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黍稷农艺性状的主成分分析与聚类分析被引量：65: 2008年; 对国家种质资源库中收集保存的8016份黍稷种质资源的株高、千粒重、生育期等11个农艺性状进行主成分分析和聚类分析,结果表明:主要农艺性状可归纳为千粒重、主茎节数、主穗长、株高、穗型、花序色、粒色、米色8个主成分,累计贡献率为86.44%;8016份黍稷种质资源可分成5大组群,各个组群都有一定的形态学特征,其中组群4的1301份种质资源的主茎节数多,单株产量、千粒重都比较大,综合性状表现较好。; 胡兴雨陆平贺建波王纶王星玉张红生张宗文吴斌; 关键词：黍稷农艺性状主成分分析聚类分析

限制性两阶段多位点全基因组关联分析方法的特点与计算程序被引量：10: 2018年; 全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)的理论及应用是近十几年来国内外数量性状研究的热点,但是以往GWAS方法注重于个别主要QTL/基因的检测与发掘。为了相对全面地解析全基因组QTL及其等位基因构成,本研究提出了限制性两阶段多位点GWAS方法(RTM-GWAS,https://github.com/njau-sri/rtm-gwas)。RTM-GWAS首先将多个相邻且紧密连锁的SNP分组,成为具有多个单倍型(复等位变异)的连锁不平衡区段(SNPLDB)标记,然后采用两阶段分析策略,基于多位点复等位变异遗传模型,在节省计算空间的条件下保障全基因组QTL及其复等位变异检出的精确度。和以往GWAS方法相比,RTM-GWAS以性状遗传率为上限,能够较充分地检测出QTL及其相应的复等位变异并能有效地控制假阳性的膨胀。由其结果建立的QTL-allele矩阵代表了群体中所研究性状的全部遗传组成。依据这种QTL-allele矩阵的信息,可以设计最优基因型的遗传组成,预测群体中最优化的杂交组合,并用以进行群体遗传和特有与新生等位变异的研究。本研究首先对RTM-GWAS方法的特点和计算程序功能进行说明,然后通过大豆试验数据说明RTM-GWAS计算程序的使用方法。; 贺建波刘方东邢光南王吴彬赵团结管荣展盖钧镒

大豆根部水压胁迫耐逆指数遗传体系解析: 2021年; 大豆是重要的植物蛋白质和植物油脂来源,干旱是影响大豆产量的重要环境因子之一。为解析大豆耐旱性的遗传基础,本研究在PEG水压胁迫条件下,对由409个家系组成的巢式关联作图群体(具有1个共同亲本的2个重组自交系群体组成)进行叶片脯氨酸含量测定,通过限制性二阶段多位点全基因组关联分析(restrictivetwo-stagemultilocus genome-wide association study,RTM-GWAS),解析了大豆根部水压胁迫耐逆指数(root hydraulic stress tolerance index,RHSTI)的遗传体系。结果表明,在春季和夏季环境下,3个亲本蒙8260(共同亲本)、通山薄皮黄豆甲和正阳白毛平顶在RHSTI上均存在显著差异,其衍生群体RHSTI表型变异丰富,变幅分别为0.11~2.94和0.03~1.93,遗传力分别为97.7%和97.9%;2个环境联合分析发现,家系遗传力和家系与环境互作遗传力分别为37.9%和60.1%,说明群体RHSTI的变异受遗传和环境共同控制。通过RTM-GWAS方法,共检测到45个与RHSTI相关的QTL,分布在大豆18条染色体上,可以解释37.58%的表型变异,其中7个QTL的表型贡献率超过1%,为大贡献位点;这些QTL中,有34个位点与环境存在显著互作,可以解释12.50%的表型变异。结合PEG胁迫下大豆转录组数据,在定位区间500kb范围内共筛选到38个差异表达基因,可归为ABA响应因子、逆境响应因子、转录因子、发育因子、蛋白代谢因子、未知功能和其他等7类,其中逆境响应因子、转录因子和发育因子是最大的3类;其中位于主效位点的6个基因,与ABA响应因子、逆境响应因子、转录因子相关,应为主要候选基因。上述结果表明,大豆耐旱性是一个由多位点、多基因控制的复杂数量性状,且与环境存在互作,遗传基础复杂。研究结果为大豆耐旱性分子育种提供了依据。; 王吴彬童飞KHAN Mueen Alam张雅轩贺建波郝晓帅邢光南赵团结盖钧镒; 关键词：大豆脯氨酸含量数量性状位点

基于重复内分组设计的QTL检测模型: <正>QTL检测研究需要采用大量家系的试验,由于家系数量多,需要采用适当的试验误差控制方法。本研究在复合区间作图方法中引入了重复内分组试验设计。该方法通过广义最小二乘法估计的误差协方差矩阵对QTL定位统计模型进行矫正以消...; 李纪杰贺建波盖钧镒管荣展; 关键词：QTL; 文献传递

甘蓝型油菜半矮杆性状位点的分子标记及其应用: 本发明为植物育种领域，公开了甘蓝型油菜半矮杆性状位点的分子标记及其应用，具体涉及油菜半矮杆位点的分子标记BnA05SD405、BnA05SD425、BnA05SD473和BnA05SD478及其应用。在BC<Sub>6<...; 管荣展黄成威杨茂李威岩邵丹蕾贺建波; 文献传递

野生大豆染色体片段代换系群体中与百粒重关联的野生片段及其候选基因被引量：3: 2022年; 一年生野生大豆是栽培大豆的祖先,在长期驯化改良过程中,百粒重逐渐增大,阐明该变化的遗传基础,对大豆的进化研究与品种改良具有重要意义。为了解析大豆百粒重驯化的遗传基础,本研究以177份全基因组重测序的野生大豆染色体片段代换系(SojaCSSLP5)为材料,通过3个不同环境的表型评价,检测到13个与大豆百粒重相关的野生染色体片段,均具有减小大豆百粒重的加性效应,变幅为-0.49~-1.19 g,这与野生大豆具有较小百粒重相符。检测到的这些野生染色体片段分布在大豆11条染色体上,可以解释76.70%的表型变异,单个片段表型贡献率变幅为2.45%~15.14%。其中片段Gm03_LDB_15和Gm12_LDB_46的贡献率超过10%,为大豆百粒重由野生向栽培进化的大效应片段。结合双亲栽培大豆南农1138-2和野生大豆N24852的转录组数据和基因组数据,在这些区段内共预测到13个百粒重候选基因,涉及以下调控植物种子大小的途径:泛素蛋白激酶调控途径、G蛋白信号途径、裂原活化蛋白激酶途径、植物激素途径、转录调控因子途径和HAIKU途径。与前人利用栽培大豆的研究结果相比,本研究检测到13个大豆百粒重相关野生染色体片段中有4个片段是新检测到的,表明有9个野生染色体片段可能为野生大豆传递给栽培大豆的共享片段,而这4个新检测到的野生染色体片段相对应栽培片段可能为栽培大豆特有的进化片段。; 刘成张雅轩陈先连韩伟邢光南贺建波张焦平张逢凯孙磊李宁王吴彬盖钧镒; 关键词：野生大豆染色体片段代换系百粒重数量性状位点

双列杂交设计的主-微位点组遗传分析方法研究被引量：9: 2010年; 数量性状遗传研究通常以双亲本杂交后代为对象,而作物育种中常涉及多个具有优良性状的亲本作为有利基因的供体,因此有必要研究多个材料间的遗传关系,以便从中选择最佳亲本组合,这对杂种品种选育尤其重要。本研究在以往位点组分析方法的基础上,将其扩展为主基因+多基因遗传模型框架下双列杂交设计的主-微位点组遗传分析方法,将微位点组从原来的剩余部分中分离出来。该方法针对双列杂交设计的主位点组和微位点组及其与环境互作的统计遗传模型提出了主位点组检测与效应估计和微位点组效应估计的逐步选入回归法;因模拟实验发现逐步选入回归法的F测验有偏,提出了F测验的调整方法。利用模拟方法评估了遗传率、主位点组个数、增效基因型频率、主位点组间相似性和微基因效应等因素与方法功效的关系。然后通过模拟实验数据和油菜实际试验数据的分析验证了所提方法的应用效果。本研究建立的双列杂交设计的主-微位点组遗传分析方法为杂种品种的亲本选配提供了方法和理论依据。; 贺建波管荣展盖钧镒

甘蓝型油菜半矮杆性状位点的分子标记及其应用: 本发明为植物育种领域，公开了甘蓝型油菜半矮杆性状位点的分子标记及其应用，具体涉及油菜半矮杆位点的分子标记BnA05SD405、BnA05SD425、BnA05SD473和BnA05SD478及其应用。在BC<Sub>6<...; 管荣展黄成威杨茂李威岩邵丹蕾贺建波; 文献传递

水稻糙米重金属Cd^(2+)含量的QTL分析被引量：5: 2009年; 镉(Cd2+)是一种分布较广泛、毒性较强的一种重金属,文章利用韭菜青×IR26杂交衍生的一个重组自交系群体(Recombinant inbred lines,RIL)及构建的SSR分子遗传图谱,对控制糙米中Cd2+含量的QTL进行分析,为选育籽粒中Cd2+低吸收或低积累的水稻品种提供参考。结果表明,在Cd2+胁迫(5mg/kg)处理条件下,共检测到2个与糙米Cd2+含量有关的QTLs,分别位于水稻第11染色体上的标记RM6288-RM6544和RM167-RM5704之间,其中qCCBR-11a对表型贡献率为11.17%,加性效应0.089;qCCBR-11b对表型变异贡献率为7.66%,加性效应0.075。相关分析显示,糙米Cd2+含量与株高、每穗总粒数、每穗实粒数、结实率和千粒重等产量性状的相关性均不显著,糙米中Cd2+含量是一个相对独立、由基因控制的遗传性状。; 陈志德王州飞贺建波仲维功王军杨杰张红生; 关键词：水稻 QTL定位

大豆杂种产量相关的位点及等位变异分析被引量：3: 2011年; 选用来源于中国黄淮和美国的熟期组Ⅱ～Ⅳ的8个大豆品种,按Griffing方法Ⅱ设计,配成28个双列杂交组合,包括8个亲本共计36份材料。选用300个SSR标记,对8个大豆亲本进行全基因组扫描,利用基于回归的单标记分析法,对大豆杂种产量和分子标记进行相关性分析,估计等位变异的效应和位点的基因型值,剖析杂种组合的等位变异。结果表明,300个SSR标记中有38个与杂种产量显著相关,分布于17个连锁群上,其中D1a和M连锁群上较多,有8个位于连锁定位的QTL区段内(±5 cM)。单个位点可分别解释杂种产量表型变异的11.95%～30.20%。杂种的位点构成中包括有增效显性杂合位点、增效加性纯合位点、减效加性纯合位点和减效显性杂合位点4部分,其相对重要性依次递减。从38个显著相关的SSR标记位点中,遴选出Satt449、Satt233和Satt631等9个优异标记基因位点,Satt449～A311、Satt233～A217和Satt631～A152等9个优异等位变异,以及Satt449～A291/311、Satt233～A202/207和Satt631～A152/180等9个优异杂合基因型位点。这些结果为理解杂种优势的遗传构成和大豆杂种产量聚合育种提供了依据。; 杨加银贺建波王金社管荣展盖钧镒; 关键词：大豆双列杂交杂种优势

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贺建波

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