孔薇
- 作品数：36 被引量：59H指数：5
- 供职机构：上海海事大学信息工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市教育委员会创新基金上海市青年科技启明星计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生文化科学更多>>
- 阿尔茨海默症miRNA靶基因预测研究被引量：4
- 2015年
- 为深入了解阿尔茨海默症的发病机制,利用匹配的基因表达数据和miRNA表达数据,对miRNA的靶基因进行预测分析.首先对选择出的差异表达miRNA进行靶基因预测;然后利用HCTarget算法验证预测的靶基因;最后对miRNA及其靶基因构建调控网络.调控网络中包含11个已确定的与AD有关的miRNA及6个AD致病基因.通过分析网络发现miRNA及其靶基因在正常与患病两种情况下的活性变化趋势,生物学分析也证实了它们在AD中的重要作用,为AD发病机制研究提供了依据.
- 孔薇张昕牟晓阳
- 关键词：微小RNA阿尔茨海默症靶基因
- 基于FastNCA算法的乳腺癌转录调控分析
- 2018年
- 单核苷酸多态性（SNP）可以控制转录因子TF（transcription factor）在等位基因上的特异性结合,以此控制特定基因的表达,定量地推演出TF的活性及其调控强度将对分析差异基因及其调控作用有着重要作用。本研究利用快速网络成分分析Fast NCA（fast network component analysis）算法推导乳腺癌BC（breast cancer）中差异表达TF的活性及其对靶基因TG（transcription gene）的调控强度,并构建其转录调控网络。同时,考虑到微阵列基因表达数据和第二代测序技术RNA-seq表达数据各自的优缺点,本研究采用将两种数据差异基因相融合的方法进行转录调控功能探寻。分子生物学分析发现,两种数据提取的共有显著TF所调控的相同或不同TG都参与了与BC致病密切相关的生物过程及通路,也证明了通过多数据的融合分析,能够弥补单一数据的不足,更全面更充分地探寻BC的致病机理。
- 孔薇孙倩妮王帅群
- 关键词：乳腺癌单核苷酸多态性转录调控
- 基于多源数据融合的阿尔茨海默症调控网络构建
- 2018年
- 转录调控网络的重建是从分子水平研究疾病致病调控机制的重要内容,而目前大多重建方法都是基于单一的基因表达数据,缺乏考虑多基因相互作用与致病机制的联系。基于此,本研究通过整合基因表达数据、蛋白质相互作用数据及Motif数据等多源高通量生物数据构建阿尔茨海默症(Alzheimer's disease,AD)转录调控网络,它不仅重构了转录因子(transcription factor,TF)对靶基因的调控作用,还考虑了TF之间以及靶基因之间的共表达等相互关联作用。仿真结果及生物学分析显示,重建的调控网络中检测到许多功能相关的靶基因如E2F4、ATF1等及其相互作用与AD致病密切相关,并挖掘出如Toll样受体4信号通路的负调控、HTLV-1感染等与AD致病机制可能相关的通路。
- 孔薇丁杰媛王帅群
- 关键词：阿尔茨海默症转录调控网络蛋白质相互作用共表达
- 基于非负矩阵分解的大脑不同区域基因表达数据分析被引量：1
- 2012年
- 基因之间存在多种多样的表达调控活动,一般认为这些调控关系隐含在基因表达谱中。针对阿尔茨海默症(AD)起病隐匿、诊断难、发病机理复杂以及基因信号传导通路和调控关系难以重建等特征,利用非平滑非负矩阵分解(nsNMF)方法提取AD致病基因,聚类过程中利用共表型相关性系数(CCC)选取聚类数k的值,得到最优的聚类数目。针对基因表达数据噪声高、信息变量隐藏难分析的困难,考虑AD的发生发展与许多大脑功能区域密切相关的特性,提出将nsNMF分别应用于AD患者的大脑海马区、内嗅区皮质、颞中回及视觉皮层区的基因表达数据中,共提取3 800个显著基因,其中包括确定与AD致病机理有关联的10个致病基因,并进行了生物学分析,得到了AD相关的细胞凋亡、代谢及炎症反应等生物过程,显示nsNMF方法及大脑多区域数据集的联合分析能更全面地探寻AD信号传导关系及基因调控方式。
- 孔薇陶伟杰牟晓阳
- 关键词：非负矩阵分解阿尔茨海默病
- 基于互信息研究的乳腺癌与阿尔茨海默症的免疫系统发病机理探寻被引量：2
- 2016年
- 近年来,越来越多的流行病学研究显示多种癌症与阿尔茨海默症(AD)呈现负相关,但分子生物学机制尚不明确。从基因信号传导及调控网络构建方面研究这种负相关,将对两种疾病致病机理的探寻起重要作用。选取乳腺癌(BC)与AD进行对比研究。考虑到传统特征基因提取方法注重单个基因在不同样本中的表达差异而忽视基因之间的关联性,从基因之间的关联性出发,利用互信息(MI)首先提取两种疾病中共有的差异表达基因作为特征基因。在此基础上,鉴于网络成分分析(NCA)约束条件较强、运行时间过长等局限性,采用快速网络成分分析算法(Fast NCA),推演出特征基因中转录因子的表达活性及其对靶基因的调控强度,并分别构建两种疾病的转录调控网络。实验结果表明,转录因子POLR2E、RFC5、THOC4、FBXO22、KPNA1、MYST3、PTBP1等在两种疾病中表达活性及调控作用相反,如转录因子RFC5的表达活性从健康到BC患病过程中由0.269降低至0.077,而从健康到AD患病过程中则由-0.430升高至0.307。通过分子生物学分析可知,它们所影响的调控关系及生物过程对BC及AD的致病起着关键作用,对两种疾病之间呈现负相关性机制的探寻具有重要意义。
- 刘芳孔薇牟晓阳
- 关键词：乳腺癌阿尔茨海默症互信息机体免疫
- 基于ICASSO的乳腺癌基因表达数据可靠特征提取
- 2013年
- 运用独立成分分析(ICA)方法对乳腺癌基因表达谱数据进行特征提取,并采用聚类及可视化的可靠性评估方法(ICASSO)对所提取的独立成分(IC)进行评估和综合可得到与疾病更加密切相关的显著基因。结果显示,通过与乳腺癌发病的相关性分析,选取显著性高的IC分析发现,其100个特征基因当中,经分子生物学实验验证与乳腺癌发病密切相关的基因有35个,在此基础上通过从基因调控网络的角度分析这些特征基因所参与的生物过程,进一步证实了部分生物过程也与乳腺癌发病密切相关。
- 孔薇黄晨曦牟晓阳
- 关键词：乳腺癌
- 基于改进稀疏非负矩阵分解方法的乳腺癌微阵列表达数据分析被引量：6
- 2013年
- 目的利用改进稀疏非负矩阵分解技术对乳腺癌基因表达谱数据进行双向聚类,挖掘与乳腺癌发病密切相关的基因及其生物过程。方法用小波对22 283个基因的人乳腺癌基因表达数据进行去噪,然后通过T统计初步筛选出5 067个基因作为改进稀疏非负矩阵的输入矩阵,进行双向聚类进一步筛选出81个与乳腺癌密切相关的显著基因,最后通过cytoscape对81个与乳腺癌密切相关的显著基因构建生物过程结构图。结果筛选出与乳腺癌相关的基因、可能相关的基因以及这些基因参与的生物过程之间的关系。结论改进稀疏非负矩阵分解与现存的其他非负矩阵分解算法相比具有聚类效果好、稳定性强且迭代次数少的优点,适合于乳腺癌差异表达基因的提取。
- 孔薇王娟牟晓阳
- 关键词：乳腺癌非负矩阵分解
- 基于.NET的论文格式自动检查系统
- 本文基于.NET建立了word毕业论文格式自动检查模型.采用OFFICE提供的COM组件,对论文格式进行解析,根据论文模版要求,对论文格式进行评估,检查论文中存在的格式问题,返回格式错误列表.在此基础上,设计了基于网络的...
- 王帅群夏斌孔薇
- 关键词：组织架构功能分析
- 文献传递
- 基于.NET的论文格式自动检查系统
- 本文基于.NET建立了word毕业论文格式自动检查模型。采用OFFICE提供的COM组件,对论文格式进行解析,根据论文模版要求,对论文格式进行评估,检查论文中存在的格式问题,返回格式错误列表。在此基础上,设计了基于网络的...
- 王帅群夏斌孔薇
- 关键词：COM组件
- 文献传递
- 融合深度神经网络和空洞卷积的语义图像分割研究被引量：10
- 2020年
- 语义分割是计算机视觉中的基本任务,是对图像中的不同目标进行像素级的分割与分类.针对多尺度的目标分割难题,本文提出了一种基于Res Net网络的方法,通过定义并联支路,将浅层特征图像信息融合到深层特征图像中,提出新的空洞空间金字塔模块,该模块采用并行的不同采样率的空洞卷积进行特征提取与融合,从而更有效的提取不同层的特征以及上下文信息,并且在新模块中加入批规范化计算,增强参数调优的稳定性.本文还采用了Adam自适应优化函数,在训练的过程中,使得每个参数的更新都具有独立性,提升了模型训练的稳定性.本文结果在PASCAL VOC 2012语义分割测试集中取得了77.31%mIOU的成果,优于Deeplab V3的效果.
- 陈洪云孙作雷孔薇
- 关键词：神经网络
