吕巍
- 作品数：12 被引量：21H指数：3
- 供职机构：山东农业大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金山东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学文化科学更多>>
- 农业院校生物信息学本科教学的实践与心得被引量：6
- 2015年
- 通过分析农业院校生物信息学本科教学中出现的具体问题,为不断提高课堂教学的针对性与实效性,强调实践教学的普及性与实用性,本文从以下三方面进行教学探索:①通过对现有生物信息学教材进行总结,针对农业院校学生的特点,自主编写了教学大纲及教学内容;②根据农业院校的人才培养目的和学生的专业特色,设定课程的教学内容,从而做到因材施教;③加强实验教学内容,改革考核方法。
- 吕巍李滨
- 关键词：生物信息学课程教学实验教学
- 调控番茄果实品质的转录因子及其应用
- 本发明涉及涉及植物生物技术领域，具体涉及调控番茄果实品质的转录因子及其应用。本发明研究发现，EIL2转录因子能够直接结合到LCYB的启动子上抑制其表达，减少番茄红素的转化；WHY1转录因子又能够结合到EIL2的启动子上抑...
- 庄焜扬孟庆伟吕巍马娜娜
- 文献传递
- 基于机器学习方法的激素敏感脂肪酶抑制剂活性预测(英文)被引量：4
- 2010年
- 脂肪组织中,激素敏感脂肪酶(HSL)被认为是调节脂肪酸代谢的关键限速酶.HSL在糖尿病的发病过程中起重要作用,抑制HSL活性有助于糖尿病的治疗,因此探索新颖的HSL抑制剂成为当前研究的热门.在激素敏感脂肪酶的作用机制和三维结构缺乏的情况下,需要发展预测HSL抑制剂的方法.本文采用几种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的HSL抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.252个结构多样性化合物(123个HSL抑制剂与129个HSL非抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与HSL抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.0%-80.0%,HSL抑制剂的预测精度为85.7%-90.5%,非HSL抑制剂的预测精度为63.2%-68.4%.支持向量机方法给出最好的总预测精度(80.0%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的HSL抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
- 吕巍薛英
- 关键词：机器学习方法
- 基于机器学习方法的H1N1神经氨酸苷酶抑制剂的分类预测
- 2013年
- 流感是一种主要的呼吸道传染病,在普通人群中有着较高的发病率,而对于一些年老和高危病人还有较高的死亡率.研究显示抑制神经氨酸苷酶(NA)可以阻断病毒RNA复制,因此NA是有效治疗H1N1型流感病毒的重要药物靶标.通过计算机方法进行虚拟筛选和预测NA抑制剂已经变得越来越重要.针对酶活性位点进行基于结构的合理药物设计,开发H1N1病毒神经氨酸苷酶抑制剂,已成为药物研究的热点之一.本文通过多种机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的神经氨酸苷酶抑制剂(NAIs)与非神经氨酸苷酶抑制剂(non-NAIs)建立分类预测模型.其中227个结构多样性化合物(72个NAIs与155个non-NAIs)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与神经氨酸苷酶抑制剂分类相关的性质描述符以提高预测精度.本研究对独立验证集的总预测精度为75.9%-92.6%,NA抑制剂的预测精度为64.3%-78.6%,非H1N1抑制剂的预测精度为77.5%-97.5%.SVM法给出最好的总预测精度(92.6%).本研究表明支持向量机等机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的NA抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
- 吕巍薛英孟庆伟
- 关键词：机器学习方法支持向量机
- 叶绿素降解过程中SGRs蛋白表达调控和功能分析的研究进展被引量：2
- 2019年
- 虽然叶绿素(Chl)的降解过程和6种Chl降解酶(CCEs)现在都已有深入了解,但在拟南芥中发现滞绿基因(SGRs)对植物衰老起关键调控作用。SGRs蛋白的同系物SGR1和SGRL过表达促进Chl降解,而SGR2起反作用,从而实现Chl代谢的平衡。最新研究表明在拟南芥中发现SGRs编码脱镁螯合酶(MCS),能嵌入到Chl-蛋白酶复合体中提取Mg^(2+),具有酶的活性。这项研究打破了原有的脱Mg^(2+)过程是由小分子物质酸性条件自发进行的观点。另外,对于SGRs表达调控的研究也取得了一定进展。研究发现SGRs蛋白的表达能被ABA触发,而ABIs转录因子是ABA信号转导的效应器。因此ABIs能结合在SGRs启动子上的ABA响应元件,进而调控SGRs蛋白的表达,对Chl的降解起关键作用。
- 孙晨瑜吕巍
- 关键词：叶绿素脱落酸
- 4种猕猴桃在山东越冬期生理响应及耐寒性评价被引量：1
- 2023年
- 温度是猕猴桃在北方栽培的主要限制因素,当前山东省猕猴桃主栽品种为耐寒中华猕猴桃泰山1号。品种的单一会导致采摘期集中且货架期较短,不利于猕猴桃产业发展,因此,开展适宜冬季低温气候条件的猕猴桃优良品种的引进,对于山东省猕猴桃产业结构发展尤为重要。选用泰山1号、徐香、脐红和龙城2号自然越冬猕猴桃枝条进行各项生理指标和转录组测序,对枝条进行不同梯度低温处理和生理指标测定。徐香猕猴桃冻害最为严重,丙二醛含量在越冬期一直处于较高水平,而龙城2号与泰山1号恰恰相反,表现出较强的低温适应性。通过低温处理拟合方程和半致死温度计算得出,龙城2号和泰山1号半致死温度分别为-36.664、-26.973℃,耐寒性较强;脐红和徐香半致死温度分别为-19.751、-20.848℃,耐寒性差。龙城2号与泰山1号能够在山东地区正常越冬和栽培,而脐红与徐香如在山东地区推广种植,需要人工手段辅助越冬。
- 郭琦毛可欣安淼王海荣吕巍王世金李健李国田
- 关键词：猕猴桃耐寒性越冬
- 猕猴桃MYB家族成员鉴定及其低温表达分析被引量：2
- 2023年
- 通过对‘红阳’猕猴桃基因组鉴定得到277个MYB家族成员并将其分为12个亚家族(S1~S12),其中多数序列属于R2R3-MYB,其次是MYB相关蛋白,仅鉴定到1个4R-MYB。S11和S12亚家族在进化上处于较早的位置,结构较为多样化,而S1和S2在进化上出现较晚。顺式作用元件分析显示,该家族主要含水杨酸、赤霉素和茉莉酸甲酯等相关植物激素元件,还有部分参与昼夜节律、低温、细胞周期等相关元件。密码子偏好性分析显示,猕猴桃MYB家族有3个高频密码子(UUG、AGA和AGG),基因的密码子偏好使用A/T,第3位碱基偏好更强。通过顺式作用元件分析和4个猕猴桃品种越冬期转录组数据分析筛选了9个可能参与低温胁迫响应MYB基因,对其在低温胁迫下的软枣猕猴桃‘龙成2号’中进行检测验证,确认这些基因参与猕猴桃对低温的响应。
- 毛可欣安淼王海荣王世金吕巍郭盈添李健李国田
- 关键词：猕猴桃密码子偏好性低温胁迫
- 调控番茄果实品质的转录因子及其应用
- 本发明涉及涉及植物生物技术领域，具体涉及调控番茄果实品质的转录因子及其应用。本发明研究发现，EIL2转录因子能够直接结合到LCYB的启动子上抑制其表达，减少番茄红素的转化；WHY1转录因子又能够结合到EIL2的启动子上抑...
- 庄焜扬孟庆伟吕巍马娜娜
- 文献传递
- 基于机器学习方法的丙型肝炎病毒非结构蛋白5B聚合酶抑制剂活性预测(英文)被引量：4
- 2011年
- 在丙型肝炎病毒(HCV)的基因复制和蛋白质成熟的过程中,非结构蛋白5B(NS5B)作为RNA依赖的RNA聚合酶起到了重要的作用.抑制NS5B聚合酶可以阻止丙型肝炎病毒的RNA复制,因此成为一种治疗丙型肝炎的有效方法.通过计算机方法进行虚拟筛选和预测NS5B聚合酶抑制剂已经变得越来越重要.本文主要采用机器学习方法(支持向量机(SVM)、k-最近相邻法(k-NN)和C4.5决策树(C4.5DT))对已知的丙型肝炎病毒NS5B蛋白酶抑制剂与非抑制剂建立分类预测模型.1248个结构多样性化合物(552个NS5B抑制剂与696个非NS5B抑制剂)被用于测试分类预测系统,并用递归变量消除法选择与NS5B抑制剂相关的性质描述符以提高预测精度.独立验证集的总预测精度为84.1%-85.0%,NS5B抑制剂的预测精度为81.4%-91.7%,非NS5B抑制剂的预测精度为78.2%-87.2%.其中支持向量机给出最好的NS5B抑制剂预测精度(91.7%);C4.5决策树给出最好的非NS5B抑制剂预测精度(87.2%);k-最近相邻法给出最好的总预测精度(85.0%).研究表明机器学习方法可以有效预测未知数据集中潜在的NS5B抑制剂,并有助于发现与其相关的分子描述符.
- 吕巍薛英
- 关键词：机器学习方法支持向量机丙型肝炎病毒
- 猕猴桃‘脐红’与‘徐香’越冬期转录组的比较分析
- 2023年
- 以不同抗寒能力的中华猕猴桃(Actinidia chinensis)‘脐红’和美味猕猴桃(Actinidia deliciosa)‘徐香’为材料,在越冬期取样并分析生理指标,发现‘脐红’低温耐受性高于‘徐香’。对2个品种的转录组进行分析,GO聚类中细胞成分组织或生物生成、细胞器部分等差异较大;KEGG聚类中膜运输、翻译、转录、复制和修复等差异较大。对2个品种进行富集分析,淀粉和蔗糖代谢、植物激素信号转导、苯丙类化合物的生物合成和黄酮类化合物的生物合成通路存在差异表达,解析了2个品种在越冬期转录水平的变化。
- 毛可欣王海荣安淼吕巍李健李国田
- 关键词：低温胁迫越冬期转录组
