 。
- 王淑栋刘文斌许进
- 关键词：顶点覆盖问题片段质粒DNA单链DNA核苷酸
- 基于DNA计算实现的图顶点着色方法
- 本发明涉及计算机技术和生物技术，特别涉及一种基于DNA计算实现图顶点着色的技术，提供一种基于DNA计算实现图顶点着色的方法。基于DNA计算获得包含任意个顶点的图顶点着色方案。包括：将待着色图划分为至少两个子图；根据给定颜...
- 许进强小利张成杨静王淑栋刘向荣
- 文献传递
- 图的最大平均度与关联色数(英文)
- 2008年
- 图G的关联着色是从关联集I(G)到颜色集C的一个映射使得任意两个相邻的关联不着同色。从图的结构性质出发,对图的关联着色进行了讨论,利用归纳法和换色技巧证明了mad(G)<3,Δ(G)=4的图G存在一个(6,2)-关联着色。
- 王淑栋闫立军刘向荣
- 关键词：关联着色关联色数
- 一种挖掘关键基因的新方法及其应用(英文)
- 2012年
- 近来,人们发现从疾病相关基因中寻找关键基因对疾病的诊断和治疗很重要。癌相关基因的网络是根据正常和患病的胶质瘤组织的基因表达谱建立。根据建立的基因网络和CIPHER方法,不同阈值下的正常和患病的胶质瘤表型网络被建立。根据已知的疾病和表型间的关联,另一组正常和患病的胶质瘤表型网络被建立。将两种方法建立的相应的表型网络进行比较,匹配度最大时对应的阈值及基因和表型网络被确定。在此基础上,通过打分方法得到了7个关键基因:DMBT1,ERBB2,NF2,PDGFB,AR,ARAF和TP53。文献查询发现其中5个基因与胶质瘤的形成和发展密切相关。剩下两个基因中的ARAF也间接地参与胶质瘤形成。因此,这两个基因可能在胶质瘤的形成中起重要作用。这一预测仍需要实验验证。
- 杨梅茜王淑栋张媛媛孟大志
- 关键词：系统生物学基因网络基因表达谱互信息
- 若干图类的关联色数与全色数
- 该文讨论了图的两种不同类型的着色:关联着色和全着色.利用构造性组合方法和换色技巧确定了外平面图、高度图的关联色数和系列平行图的全色数;讨论了完全图K<,n>的广义图K(n,m)的全着色,关由此确定了一些笛卡尔积图的全色数...
- 王淑栋
- 关键词：图着色关联色数全色数图论
- 文献传递
