张曼
- 作品数:3 被引量:32H指数:2
- 供职机构:西北农林科技大学园艺学院更多>>
- 发文基金:国家高技术研究发展计划国家林业公益性行业科研专项“十一五”国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域:农业科学生物学更多>>
- 杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析被引量:26
- 2010年
- 利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。
- 宋跃朋江锡兵张曼王泽亮薄文浩安新民张志毅
- 关键词:杨树GENOMIC-SSREST-SSR
- 基于ESTs序列的杨树木质部形成相关EST-SSRs标记的开发与应用被引量:2
- 2010年
- ESTs数据库的发展为分子标记的开发提供了宝贵的资源。本研究从NCBI下载与杨树木质部形成相关的5359条ESTs序列,在其中257条序列中检测到279个SSRs位点,检出率为5.2%。全部SSRs共分为84种重复单元,平均长度18.2bp,变幅为15~36bp,平均分布频率1/6.94kb。所有类型中三核苷酸重复单元占总SSRs的41.3%,处于主导地位。AAG占三核苷酸重复单元的比例为27.0%,是三核苷酸重复单元中的优势重复类型。利用primer3在线设计引物,通过生物信息学方法筛选出7对引物,其中6对扩增效果较好。利用筛选出的引物对19个杨树无性系进行扩增,每对引物产生多态性条带数目为3~6条,平均4.16条。引物多态信息量变化范围为0.2267~0.9845,平均0.5485。应用NTSYS软件在相似系数为0.68水平可将19个杨树无性系准确聚类。研究结果表明,利用ESTs序列进行SSRs的开发是一种切实有效的方法,为EST-SSRs在杨树遗传图谱构建以及遗传多样性等方面的应用奠定了基础。
- 宋跃朋江锡兵张曼李博王泽亮薄文浩安新民张志毅
- 关键词:杨树EST-SSRS聚类分析
- 毛白杨木材形成功能基因内SSR标记的开发及评价被引量:5
- 2010年
- 利用直接测序法开发木材形成功能基因内一套新的核基因组SSR标记。通过对参与木材形成的16个基因在40个毛白杨基因型个体中的序列比较分析,共检测到20个SSR多态性位点。在毛白杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出二碱基、三碱基、五碱基、六碱基与七碱基形式,基元重复次数变异范围为2~34次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的55.0%。在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计20对SSR位点PCR扩增引物对。利用设计的引物检测开发的SSR位点在杨属内15个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性。PCR扩增结果显示,90.0%的SSR位点能够在杨属至少2个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数为3~9个,平均5.3个。开发的这些SSR位点在功能基因内不同区域的分布频率不同。
- 杜庆章王博文王保垒张曼李百炼张志毅张德强
- 关键词:毛白杨木材形成