周雁
- 作品数：13 被引量：33H指数：3
- 供职机构：复旦大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划上海市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学轻工技术与工程更多>>
- mRNA二级结构对重组人白血病抑制因子(rhLIF)在大肠杆菌中表达的影响被引量：6
- 1999年
- 真细菌中翻译起始效率通常是由翻译起始位点两侧的ｍ ＲＮＡ 区域二级结构的稳定性决定的．这种稳定性与该区域ＲＮＡ 二级结构的发生自由能（ΔＧ０ ）相对应．重组人白血病抑制因子（ｒｈＬＩＦ）为具有诱导白血病细胞分化、调节骨组织的生长代谢、维持胚胎干细胞的基本特征、促进神经元的分化等广泛生物学活性的细胞因子．为了获得高表达的ＬＩＦ蛋白，通过翻译起始区的位点专一突变，把具有优选密码子和能量优势的ｌｉｆ 片段克隆入ｐＪＬＡ５０３ 载体，然后转化至大肠杆菌中表达，得到表达量提高１０
- 董晖周雁赵寿元李昌本
- 关键词：RNA二级结构白血病抑制因子大肠杆菌
- 转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响被引量：7
- 2014年
- 基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads。从中随机抽取总量的25%,50%,75%和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55%的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM[30,+∞)、偏低表达基因RPKM[3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5 M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5 M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高。
- 高原王翌霞张亮窦同海周雁
- 关键词：高通量测序技术基因表达量
- 癌症相关基因选择性剪接进化数据库的构建被引量：3
- 2016年
- 选择性剪接是真核生物基因调控的基本调节机制之一,与各种类型的生理和病理活动相关.癌症相关基因的不正常剪接可能与多种癌症的发生发展有关.作为选择性剪接进化的主体,选择性剪接外显子展示了其在不同物种中多样的进化功能.本文系统整理了2 989个癌症相关基因的各项功能,通过比较基因组学的分析方法总结了癌症相关基因的选择性剪接外显子的功能和进化关系,建立了癌症相关基因选择性剪接进化数据库(ASeeDB数据库).ASeeDB包含癌症相关基因外显子区域的进化保守性、结构域预测、Ka/Ks值、以及基因、转录本、外显子区域3个层次的表达量统计等信息,结合这些信息用户可以方便的检索有研究意义的基因或者外显子.外显子区域蛋白质结构域的预测可以帮助了解其可能的功能,而外显子是否存在选择性剪接又可以推及包含该外显子的转录本是否具有相似的功能以及推测剪接是否会对蛋白质功能发生影响.数据库提供的物种间的序列比对可以帮助用户发现没有注释的外显子区域或者是保留的失去功能的外显子.相比于基因层面的Ka/Ks,数据库提供的外显子层面的Ka/Ks对于发现适应性进化事件具有更高的敏感性,可以更加方便地预示基因中未知功能的区域.
- 徐敏杰窦同海徐佳熹江建平刘匆付茂宾高原陈诚文张亮周雁
- 关键词：癌症选择性剪接数据库外显子
- 鳌肢动物Wnt基因家族的全基因组与进化分析被引量：1
- 2020年
- Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后生动物中已经被广泛研究。但是,在节肢动物门中的螯肢动物中,仍然缺乏关于Wnt基因及蛋白的系统研究。在本研究中,从8种已有基因组或转录组资源的螯肢动物对Wnt基因家族进行了生物信息学鉴定和分析,共鉴定出87个Wnt基因家族成员。对Wnt蛋白序列结构的分析结果显示螯肢动物的Wnt蛋白包含高度保守的Wnt结构域、信号肽、跨膜区域或低复杂度区域;对Wnt基因在基因组上的位置分析表明螯肢动物的Wnt基因在基因组上的分布情况主要有两种模式,包括Wnt9-Wnt6-Wnt1基因簇和Wn5-Wnt7基因簇,此外还有一些在基因的方向和数量上有差异的物种特异性的分布;系统发育树的构建结果显示螯肢动物中的Wnt5,Wnt7和Wnt11亚家族有扩增现象,而Wnt3和Wnt10亚家族发生了丢失。本研究作为螯肢动物中第一个Wnt基因家族的全基因组研究,有望丰富螯肢动物基因组学的研究内容,为Wnt基因家族在节肢动物乃至后生动物中的和进化和功能的进一步研究提供有力的基础。
- 梁园周雁
- 关键词：全基因组进化
- 中国基因组生物信息学回顾与展望被引量：7
- 2008年
- 基因组生物信息学是随着大规模基因组测序而兴起的一门交叉学科,其研究对象是基因组数据.因此,对基因组数据的各方面的深入了解,有助于把握基因组生物信息学的来龙去脉.本文从基因组数据展开,围绕着这些数据的收集、储存、分析和比较,分别列举了相关的数据库、算法和软件包.今天,由新一代测序技术所带来的对数据处理、算法设计和功能信息挖掘等技术和研究方面的挑战,应该及时得到充分的重视.
- 顾坚磊周雁
- 关键词：基因组学生物信息学
- 利用高通量测序技术探究淞江鲈体表细菌的分类被引量：2
- 2016年
- 微生物引起的皮肤溃烂是淞江鲈（Trachidermus fasciatus Heckel）常见的慢性感染性疾病,也是人工养殖过程中导致其产量下降的重要因素之一。现代微生物群落的主要研究方法不依赖于分离培养,而采用DNA高通量测序技术。高通量测序技术中为了提高测序效率、区分不同样本,引入了“标签序列”（barcode）。本研究探索Illumina MiSeq平台双向测定淞江鲈表皮菌群样本16S rRNA基因的V1～V3区序列的可行性,并且考察barcode长度和测序量对细菌群落结构分析的影响。结果表明：双向测序的拼接成功率达93%,可以成功识别V1～V3区。不同长度的barcode对序列分库有较大影响,建议采用12 bp以上长度的barcode。样本中有效序列的数目对可操作分类单元（OTU）的划分影响很大,在测试的有效序列数范围内,OTU数随有效序列数线性增加。当测序量达到6 000～9 000时属及以上分类数曲线逐渐进入平台期,可覆盖样本中的大部分种属。结合测序和文献结果,可推测黄杆菌属（Flavobacterium）、希瓦氏菌属（Shewanella）、假单胞菌属（Pseudomonas）可能与淞江鲈皮肤溃烂相关。
- 王翌霞罗武松秦志浩王金秋周雁
- 关键词：测序BARCODE
- 鳌肢动物Wnt基因家族的全基因组与进化分析
- 2020年
- Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后生动物中已经被广泛研究。但是,在节肢动物门中的螯肢动物中,仍然缺乏关于Wnt基因及蛋白的系统研究。在本研究中,从8种已有基因组或转录组资源的螯肢动物对Wnt基因家族进行了生物信息学鉴定和分析,共鉴定出87个Wnt基因家族成员。对Wnt蛋白序列结构的分析结果显示螯肢动物的Wnt蛋白包含高度保守的Wnt结构域、信号肽、跨膜区域或低复杂度区域;对Wnt基因在基因组上的位置分析表明螯肢动物的Wnt基因在基因组上的分布情况主要有两种模式,包括Wnt9-Wnt6-Wnt1基因簇和Wn5-Wnt7基因簇,此外还有一些在基因的方向和数量上有差异的物种特异性的分布;系统发育树的构建结果显示螯肢动物中的Wnt5,Wnt7和Wnt11亚家族有扩增现象,而Wnt3和Wnt10亚家族发生了丢失。本研究作为螯肢动物中第一个Wnt基因家族的全基因组研究,有望丰富螯肢动物基因组学的研究内容,为Wnt基因家族在节肢动物乃至后生动物中的和进化和功能的进一步研究提供有力的基础。
- 梁园周雁
- 关键词：全基因组进化
- 16S rDNA特异性引物设计优化及其在淞江鲈体表微生物鉴定中的应用被引量：3
- 2018年
- 引物与模板的结合特异性是PCR反应成功与否的主要决定因素之一.在进行以16srDNA为目标序列的菌种鉴定或者各种检测应用中,对引物的特异性具有较普遍的要求.需扩增出完整的目标属,实现属内保守,同时避免有效扩增其他属的相应序列即实现属间特异.对此,我们对引物设计进行优化,通过分析所有已知细菌16srDNA序列,针对特定目标属筛选特异和最高效的引物对,并在淞江鲈的体表菌群样品中进行验证实验.结果表明,所设计的引物具有较好的属内保守性和特异性,而且引物在扩增中的效率也有一定的保证,能够很好地应用于菌群的定量PCR分析.
- 徐鹏昊罗武松何恩明王焱磊蔡枫张亮窦同海王金秋周雁
- 关键词：引物设计菌群分析
- 异色瓢虫基因组及免疫系统分析
- 2023年
- 【目的】异色瓢虫是在全世界广泛分布的一种捕食性甲虫,由于其强大的适应和繁殖能力,异色瓢虫种群数量已经大幅增加并且威胁到当地的生态环境。基于基因组数据和分析结果,可以推动对异色瓢虫资源的利用和其生物入侵的治理。【方法】对中国本地经过八代近交的成虫进行培养,进行DNA抽提级测序,利用Velvet和SSPACE-STANDARD进行组装拼接,利用RepeatMasker、GeneMark、Augustus和Fgenesh等软件进行基因预测与标记,利用OrthoDB数据库及ClustalW进行比较基因组分析,利用Blast鉴定异色瓢虫基因组中免疫相关基因。【结果】最终拼接的异色瓢虫基因组草图大小为382 Mb,其中contig的N50大小是12.1 kb,scaffold的N50大小是47.5 kb。预测得到18 413个完整基因。根据已发表的昆虫基因组和异色瓢虫基因组的比较基因组分析表明,鞘翅目中含有最多的物种特异性基因,物种进化树显示,所有鞘翅目的物种都聚在了一起,异色瓢虫的位置在赤拟谷盗和蜣螂之间。通过对异色瓢虫免疫通路相关基因并且进行了进化分析,发现异色瓢虫和其他两种瓢虫在PRR通路、Toll通路和IMD通路中的免疫系统基因上没有显著差异。在异色瓢虫中找到了9个Defensin,7个attacin和10个Coleoptericin,在基因组水平上证实了异色瓢虫抗菌肽家族对比其他两种瓢虫相比存在明显的扩张。【结论】异色瓢虫的AMP家族有了显著的扩张,与其他瓢虫相比,基因数量成倍增长。这一结果也从基因组数据水平上验证了Vilcinskas从转录组数据上推测的结果。更多的AMP基因数量是异色瓢虫得以适应复杂环境的重要保证,是异色瓢虫成为生物入侵物种的免疫基础,表明异色瓢虫在可诱导性天然免疫方面比其他瓢虫有着明显的优势。
- 沈族桓周雁
- 关键词：异色瓢虫基因组比较基因组免疫
- 结合多组学和人类蛋白互作网络研究急性髓细胞白血病中的突变基因互作子网络被引量：1
- 2015年
- 急性髓细胞白血病(AML)是一类由血液中白细胞恶性增殖引起的恶性疾病,很多与AML致病性相关的基因突变还没有被阐明,使用基于多组学整合分析的方法可以有效地揭示AML中基因突变与疾病间的相互关系.通过使用来源于癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)计划中AML病人的1 450个体细胞突变基因数据和这些基因的RNA表达量数据,结合人类蛋白互作网络,构建了在AML中的基因子网络.发现的基因子网络中包含21个突变基因,KEGG代谢通路和GO富集分析结果表明,趋化因子信号通路和染色体结构相关基因在AML的致病性中具有重要作用;并且,基因子网络可以反映AML中突变基因间的相互作用关系,可以加强对AML致病机理认识.在基因子网络中,部分基因已经被证明与AML相关,如NPM1,KDM1A和NRAS等,但部分基因还需要进一步探索,如CBX7,GNAI2和COPS2等.对这些基因的深入研究可以加强对疾病致病机理的认识.最后提供了整合多组学数据研究疾病的框架,并且该框架可以应用于其他疾病或机制的研究中.
- 江建平杨芳张亮窦同海周雁
- 关键词：急性髓细胞白血病基因网络
