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倪加加: 作品数：15 被引量：44H指数：4; 供职机构：广东省微生物研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>; 相关领域：生物学农业科学电气工程矿业工程更多>>

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武汉东湖圆形盘肠溞种群遗传结构分析被引量：4: 2013年; 为了评估人工堤坝分隔对武汉东湖浮游动物种群遗传结构的影响,以细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome coxidase subunitⅠ,COⅠ)基因为分子标记,通过PCR扩增和DNA测序技术并结合GenBank数据库中已有的相关序列,对武汉东湖圆形盘肠溞(Chydorus sphaericus)种群遗传多样性进行了分析。结果显示:7个样点采集的圆形盘肠溞并没有分为不同的类群,全局检验和种群间两两差异检验均显示7个圆形盘肠溞类群没有显著的遗传差异。构建的邻接树显示武汉东湖的圆形盘肠溞COⅠ基因聚为一枝,除加拿大育空地区Kookatsoon湖与武汉东湖的部分圆形盘肠溞COⅠ基因聚为一枝外,其他地区的圆形盘肠溞COⅠ基因都分别聚为不同的枝。对圆形盘肠溞COⅠ基因序列两两距离与样点间的地理距离进行相关分析显示,不论是东湖内的小空间尺度还是更大尺度上的圆形盘肠溞COⅠ基因都存在序列相似性随地理距离增加而降低("距离-衰减"模式),说明圆形盘肠溞存在分布限制。研究结果表明武汉东湖50年前修建的人工堤坝并未对武汉东湖圆形盘肠溞的种群遗传结构造成显著影响。; 胡红娟颜庆云倪加加余育和李学梅王纯; 关键词：CO

amoA基因差异及其在氨氧化微生物多样性分析中的再评估: amoA基因被广泛应用于各种环境中的氨氧化微生物丰度及多样性研究。然而,尽管大多数研究报道都采用相同的相似性标准划分氨氧化细菌和氨氧化古菌amoA基因的OTU,但是它们的多样性差异却没有得到可靠的比较。; 倪加加许玫英郭俊; 关键词：AMOA基因群落结构微生物生态学

一种分析微生物群落结构所需测序量的预测方法: 本发明公开了一种分析微生物群落结构所需测序量的预测方法。通过拟合因测序量不足引起的群落间距离与测序量之间的回归关系，获得两者之间的回归方程，并通过预测误差与测序量之间的回归关系对该回归方程进行校正。随着测序量的增加，因测...; 倪加加许玫英李筱婧; 文献传递

凝胶条带内DNA回收测序评估DGGE可靠性被引量：1: 2014年; 为了评估DGGE的可靠性,对DGGE条带中回收的DNA片段进行了测序比较分析,并引入了DGGE可靠性指数的概念评价其可靠性。结果显示同一条DGGE条带回收的DNA来自同一属的概率为64.7%,相同位置的DGGE条带可以被认为是同一OTU;不同的DGGE条带回收到类似的DNA序列(16S rDNA V3区差异小于4 bp)的概率为10.5%;DGGE可靠性指数为74.8%。以上结果表明尽管DGGE技术与理论预期存在一定的差距,但是DGGE技术基本能够反映微生物群落的多样性。; 倪加加余育和; 关键词：DNA指纹变性梯度凝胶电泳微生物群落结构

一种分析微生物群落结构所需测序量的预测方法: 本发明公开了一种分析微生物群落结构所需测序量的预测方法。通过拟合因测序量不足引起的群落间距离与测序量之间的回归关系，获得两者之间的回归方程，并通过预测误差与测序量之间的回归关系对该回归方程进行校正。随着测序量的增加，因测...; 倪加加许玫英李筱婧; 文献传递

环境微生物基因组学研究趋势及其在污染治理中的应用: 伴随着宏基因组测序技术和基因芯片技术的纵深发展，环境微生物基因组学从单纯分析单种微生物的全基因组发展到对某个特殊生态环境中的微生物群落结构的全面分析，极大地推进了人们对环境微生物群落结构及其生态功能特点的认识，也为人们更...; 郭俊倪加加许玫英; 关键词：高通量技术基因芯片宏基因组环境污染治理

不同DGGE谱带信息提取方法对分析结果的影响被引量：6: 2012年; 自1993年Muyzer,et al.[1]将变性梯度凝胶电泳技术（Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）引入到微生物生态学研究以来,DGGE已被广泛应用于各种生态系统（如淡水、海洋、土壤、动物消化道等）的微生物群落结构分析[2—6]。但对于DGGE凝胶的分析至今仍没有统一的方法,; 倪加加余育和吴含含颜庆云陈芳; 关键词：变性梯度凝胶电泳 DNA指纹微生物群落结构

武汉市湖泊微型裸腹溞种群遗传结构比较分析: 2016年; 分析武汉市9个湖泊中枝角类微型裸腹溞(Moina micrura)细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的多样性情况,对种群遗传多样性进行分析,了解不同地理距离对枝角类种群遗传分化的影响。形态鉴定表明,9个湖泊26个样点中共有8个湖泊17个样点检出微型裸腹溞,牛山湖设置的3个样点均未检测出微型裸腹溞。通过基因测序共得到66条微型裸腹溞COⅠ基因序列。由COⅠ基因序列构建的邻接树及Network分析显示,武汉8个湖泊中所得到的微型裸腹溞序列分为3大枝并具有14种不同的单倍体型。曼-惠特尼检验及科尔莫格罗夫-斯米尔诺夫检验均表明,湖泊内和湖泊间的微型裸腹溞遗传距离存在极显著差异。武汉市不同湖泊间微型裸腹溞存在遗传分化倾向。微型裸腹溞COⅠ基因在选择上是中性的,并且积累了相对较多的突变位点,可以用于种群遗传结构尤其是大尺度上的种群遗传结构分析。; 胡红娟黄小龙倪加加余育和吴辰熙颜庆云