文路
- 作品数：15 被引量：39H指数：3
- 供职机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学更多>>
- 单细胞转录组高通量测序分析新进展被引量：12
- 2014年
- 细胞异质性是生物组织的普遍特征。常规转录组测序(RNA-Seq)技术需要上万个细胞,所测结果实际上是一群细胞基因表达的平均值,所以难以鉴别细胞之间基因表达的异质性。单细胞RNA-Seq技术的分辨率精确至单个细胞,为辨别异质性群体中各种细胞类型的转录组特征提供了有力的工具。近年来单细胞RNA-Seq技术发展迅速,在方法学上包括c DNA扩增方法的多样化、对灵敏度和技术噪声的定量分析、浅覆盖高通量单细胞RNA-Seq方法和原位RNA-Seq技术等;在技术应用方面应用范围从早期胚胎发育扩大到组织器官发育、免疫和肿瘤等多个领域。文章对单细胞RNA-Seq在方法学和技术应用两方面的研究进展进行了详细阐述。
- 文路汤富酬
- 关键词：单细胞分析转录组高通量测序RNA-SEQ
- 甲基化CpG岛的高通量测序检测方法
- 甲基化CpG岛的高通量测序检测方法，包括：用修饰剂处理DNA样品，将DNA样品中的胞嘧啶转换为尿嘧啶，而5’甲基胞嘧啶不变；所得片段用引物A和DNA聚合酶扩增，获得一端能够锚定接头引物C的片段；所得片段用引物B和DNA聚...
- 文路李静宜黄岩谊汤富酬
- 文献传递
- 用于无创植入前非整倍体遗传检测的方法
- 本发明涉及植入前非整倍体遗传检测(Preimplantation genetic testingfor aneuploidy,PGT‑A)。具体而言，本发明鉴定了用于评估囊胚培养液中母源DNA污染的颗粒细胞特异性差异甲基...
- 文路黄锦汤富酬乔杰陈依东高原
- 单细胞转录组分析研究进展
- 目前常规的转录组分析方法无法揭示单个细胞之间基因表达的异质性,也难以对极少量细胞进行分析,单细胞转录组分析技术为此提供了有效的研究工具。对单细胞转录组分析技术的历史、发展、策略、方法和应用进行综述。
- 文路汤富酬
- 关键词：单细胞分析转录组高通量测序
- 斑马鱼胚胎第一次卵裂过程中胞内钙信号的研究被引量：3
- 2007年
- 钙离子作为广泛存在的细胞内信使物质,在动物胚胎早期发育过程中扮演重要角色.为了研究钙离子在斑马鱼胚胎发育过程中的空间分布和浓度变化,采用Fluo-4和Indo-1作为钙离子指示剂,利用激光共聚焦和双波长荧光比例成像技术,对斑马鱼胚胎第一次卵裂过程中的钙信号进行了详细的跟踪观察.在第一次卵裂过程中,斑马鱼胚胎的动物极顶端首先出现高钙斑,然后在分裂沟部位出现高浓度的钙信号,这一信号在卵裂过程中持续存在.利用Indo-1双波长荧光比例成像对上述过程中钙离子的时空分布进行了定量测定,表明,胞内钙离子在卵裂开始之前是均匀分布的,随着分裂沟的出现,其附近区域的钙浓度显著升高,而胞内其他区域的钙浓度则保持不变.双波长荧光比例成像排除了荧光染料分布不均匀造成的干扰,为钙信号与胚胎分裂的密切关系提供了确凿的定量依据.
- 高文学周鹏卫威文路张博王世强
- 关键词：斑马鱼早期胚胎钙信号
- 心肌特异性甲基化标记物
- 本发明涉及心脏特异性游离DNA甲基化标志物及其在急性心肌梗死诊断中的用途。具体而言，本发明涉及用于检测CGI区域的正向引物和反向引物以及探针。本发明还涉及包含所述引物和探针的组合物、试剂盒。本发明利用MCTA‑Seq技术...
- 宋雷文路汤富酬王继征任杰姜琳
- 文献传递
- 选择性扩增核酸序列的方法
- 本发明涉及选择性扩增核酸序列的方法，该方法包括：a.提供在一端包含第一共同序列的多种不同的核酸分子，任选地，多种不同的核酸分子各自还包含与第一共同序列邻接的标签序列，b.将核酸分子与一种或多种引物T2杂交，一种或多种引物...
- 文路汤富酬任杰刘晓萌
- 文献传递
- 甲基化测序数据分析方法
- 本发明涉及甲基化测序数据分析方法。具体而言，本发明通过对囊胚培养液中存在的游离DNA进行甲基化测序，并筛选获取测序数据中CpG位点平均甲基化水平为0～0.7的读段，可较大程度地降低来自母体(例如母源DNA)的甲基化测序数...
- 文路黄锦汤富酬乔杰陈依东高原
- 利用Tol2转座子介导的增强子诱捕技术获得血管相关转基因斑马鱼系(英文)被引量：13
- 2010年
- 心血管系统形成于胚胎发育极早期并为其他器官的发育、维持、修复所必需,血管生长异常可造成多种疾病.然而,由于研究对象所限,胚胎血管的发育机制尚未完全阐明,调控血管发育的基因也所知有限.通过Tol2转座子介导的大规模增强子诱捕筛选到26个血管特异表达绿色荧光蛋白(EGFP)报告基因的转基因斑马鱼系,其中有一些品系在胚胎的某些特异血管结构中表达绿色荧光.通过linker-mediated PCR克隆到22个鱼系中Tol2插入位点附近的斑马鱼基因组序列,其中有17个鱼系的Tol2插入可定位到现有的斑马鱼基因组中的单一位点.通过整体胚胎原位杂交对插入位点附近的基因进行表达谱分析,得到8个表达谱与转基因鱼系一致的基因,涵盖了9个鱼系,其中dusp5基因对应于2个不同的鱼系.这8个基因中包括hhex、ets1a和dusp5等3个功能已知的基因,但是大部分(5个)基因在斑马鱼中尚无功能研究,分别为zvsg1、micall2a、arl8b(1of2)、zgc:73355以及hecw2(1of2).hhex和ets1a基因对血管与血细胞前体的发育具有重要作用,所获得的EGFP报告基因受hhex或ets1a基因增强子控制的转基因斑马鱼(mp378b和mp430c-2)为国际首例,为深入研究这两个基因在血管与血液发育中的作用机制提供了新的机遇.筛选到的功能未知基因可以用来进一步研究其在血管发育中的功能;同时,利用所获得的转基因鱼系,可以实现实时、动态观察成血管细胞的起源、分化与基因表达调控,并可用于高通量小分子药物筛选等重要研究.
- 薛峪霖肖安文路贾岳高岳朱作言林硕张博
- 关键词：斑马鱼血管转基因
- 单细胞转录组分析研究进展被引量：12
- 2014年
- 目前常规的转录组分析方法无法揭示单个细胞之间基因表达的异质性,也难以对极少量细胞进行分析,单细胞转录组分析技术为此提供了有效的研究工具。对单细胞转录组分析技术的历史、发展、策略、方法和应用进行综述。
- 文路汤富酬
- 关键词：单细胞分析转录组高通量测序
