张恩民
- 作品数：51 被引量：183H指数：8
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家重点基础研究发展计划国家重大科学仪器设备开发专项更多>>
- 相关领域：医药卫生轻工技术与工程生物学农业科学更多>>
- 蜡样芽胞杆菌在不同标本中的毒力基因分布特征被引量：6
- 2019年
- 目的 研究蜡样芽胞杆菌毒力基因在不同标本中的分布特征。方法 分离自环境监测标本(米粉、奶粉、土壤)和疾病相关标本(米饭、凉皮、眼内炎和肿瘤患者)的蜡样杆菌333株,PCR扩增蜡样杆菌11个毒力基因,包括溶血性BL基因(hblC、hblD、hblA、hblB)、非溶血性基因(nheA、nheB、nheC)、肠毒素FM基因和T基因(entFM、bceT)、细胞毒素K基因(cytK)和呕吐毒素相关基因(ces),统计不同标本菌株中毒力基因的携带数目和各毒力基因的携带率,方差分析和卡方检验比较毒力基因在不同标本中,尤其是在疾病相关标本与环境监测标本中的携带差异。结果 研究菌株携带毒力基因平均数目为5.97个,88.29%的菌株携带至少3个毒力基因,12.31%的菌株携带除ces外的所有基因。标本携带毒力基因数目从高到低依次为患者(8.75)、凉皮(8.20)、米饭(7.13)、土壤(6.22)、米粉(5.78)和奶粉(5.71)。患者、凉皮分别与奶粉的基因数目两两比较有统计学差异显著性。菌株各毒力基因的携带率从高到低依次为非溶血性基因(89.19%)、entFM基因(79.88%)、bceT基因(49.85%)、溶血性BL基因(48.35%)、ctyK基因(47.75%)和ces基因(1.50%)。溶血性基因在疾病相关标本中的携带率比环境监测标本高(χ2=8.230,P<0.01),其余基因携带率则在两类标本中无统计学差异。环境监测标本中,土壤的溶血性基因携带率高于米粉和奶粉(χ2=15.071,P<0.01),非溶血性基因和entFM基因的携带率则低于后两者,检验值分别为(χ2=9.603,P<0.05)和(χ2=21.634,P<0.01)。结论 蜡样杆菌毒力基因在不同标本中的分布,尤其是毒力基因数目和溶血性基因在疾病相关标本中较高的携带特点,为研究蜡样杆菌的致病性提供了一定的参考依据,具有一定的临床意义。
- 张慧娟张恩民贺金荣李伟魏建春
- 关键词：蜡样芽胞杆菌毒力基因
- 广州市2004年某野生动物市场动物携带SARS-CoV监测被引量：8
- 2005年
- 目的 了解广州市某野生动物市场动物携带严重急性呼吸综合征冠状病毒 (SARS CoV)的动态变化 ,预测 2 0 0 4 - 2 0 0 5年冬季当地发生动物源性SARS的危险性。方法 在SARS发病相关月份采集广州市某野生动物市场动物的肛拭子和咽拭子标本 ,使用实时荧光聚合酶链反应 (PCR)初筛 ,使用RT PCR和序列分析方法核实。结果 在 2 0 0 4年 1月 5日广东省开始清除野生动物行动前采集的 31只动物 (5只赤狐、2 0只猫、6只黄毛鼠 )中 ,有 8只动物SARS CoV检测阳性 (2 5 .8% ) ,包括 3只赤狐、4只猫、1只黄毛鼠。在 2 0 0 4年 1月 2 0日采集的 119只动物 (6只兔、13只猫、4 6只原鸡、13只斑嘴鸭、10只灰雁、31只鹧鸪 )中 ,仅 1只灰雁的肛拭子检测阳性。 2 - 11月份采集的 10 2只动物 (14只灰雁、3只猫、5只兔、9只斑嘴鸭、2只鹧鸪、8只雉鸡、6只鸽、9只黄麂、19只山猪、16只黄毛鼠、5只犬、1只水貂、3只山羊、2只绿孔雀 )中 ,仅 4月份采集的 1只山猪的肛拭子标本阳性。 11- 12月份在广东省采集的 2 2只果子狸标本均为阴性。结论 和SARS流行或出现散发病例 2 0 0 3年 5月、2 0 0 4年 1月5日某野生动物市场动物的SARS CoV的RT PCR检测情况相比 ,2 0 0 4年 1月 2 0日至 12月广州市某野生动物市场的动物携带SARS CoV的比?
- 王鸣景怀琦徐慧芳蒋秀高阚飙刘起勇万康林崔步云郑翰崔志刚闫梅英梁未丽王洪霞齐小保李振军李马超陈凯张恩民张守印海荣俞东征徐建国
- 关键词：SARS-COV阳性阴性黄毛鼠赤狐
- 炭疽芽胞杆菌基因组中串联重复序列拷贝数的分析
- 2006年
- 目的研究炭疽芽胞杆菌基因组中多位点串联重复序列遗传标记的遗传变异规律。方法根据文献上发表的串联重复序列位点,利用已发表的13对引物,对88株炭疽芽胞杆菌基因组DNA进行PCR扩增,扩增产物进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳,利用凝胶影像分析软件对PCR产物DNA片段的碱基含量进行测算,计算出串联重复拷贝数。对部分PCR扩增产物DNA片段进行测序,利用DNAStar软件进行序列比对,分析不同菌株间的串联重复序列遗传变异规律。结果(1)炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列位置,同一菌株具有相对稳定的串联重复拷贝数。(2)88株炭疽芽胞杆菌DNA上的13个串联重复序列遗传标记中,有的串联重复序列拷贝数变异较小,有的却存在着复杂的多态性;(3)有些串联重复序列单位内的核苷酸数目不变,但核苷酸的排列组合有差异,不过其重复单位内都包含着一个相同的稳定不变的核心核苷酸序列。结论炭疽芽胞杆菌基因组DNA中串联重复序列可以精确定位,测定结果可以数值化,并且串联重复序列在菌株DNA中具有相对的稳定性,因此,串联重复序列是研究炭疽芽胞杆菌遗传特征的较好指标,具有鉴别炭疽芽胞杆菌菌株间差别的能力。
- 田国忠俞东征海荣魏建春马凤琴蔡虹张建华郑玉红付秀萍张志凯张恩民徐冬蕾
- 关键词：炭疽芽胞杆菌串联重复序列
- 基因预测方法的研究进展被引量：9
- 2009年
- 基因预测一般指预测DNA序列中编码蛋白质的部分。其方法主要有两大类:一类是基于相似性的预测方法,即利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段,达到基因预测的目的;另一类是基于统计学模型的从头预测方法,即利用统计学模型训练出相应参数,再对基因进行预测,这种方法可不依赖已知的DNA序列进行预测。现就基因预测的方法、基因预测中存在的一些问题等做一概述。
- 张恩民海荣俞东征
- 关键词：基因预测开放读码框马尔可夫模型
- 三种方法转染绿色荧光蛋白质粒的效果评价被引量：5
- 2010年
- 目的比较常见的真核细胞转染技术,评价采用绿色荧光蛋白为报告基因来观察细胞转染效率高低的方法。方法分别采用磷酸钙法、电穿孔法和脂质体法将pEGFP-C1质粒转染COS-7细胞,对每种方法的转染效率及对细胞的毒性进行评价。结果脂质体法的转染率为67%,电穿孔的转染率为43%,磷酸钙法的转染率为28%。脂质体法转染对细胞的毒性最小。结论采用绿色荧光蛋白为报告基因的真核细胞转染技术中,脂质体法是效率高、安全性大的方法。
- 孙丽娜魏建春张慧娟张恩民俞东征海荣
- 关键词：绿色荧光蛋白转染脂质体
- 中国蜡样芽胞杆菌脉冲场凝胶电泳标准化技术的建立与应用被引量：8
- 2015年
- 目的本研究旨在选择不同的内切酶和电泳条件对蜡样芽胞杆菌(蜡样杆菌)脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行评价,建立中国蜡样杆菌标准PFGE方法。方法蜡样ATCC国际标准菌株及分离自我国不同地区和来源的蜡样杆菌,制备胶块用溶菌酶和蛋白酶K分别裂解后,选用不同的内切酶对胶块内DNA进行酶切,比较PFGE电泳结果的分离度,评价获得最佳操作方案,选取51株蜡样杆菌菌株进行PFGE实验,对此实验方法进行评价分析。结果确立的蜡样杆菌PFGE分型方法的标准操作程序,可以较好地对蜡样杆菌进行分子分型研究,初步描述了51株蜡样杆菌菌株PFGE型别特征。结论实验确定的蜡样杆菌PFGE方法,可以为蜡样杆菌引起的食源性疾病及医院感染的溯源控制提供技术手段。
- 张慧娟潘琢魏建春张恩民梁旭东杜小莉崔志刚李伟
- 关键词：蜡样芽胞杆菌脉冲场凝胶电泳食物中毒
- 青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌遗传特征分析被引量：2
- 2018年
- 目的研究青藏高原喜马拉雅鼠疫疫源地那曲和比如地区鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)菌株的分子分型特征,确定具有该分型特征的鼠疫菌在青藏高原鼠疫疫源地的分布情况。方法应用板块重排、差异区段分析、间区规律短回文重复、多位点可变数目串联重复序列分析方法对分离自青藏高原地区、四川省、云南省的98株鼠疫菌进行分析。结果那曲和比如地区的鼠疫菌菌株中第57~60板块的排列方式与测序菌株Z176003一致,在其他实验菌株中未发现该重排特征。结论分离自那曲和比如的鼠疫菌菌株具有独特的分子分型特征,该特征在本地区的菌株中普遍存在,且菌株多态性持续分化。
- 王宇萌梁莹张恩民马娜申小娜蔡虹张志凯夏连续梁未丽代瑞霞李伟
- 关键词：鼠疫耶尔森菌青藏高原
- 鼠疫菌基因组“默认编码序列”数据库的建立与初步研究被引量：3
- 2010年
- 目的对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立"默认编码序列"数据库。方法应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。结果建立了"默认编码序列"数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种"默认编码序列"的是2465个;存在2种"默认编码序列"的是630个。结论 "默认编码序列"数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。
- 张恩民王琪申小娜陈晨俞东征海荣
- 关键词：鼠疫耶尔森菌
- 基因和抗原检测技术在鼠疫监测中的应用与评价被引量：6
- 2007年
- 目的 对鼠疫特异性基因和抗原检测新技术进行鼠疫监测现场的应用及评价。方法检测来自鼠疫自然疫源地的各类标本中鼠疫菌DNA和F1抗原,采用多重PCR、胶体金免疫技术和酶联免疫吸附试验,与鼠疫菌培养和反向间接血凝试验进行平行对照。结果 使用5种方法平行检测鼠类、蚤类标本1798份,共判定鼠疫标本132份,总阳性率为7．34%;与单纯鼠疫菌培养阳性相比（113份,阳性率为6．28%）,其中鼠疫菌培养与基因、抗原检测的总阳性率为7．34%,与单纯检菌阳性率比较检出率提高16．81%,符合率达到97．13%。结论 在鼠疫监测中增加基因与抗原联合检测,可以提高鼠疫的确诊率。
- 海荣俞东征史献明张忠兵唐永娇王鹏夏连续魏绍振徐兵秦迎旭张志凯石国祥徐冬蕾蔡虹张恩民魏建春耿英芝黄德惠赵斌汪立茂马凤琴黄富王月张涛张建华
- 关键词：鼠疫耶尔森菌基因抗原
- 云南玉龙与青藏高原鼠疫菌差异序列的比对研究被引量：2
- 2019年
- 目的观察云南玉龙鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因组上的差异及遗传学特征。方法应用BLAST软件,将鼠疫D106004和Z176003菌株编码序列(CDS)进行差异比对。选取22个差异CDS,设计相应引物22对,在来源不同(青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地和云南齐氏姬鼠、大绒鼠鼠疫自然疫源地)、时间跨度约50年、分布地区包括西藏、青海、四川、甘肃、云南的6种生态型119株鼠疫代表性菌株进行PCR扩增,并将PCR产物测序验证。菌株均来自中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室。结果119株鼠疫代表性菌株的22个差异CDS,PCR扩增产物实际测序结果累计序列长度为2.13 × 10^6 bp;差异CDS在云南玉龙D106004与青藏高原Z176003菌株所属疫源地内119株鼠疫代表性菌株中同源性较高,78.2%(2 047/2 618)序列不存在差异,21.8%(571/2 618)序列上存在缺失、错义、移码3类基因突变差异。差异特征在疫源地6种生态型鼠疫菌株中稳定存在,呈现6种不同的地理分布。结论云南玉龙D106004和青藏高原Z176003菌株,二者同源性较高,亲缘关系相近,基因组上存在的差异较小,但不同生态型菌株的遗传性特征稳定存在.
- 王梅唐新元海荣俞东征梁莹张恩民张志凯申小娜李伟
- 关键词：自然疫源地
