尹彦文
- 作品数：38 被引量：158H指数：7
- 供职机构：广西动物疫病预防控制中心更多>>
- 发文基金：广西壮族自治区自然科学基金广西壮族自治区科学研究与技术开发计划广西科技重大专项项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析被引量：1
- 2022年
- 【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^(-3)和1.30×10^(-3)替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。
- 熊陈勇尹彦文施开创李军郑敏韦显凯冯淑萍龙凤屈素洁陆文俊周洪槿黄海莲谢守玉黎宗强
- 关键词：E基因
- 习惯性便秘母猪与正常母猪血钙浓度比较试验
- 2015年
- 母猪便秘多发于农村散养户,主要由于长期饲喂米糠等粗饲料及饮水不足等因素引起,因便秘初期容易被忽视且治疗不当易形成习惯性便秘[1]。兽医工作者对母猪习惯性便秘做了很多研究,对该病的原因和防治等都做了大量报道[2-4],但大多根据临床经验形成,缺乏试验数据支持。本试验通过测定八步区4个乡镇的散养户中空怀的40头便秘母猪和40头正常母猪的血清钙值,来探讨母猪血钙浓度与其便秘的关系,从而为治疗母猪便秘提供一定的依据。
- 尹彦文邹联斌胡杰莫胜兰韦显凯屈素洁许心婷李凤梅
- 关键词：习惯性便秘农村散养户血钙浓度兽医工作者血清钙
- 鸡源致病性沙门菌耐药表型与耐药基因、血清群的相关性研究被引量：7
- 2016年
- 为研究沙门菌分离株耐药表型与耐药基因和血清群之间的关系,对血清型鉴定为B群和D群的29株鸡源致病性沙门菌,采用ATB VET药敏试剂条法对19种抗菌药物进行敏感性测定,应用PCR对这些抗菌药物19种相关耐药基因进行检测。结果表明,29株沙门菌分离株中,青霉素、苯唑西林的耐药率最高（100%）,耐药率超过50%的还有磺胺甲恶唑（82.76%）、链霉素（75.86%）、恶喹酸（75.86%）、氟甲喹（65.52%）、恩诺沙星（55.17%）、四环素（55.17%）、阿莫西林（51.72%）,而对大观霉素、庆大霉素、安普霉素、多黏菌素E没有出现耐药性。所有29个分离株至少对6种抗菌药物具有耐药性,以6重~7重耐药为主（占51.73%）,最高可达14重耐药（占3.45%）。所检测的19种耐药基因中,共检测到14种耐药基因,其中blaTEM检出率最高（100%）,检出率超过40%的还有aadA1（62.07%）、Sul2（62.07%）、Sul3（51.72%）、tetA（48.28%）、qnrA（44.83%）,而blaPSE、aadA2、tetG、tetM、tetX未能检出。所有29个分离株至少携带2种耐药基因,以携带4种~6种耐药基因为主（占79.31%）,最多者携带10种耐药基因（占3.45%）。B血清群和D血清群的耐药表型和耐药基因携带率没有明显差异。结果表明,广西鸡源致病性沙门菌耐药性及多重耐药性非常普遍,耐药表型与相关耐药基因检出率呈正相关,而与血清群之间无明显的相关性。
- 黎宗强施开创李凤梅王海清张珍尹彦文
- 关键词：沙门菌耐药表型耐药基因血清群
- 鹅细小病毒、番鸭细小病毒及鸭圆环病毒多重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与临床应用被引量：1
- 2023年
- 为建立鉴别检测鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)及鸭圆环病毒(DuCV)的方法,本研究分别针对GPV、MDPV NS基因与DuCV Rep基因,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了同一体系中同时鉴别检测GPV、MDPV及DuCV的TaqMan荧光定量PCR方法。利用该方法检测GPV、MDPV、DuCV及禽流感病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒、减蛋综合征病毒、鸭坦布苏病毒、番鸭呼肠孤病毒等主要水禽源病毒,结果显示,该方法仅能扩增出GPV、MDPV及DuCV,与其他主要水禽源病毒均无交叉反应,特异性强;利用该方法检测等体积混合后的GPV、MDPV及DuCV质粒标准品混合物,结果显示,该方法对3种质粒标准品的检测限均为7.5×10^(1)拷贝/μL,普通单一PCR对上述3种质粒标准品混合物的检测限均为7.5×10^(3)拷贝/μL,表明本研究建立方法的敏感性高于普通PCR;该方法组内与组间重复性试验的变异系数均小于2.0%,重复性好。利用该方法与MDPV和GPV双重荧光定量PCR方法及DuCV荧光定量PCR方法同时检测96份临床发病鸭的组织样品,该方法检测结果显示,共检出58份阳性样品,其中GPV检出率为18.75%(18/96),MDPV检出率为4.17%(4/96),DuCV检出率为37.50%(36/96),GPV与DuCV混合感染率为8.33%(8/96),阴性样品38份。与GPV和MDPV双重荧光定量PCR及DuCV荧光定量PCR方法的检测结果均一致,三者的符合率达100%。本研究建立的GPV、MDPV及DuCV多重TaqMan荧光定量PCR方法为临床鉴别检测该3种病原及其流行病学调查提供了特异、敏感、高效的技术手段。
- 谢守玉刘惠心熊陈勇郑敏施开创韦显凯冯淑萍龙凤梁凤吕思明屈素洁陆文俊尹彦文李军
- 关键词：鹅细小病毒番鸭细小病毒鸭圆环病毒荧光定量PCR
- 2013-2019年广西边境地区低致病性禽流感病毒监测分析被引量：4
- 2021年
- 为了解广西边境地区低致病性禽流感病毒(low pathogenic Avian influenza virus,LPAIV)的流行情况,本研究对2013-2019年在广西边境地区的规模养殖场和活禽市场采集的33964份家禽棉拭子样品,采用鸡胚接种方法进行病毒分离,并结合血凝抑制试验和RT-PCR等方法鉴定禽流感病毒的亚型。结果显示,共有3892份样品分离到LPAIV,2013-2019年的样品病毒分离率分别为17.39%、11.23%、13.59%、9.31%、9.09%、9.12%和15.21%,总分离率为11.46%,其中2013年样品的病毒分离率最高。分离到的LPAIV包括H1、H3、H4、H6、H9、H10和H117种亚型,样品病毒分离率分别为0.14%、4.37%、0.19%、4.06%、2.69%、0.01%和0.003%。其中活禽市场分离到H1、H3、H4、H6、H9、H10和H117种亚型流感病毒,样品病毒分离率分别为0.19%、5.53%、0.21%、5.29%、3.41%、0.01%和0.004%,总分离率为14.64%;而养殖场分离到H3、H4、H6和H94种亚型流感病毒,样品病毒分离率分别为1.26%、0.12%、0.79%和0.78%,总分离率为2.95%,养殖场的分离率远低于活禽市场(14.64%)。鸡源样品的病毒分离率为5.77%,水禽样品的病毒分离率为15.10%,环境样品的病毒分离率为21.67%,水禽和环境样品的病毒分离率远高于鸡。结果表明,当前广西边境地区家禽携带多种亚型LPAIV,水禽是高风险禽群,应进一步加强监测和防控;活禽市场污染严重,应进一步加强对活禽市场的监管力度,建立和实施更加科学有效的活禽市场运营机制。
- 尹彦文施开创孙文超谢守玉屈素洁陆文俊王露霞覃勇裴幸彪凌丹
- 关键词：流行病学广西边境地区
- A型塞尼卡病毒与O型、亚洲I型、A型口蹄疫病毒多重RT-PCR检测方法的建立被引量：4
- 2020年
- 为建立鉴别A型塞尼卡病毒(SVA)与O型、亚洲I型、A型口蹄疫病毒(FMDV)的快速检测方法,本研究分别设计4对特异性引物,用于扩增SVA 3D基因(157 bp)、O型FMDV VP1基因(240 bp)、亚洲I型FMDV VP1基因(460 bp)、A型FMDV VP1基因(320 bp)。经优化引物浓度、退火温度等反应条件,初步建立了同时检测SVA与O型、亚洲I型、A型FMDV的多重RT-PCR方法。利用该方法同时检测SVA及O型、亚洲I型、A型FMDV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型(PCV2)、PCV3等主要猪源病毒,结果显示该方法仅对SVA及O型、亚洲I型、A型FMDV检测为阳性,其他均为阴性,特异性较强;SVA、O型、亚洲I型、A型FMDV重组质粒标准品10倍倍比稀释后利用本研究建立的多重RT-PCR方法检测,结果显示同一反应体系中,4种重组质粒标准品的检出下限均为2.5×10^2拷贝/μL,敏感性较高;批内、批间重复性试验结果一致,该方法重复性较好。利用本实验建立的方法对2019年采集自广西30份临床疑似样品进行检测,结果显示,SVA、O型FMDV的阳性检出率分别为16.67%和63.33%;未检出亚洲I型及A型FMDV;同时采用国家标准《口蹄疫诊断技术》(GB/T18935-2003)中RT-PCR方法以及文献报道的SVA套式RTPCR方法对FMDV、SVA检测,结果与本实验建立的多重RT-PCR方法检测结果的符合率为100%。本研究首次建立的多重RT-PCR检测方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,为鉴别检测SVA与O型、亚洲I型、A型FMDV提供了有效的技术方法。
- 谢守玉刘惠心施开创赵晶屈素洁尹彦文王树培陆文俊冯淑萍粟艳琼
- 关键词：口蹄疫病毒多重RT-PCR
- 2016-2021年广西H9亚型禽流感病毒HA和NA基因遗传进化动态分析被引量：1
- 2023年
- 【目的】研究H9亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)广西毒株的遗传进化动态,以期掌握其地域流行新特点,为及时优化调整有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2016-2021年广西各地的家禽喉头、泄殖腔及环境拭子样品3600份,接种9~11日龄SPF鸡胚分离病毒,并结合血凝和血凝抑制试验及实时荧光定量RT-PCR方法鉴定AIV亚型,根据毒株检测年限和来源地选取部分H9亚型AIV核酸阳性样品进行HA、NA基因扩增、测序及进化动态分析。【结果】共获得46株H9亚型AIV广西毒株的HA、NA基因序列,其中HA基因全长1683 bp,编码560个氨基酸;4株NA基因全长1410 bp,编码469个氨基酸,42株缺失3个氨基酸,编码466个氨基酸。BLAST分析结果显示,越南及国内多个省份的毒株与本研究获得的广西毒株HA、NA基因相似性最高,分别为97.62%~99.88%和93.13%~99.79%,宿主源也不尽相同,表现遗传多样性特征。广西毒株之间HA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为93.0%~99.1%和94.6%~99.1%,NA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为83.9%~98.2%和86.1%~98.2%,表明HA基因较NA基因更为保守;与同期的参考毒株相似性高于早期,表明毒株存在持续进化。遗传进化分析结果显示,广西毒株的HA、NA基因属于当前优势流行的G57基因型分支,与疫苗株遗传关系较远。进化速率估算结果显示,HA、NA基因的平均进化速率分别为3.99×10^(-3)和4.59×10^(-3)替换/位点/年,最近共同祖先估算时间(tMRCA)分别为66.77和58.24年,表明HA基因比NA基因进化缓慢。重组分析结果显示,从鸡、鸭及环境中各分离到的毒株HA基因存在重组现象,主要亲本和次要亲本毒株均为人源的A/Beijing/1/2017株和禽源的A/quail/Hainan/250/2012株。【结论】当前H9亚型AIV广西流行毒株HA、NA基因与越南及国内省份的毒株相似性较高,具有遗传多样性特征,进化趋势以G57为优势基因型,与人源流感毒株发
- 龙凤谢守玉崔鹏飞施开创韦显凯冯淑萍屈素洁陆文俊李剑锋尹彦文邓国华
- 关键词：H9亚型禽流感病毒
- 黏菌素耐药基因mcr-1 TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立被引量：8
- 2018年
- 【目的】建立针对黏菌素耐药基因mcr-1的Taq Man-MGB荧光定量PCR检测方法,为监控mcr-1基因携带细菌提供技术支持。【方法】针对mcr-1基因保守序列设计特异性引物和MGB探针,构建重组质粒作为阳性标准品,优化引物、探针浓度及Rox参比染料用量、退火温度等反应条件,建立针对mcr-1基因的Taq Man-MGB荧光定量PCR检测方法,并通过特异性、敏感性、重复性试验及临床应用验证其实用性。【结果】Taq Man-MGB荧光定量PCR最佳反应体系20.00μL:Premix Ex Taq^(TM)10.00μL,Rox参比染料(50×)0.25μL,引物MCR-1F/MCR-1R(10μmol/L)各0.50μL,MCR-1-P探针(10μmol/L)0.50μL,重组质粒pMCR-1(模板)2.00μL,灭菌双蒸水6.25μL。扩增程序:95℃预变性20 s;95℃10 s,60℃20 s,进行40个循环。该检测方法能特异性扩增出mcr-1基因,其检测敏感性为2.85拷贝/μL,是常规PCR的100倍,组内和组间重复性试验的变异系数为0.37%~1.18%,均小于1.20%。采用建立的Taq Man-MGB荧光定量PCR对82株广西鸡源致病性沙门氏菌分离株进行检测,结果未发现有携带mcr-1基因的菌株。【结论】针对mcr-1基因建立的Taq Man-MGB荧光定量PCR检测方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,可用于临床筛查mcr-1基因,为监控mcr-1基因携带细菌提供技术支持。
- 施开创尹彦文温丽霞屈素洁王海清胡杰
- 关键词：TAQMAN-MGB探针荧光定量PCR
- 广西鸭坦布苏病毒流行株GXQZ01-DTMUV-2020全基因组序列分子特征分析
- 2022年
- 为了解广西壮族自治区鸭坦布苏病毒(duck Tembusu virus,DTMUV)流行毒株分子遗传特征,经RT-PCR对全基因组序列分段扩增,并克隆、测序及拼接,获得DTMUV全基因组序列,命名为GXQZ01-DTMUV-2020株。结果显示,该毒株基因组全长为10991 bp,5′端UTR为94 bp,3′端UTR为619 bp,含有1个开放阅读框(ORF)为10278 bp,编码3425个氨基酸。相似性分析结果显示,GXQZ01-DTMUV-2020株与水禽源TMUV参考毒株的核苷酸相似性为85.7%~99.7%,氨基酸相似性为92.0%~100%;与NCBI上其他广西DTMUV流行株的核苷酸相似性为94.1%~98.5%,氨基酸相似性为97.7%~100%;与TMUV首个分离株MM_1775核苷酸相似性为85.8%~91.6%,氨基酸相似性为92.0%~98.5%。基于ORF、E及NS1基因绘制遗传进化树显示,GXQZ01-DTMUV-2020株与广西DTMUV流行株GX2012、GX2013E同属于2.1亚群,而广西的GX2011、GX2015株同国内其他DTMUV流行株属于2.2亚群,表明广西DTMUV流行株呈现不同的遗传进化趋势。重组分析结果显示,CHN-YC、AH2014、HB2016、HD2-2013株存在重组现象,而广西DTMUV毒株未检测到重组信号。利用BEAST软件对ORF、E及NS1基因遗传进化速率评估结果为1.146×10^(-3),1.467×10^(-3),1.319×10^(-3)替换/(位点·年),表明E基因进化最快。本研究丰富了DTMUV基因库信息,同时为广西地区DTMUV分子流行病学研究与防控技术制定提供基础数据。
- 谢守玉熊陈勇施开创李军郑敏韦显凯冯淑萍屈素洁龙凤杨蓉陆文俊骆永泉钟华训侯慧贤覃婉婷韦慧琦尹彦文
- 关键词：全基因组测序遗传进化
- A型塞尼卡病毒与O型、A型、亚洲Ⅰ型口蹄疫病毒多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用被引量：3
- 2022年
- 为建立鉴别检测A型塞尼卡病毒(SVA)与O型、A型、亚洲Ⅰ型口蹄疫病毒(FMDV)的方法,针对SVA 3D基因与O型、A型、亚洲Ⅰ型FMDV VP1基因,分别设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了同时检测SVA与O型、A型、亚洲Ⅰ型FMDV的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。所建立的方法能特异性扩增SVA及O型、A型、亚洲Ⅰ型FMDV,与其他主要猪源病毒无交叉反应;对SVA与O型、A型、亚洲Ⅰ型FMDV质粒标准品的检出下限分别为2.50×10^(1)、2.50×10^(2)、2.50×10^(2)、2.50×10^(2)copies/μL;组内与组间重复性试验的变异系数均小于2%。应用所建立方法检测2019年来自广西的30份临床疑似样品,SVA和O型FMDV的检出阳性率分别为20%和70%,而未能检出A型和亚洲Ⅰ型FMDV。结果表明,本研究所建立的多重荧光定量RT-PCR方法为SVA与O型、A型、亚洲Ⅰ型FMDV的临床检测和流行病学调查提供了特异、敏感、高效的技术手段。
- 施开创谢守玉赵晶莫胜兰刘惠心尹彦文司红彬屈素洁陆文俊冯淑萍粟艳琼
- 关键词：口蹄疫病毒荧光定量RT-PCR
