杨斌
- 作品数：33 被引量：31H指数：3
- 供职机构：江西农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生艺术更多>>
- 利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组关联分析被引量：2
- 2014年
- 【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血糖(glucose,GLU)和糖基化血清蛋白(glycosylated serum proteins,GSP)浓度,采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点,为最终鉴别影响该性状的因果基因奠定基础,同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F2个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰,收集血液后分离血清,利用全自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控,将合格的SNP标记用于后续的关联性分析,利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析,定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血清GLU和GSP含量的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F2资源群体在10号染色体(SSC10)24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP(ALGA0057739,P=1.58×10-5),解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检测到2个与血清GSP显著相关的SNP(ALGA0108699和DRGA0017552,P=1.45×10-5),解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列(10.2版本),无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析,这两个SNP都位于SSC8,距STPG2基因3’端约180.0—193.0 kb。将两个群体进行Meta分析,未发现新的与GSP显著相关的SNP;在1号染色体250.32Mb处(DRGA0002016,P=2.48×10-5)和14号染色体43.97Mb处(ASGA0062984,P=1.29×10-5),定位到与血清GLU显著相关的SNP。通过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因,发现ASPM、TRPM3和KC
- 曾治君刘晨龙杨慧杨斌杨竹青陈从英
- 关键词：血糖全基因组关联分析
- 一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记
- 本发明提供了一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记。最为显著的三个SNP标记分别为：位于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5’端起的第12522826位点，为C或T；位于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5...
- 黄路生麻骏武黄聪郑敏肖石军杨斌
- 文献传递
- 一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记
- 本发明提供了一种影响猪肉中总嘌呤含量的SNP标记。最为显著的三个SNP标记分别为：位于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5’端起的第12522826位点，为C或T；位于11.1版本国际猪基因组的1号染色体上的从5...
- 黄路生麻骏武黄聪郑敏肖石军杨斌
- 一种用于测定和/或遗传改良猪生长性状的SNP标记
- 本申请涉及一种用于测定和/或遗传改良猪生长性状的SNP标记。所述SNP标记包括14种SNP标记中的至少一种，分别位于10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第16806345位点、第16940077位点、第...
- 黄路生麻骏武李景彭颂钟烈鹏周李生杨斌
- 影响猪肉脂肪酸组分的主效SNP标记及其在种猪肉质性状遗传改良中的应用
- 本发明提供一种影响猪肉脂肪酸组分的主效SNP标记，所述SNP标记位于猪SCD基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10.2版本参考序列猪14号染色体上g.120963718核苷酸位点为C与T的突变，对应于...
- 任军杨斌麻骏武张万昌黄路生
- 文献传递
- 一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记及其应用
- 本发明属于动物分子生物及遗传育种技术领域，公开了影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP标记，FIB1‑NUMMF对应得最为显著的SNP标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上的从5’端起的第11607366位点，为G或C；...
- 黄路生麻骏武黄贻忠蔡丽萍邹霄霄杨斌段艳宇
- 影响断奶仔猪的产肠毒素大肠杆菌F41性腹泻病抗性的主效SNP标记及应用
- 本发明涉及影响断奶仔猪的产肠毒素大肠杆菌F41性腹泻病抗性的主效SNP标记及应用，所述主效SNP标记位于猪4号染色体上的ST3GAL1基因上，包括主效SNP标记Ⅰ和/或主效SNP标记Ⅱ；其中，所述主效SNP标记Ⅰ的位点为...
- 黄路生任军杨斌晏学明季华员
- 文献传递
- 巴马香猪周身皮肤厚度的测量及其与7号染色体候选SNPs位点的关联分析被引量：3
- 2016年
- 【目的】测定中国地方小型猪品种巴马香猪成年时周身9个典型部位的皮肤厚度,揭示巴马香猪不同部位皮肤厚度变化规律,进行9个部位皮肤厚度与候选SNPs位点的关联分析,在巴马香猪群体中验证影响皮肤厚度的7号染色体主效QTL,为进一步在巴马香猪群体中大规模开展皮肤厚度等形态变化的分子遗传控制机理及其相关基因功能研究奠定基础,从而增强人们对猪皮肤的认知。【方法】从一个由319头300日龄巴马香猪组成的成年屠宰群体中,随机选取50头,包括27头母猪和23头阉割公猪,分别取头脸、肩、背、肷、臀、胸、下腹、腋下和管等9个部位的皮肤,利用电子游标卡尺对这些不同部位皮肤厚度进行精确测量,利用R语言基本统计包进行不同部位和不同性别间皮肤厚度的差异分析以及不同部位间皮肤厚度的相关分析。在猪7号染色体34.5-36.2Mb的区域选取46个SNPs位点,利用MassARRAY时间飞行质谱技术进行基因分型,结合上述测定的皮厚表型,利用广义混合线性模型及R语言SNPassoc软件包进行目标候选区域的关联分析。根据关联分析结果和基因的生物学功能确定可能的位置候选基因。【结果】(1)单因素方差分析表明巴马香猪9个部位的皮肤厚度存在极显著差异(P=2.95×10^(-117)),肷部和背部的皮肤最厚,分别为(5.15±0.92)和(4.97±0.85)mm,下腹和腋下的皮肤最薄,分别为(1.77±0.36)和(1.97±0.68)mm。皮肤厚度从厚到薄依次是肷部、背部、肩部、头脸、臀部、管部、胸部、腋下和下腹。(2)阉割公猪腋下皮肤厚度显著小于母猪的(P=0.021),其它部位皮肤厚度在母猪和阉割公猪间差异均不显著。(3)除了下腹皮肤厚度与背部、肩部、头脸部的不相关(P>0.05)外,巴马香猪不同部位两两之间皮肤厚度均呈现不同程度地显著或极显著正相关。(4)关联分析结果表明,9个不同部位的皮肤厚度表型均与候选区
- 黄涛黄晓畅邱恒清严国荣黄贻忠张弋峰江嘉程周李生任军麻骏武肖石军黄路生杨斌艾华水
- 关键词：皮肤厚度
- 一种影响猪个体中脂肪酸组成的SNP标记
- 本发明提供了一种影响影响猪个体中脂肪酸组成的SNP标记。所述SNP标记位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第301位点，对应于11.1版本国际猪基因组的14号染色体上的从5’端起的第111614768位点，为C或T...
- 黄路生杨斌孙迎春肖石军张弋峰张俊杰
- 一种用于猪接种猪圆环病毒疫苗后提高其抗体产生的SNP标记
- 本发明提供了用于猪接种猪圆环病毒疫苗后提高其抗体产生的SNP标记。所述SNP标记位于SEQ ID No.1上的从5’端起的第501位点，对应于11.1版本国际猪基因组的13号染色体上的从5’端起的第206702784位点...
- 黄路生杨斌李景张青肖石军
