窦相华
- 作品数：13 被引量：12H指数：2
- 供职机构：德州学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生机械工程更多>>
- 小蛋白天然结构与折叠速度关系的分子动力学模拟研究
- 2005年
- 用分子动力学模拟方法研究了小蛋白天然结构集合与其折叠速度的关系.根据蛋白质内存在接触的不同定义方式,利用分子动力学模拟方法得到了10个小蛋白的一系列构象集合,分析了其拓扑参数与折叠速度的关系并与PDB单构象的情况进行了比较.用含主链重原子的方式定义接触,所计算的结果较好,天然结构集合所计算的拓扑参数与蛋白质折叠速度的关系可以更真实地反映实际情况.
- 赵立岭王吉华窦相华苏希玉
- 关键词：分子动力学模拟
- 高压诱导小蛋白Trpcage变性的研究
- 2008年
- 在温度为300 K,压强为2000 bar、10000 bar时,对小蛋白Trpcage的去折叠过程进行了分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩系数随压强改变情况.结果发现,高压会导致Trpcage变性.然后对其变性原因进行了分析.
- 于家峰窦相华
- 关键词：分子动力学模拟
- 在原子水平用充分含水分子动力学模拟对小蛋白进行从头结构预测
- Chignolin是日本科学家人工合成的目前世界上最小的蛋白质,该蛋白只有10个氨基酸(GYDPETGTWG),其三维结构已经通过NMR测定,Chignolin由两个β-折叠片和coil组成。其系综里18个结构主链的平均...
- 窦相华王吉华
- 文献传递
- 蛋白质折叠速度与其拓扑结构关系的研究被引量：1
- 2005年
- 以6种不同的方式来定义蛋白质内存在的接触,进而运用分子动力学模拟等不同方法,对10个小蛋白进行分析,研究了不同的接触定义及不同的拓扑参数计算方法下,蛋白质的折叠速度与其拓扑参数的关系.结果表明,用含主链重原子的方式定义接触,所计算的拓扑参数与蛋白质折叠速度的相关性较好;用含侧链原子的方式定义接触,得到的拓扑参数与β型蛋白质的折叠速度的相关性较好.对不同的蛋白质,其拓扑结构与相应折叠速度间的相关程度不同.
- 赵立岭王吉华窦相华苏希玉
- 关键词：相关系数
- 生物大分子计算机模拟中的并行运算
- 2003年
- 利用PC和DEC工作站实现了计算机并行计算,结合生物信息学中的分子动力学模拟,对并行效率和计算结果进行了大量实验分析,同时用并行的分子动力学模拟软件对GB1蛋白质高温变性进行了简单分析.
- 窦相华王吉华赵立岭柳永亮
- 关键词：生物信息学分子动力学计算机模拟
- Z曲线的理论研究(英文)被引量：4
- 2004年
- DNA序列与正四面体(RT)中的映象点(D格点)具有对应关系.一系列D格点形成晶格(D 晶格).D晶格证明是面心立方晶格,并揭示了D格点的空间分布规律.在此基础上得到Z曲线的一些特性, 如Z曲线束具有S4群的对称性,Z曲线均在最大正四面体的内切球内等等.
- 王吉华王保泉张连顺窦相华赵立岭
- 关键词：Z曲线对称性
- 中国对虾热休克蛋白70(HSP70)的三维结构优化
- 2003年
- 从中国对虾热休克蛋白70的氨基酸序列出发,在线预测得到其三维结构,利用分子动力学理论进行计算机模拟优化,得到其近似的天然构象,并对其结构与功能的关系进行讨论.
- 赵立岭窦相华苏希玉
- 关键词：热休克蛋白70中国对虾结构优化分子动力学模拟
- 多功能生物物理增产仪开发研究
- 王吉华赵立岭赵杰刘安平窦相华
- 该课题研制的仪器利用复合物理生物技术对淡水鱼、观赏鱼及农作物进行作用大幅度提高其出苗率、成活率和生长速度增产效果明显，取得良好的经济效益和社会效益。该仪器可产生强静电场、高低频率脉冲、磁场脉冲多种物理量，其作用范围涵盖淡...
- 关键词：
- 关键词：生物物理
- 在高压诱导蛋白质变性过程中水产生的压缩对它的影响被引量：3
- 2008年
- 实验表明水的压缩系数随着压强的改变会发生变化,这种改变将对高压致蛋白质变性的充分含水动力学模拟结果产生直接影响,然而很多高压变性的分子动力学模拟并没有考虑这一点.在温度为300 K,压强为200 MPa、1000 MPa时,利用GROMACS软件包对两种小蛋白Chignolin和Trpcage进行了总计300ns的分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩系数随压强的改变情况,然后将模拟结果与压缩系数维持在0.1 MPa时的情况进行了比较.结果发现,压缩系数对蛋白质高压变性的影响很大,依据实验数据对不同压强的压缩系数进行调整后,小蛋白Chignolin在高压变性中出现完全去折叠.这为分子动力学模拟研究蛋白质高压变性提供了正确的途径和理论依据.
- 于家峰于家峰窦相华
- 关键词：分子动力学模拟去折叠
- 蛋白质去折叠路径的分子动力学模拟被引量：2
- 2005年
- 蛋白质的去折叠有多条路径,而不是沿着一条特定的路径进行.利用分子动力学模拟技术,模拟蛋白质在高温下的去折叠过程,分析讨论了蛋白质折叠的多路径性.
- 赵立岭窦相华王吉华苏希玉
- 关键词：蛋白质折叠分子动力学计算机模拟
