周晴
- 作品数：4 被引量：29H指数：3
- 供职机构：清华大学信息科学技术学院自动化系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 考虑基因表达过程的进化算法被引量：5
- 2002年
- 生物的进化过程是在其基因层与表型层上同时进行的 .表型层上的进化是以环境为参考的自然选择过程 ,而在基因层上则是一个带随机性的自我更新、自我优化的过程 ,而且在某种程度上具有自组织趋向 .基于这种新的进化观点 ,本文提出了一种新的进化算法并将其应用于各种函数优化问题中 .此算法不但考虑了表型层上的自然选择作用 ,还考虑了生物在基因层上的进化过程及两个层次间的相互映射关系 .仿真结果表明 ,此算法不论在收敛速度、参数鲁棒性还是全局搜索能力上 。
- 周晴李衍达
- 关键词：进化算法人工智能遗传算法
- 基于基因表达调控的进化模型被引量：3
- 2002年
- 为了研究生物进化过程中高级复杂结构的出现和不同复杂程度的各种结构并存的现象 ,建立了一个简单的进化模型。在模型中 ,考虑了基因的表达调控过程 ,借鉴了生命作为复杂系统的自组织现象 ,提出了基因突变产生的系列突变效果。在模仿生物的进化的实验过程中 ,出现了由简单结构向复杂结构进化的趋势。对这一过程进行了理论分析 ,将模型推广到多个物种的情况 ,并结合生物学中的现象 ,得出了结论 :生物演化过程中 ,同时存在进化与退化的趋势 ;高级复杂结构的出现是在一定的外界环境下 。
- 周晴计宏凯李衍达
- 关键词：进化模型自组织基因调控基因表达生物进化过程
- 隐Markov模型在剪接位点识别中的应用被引量：14
- 2002年
- 剪接位点的识别是基因识别中的一个重要环节。由于现有的基因识别算法主要关注编码区的整体特性 ,而并不着重考虑个别位点的信息 ,因此难以准确地识别出剪接位点。考虑到剪接位点附近的保守序列的相邻碱基之间应该存在某种相关性 ,利用一阶 Markov链建立了表述这种相关性的模型 ,在此基础之上 ,设计了专门用于剪接拉点识别的隐马氏模型 (HMM)方法。实验结果表明 ,用 HMM描述剪接位点附近序列符合实际情况 ,并且利用这一方法进行剪接位点的识别可以很好地提取位点附近保守序列在边缘分布与条件分布 (转移概率 )上的统计特征。使用该方法对真实剪接位点和虚假剪接位点进行识别 ,识别率均可达 90 %以上。
- 夏慧煜周晴李衍达
- 关键词：隐MARKOV模型剪接位点基因识别基因编码区保守序列
- 针对基因选择性剪接的多序列比对算法研究被引量：7
- 2001年
- 为对真核基因的选择性剪接形式进行准确、快速、有效的研究 ,提出了一种启发式多序列比对算法。该算法借助引导树启发序列之间的两两段对段比对 ,通过建立序列相似性估计模型 ,给出了一种由序列间相同词数估计序列相似程度的方法。利用这种方法构造引导树 ,大大缩短了其构造时间。通过采用序列间的段对段比对 ,克服了间隙罚分问题 ,更准确地反映了真核基因的选择性剪接形式。引导树构造方法的改进和快速局部比对算法的采用 ,使得算法运行速度大大高于一般算法。
- 计宏凯周晴闻芳季梁
- 关键词：多序列比对选择性剪接基因
