林昊
- 作品数：38 被引量：63H指数：4
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- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生文化科学更多>>
- λ噬菌体溶源/裂解转换调控与定态熵
- 2012年
- 被λ噬菌体感染的大肠杆菌是研究生物基因调控网络的重要模板之一.根据该调控系统操纵子与调控蛋白相互作用特点,利用热力学配分函数描述调控蛋白与操纵子的结合概率,在给出该调控系统的动力学分岔的基础上,计算系统各定态的热力学熵.结果显示,溶源态和裂解态较鞍点和分岔点具有更低的熵值,且溶源态的熵最低,说明处于溶源态的系统具有更高的生物序.
- 冯维丁辉林昊罗辽复
- 关键词：Λ噬菌体分岔
- 基于二次判别的果蝇启动子识别被引量：14
- 2006年
- 通过对果蝇polⅡ启动子和非启动子的序列特征分析,计算了序列每个位点单碱基保守性M1(l)值和六联体保守性M6(l)值。从而分别选取两个区域的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量结合二次判别函数(IDQD)对启动子进行了预测。对于从编码区和内含子中选取的非启动子数据集,启动子的预测成功率分别达到93%和89%。比较结果显示IDQD模型能够有效地提高启动子预测成功率。
- 林昊李前忠
- 关键词：POL
- 模式生物的外显子、内含子和基因间序列的识别(英文)
- 2005年
- 基于核酸序列在剪切位点上保守性、组分的不同和编码序列阅读框架的3周期性,模式生物全基因组序列分为外显子、内含子和基因间序列三类.三个标准离散源分别由64个三联体在整条序列上的概率和4个碱基序列首尾(剪切位点附近)共30个位点上的概率共同构成.某条序列的类型就由该序列的离散量同相应区间上三个标准离散量的离散增量确定.结果表明:具有184个信号参数的离散量预测比只有64个三联体参数的结果要高出5%,总体预测成功率:线虫为87.37%,拟南芥为91.08%,果蝇为92.28%,原核生物大肠杆菌的二种序列预测率为92.88%,酵母菌为94.88%.
- 陈翠霞李前忠林昊
- 关键词：外显子内含子基因间序列剪切位点
- 酵母转录因子结合位点的理论预测
- ＜正＞通过对五种实验验证的酵母转录因子结合位点序列的单碱基保守性的统计分析,以单碱基位点保守性为参数（图1）,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法。为了尽可能的减少预测出来的假阳性（FP）结合位点序列,将...
- 杨科利李前忠林昊
- 文献传递
- 大肠杆菌sigma70启动子预测
- ＜正＞通过对683条大肠杆菌sigma70启动子的位点六联体保守性分析（图1）,以12个位点的六联体频数作为离散源参数,利用离散增量对启动子进行了预测。为衡量离散增量算法的预测能力,将683条启动子序列随机分成两个集合:...
- 林昊李前忠
- 文献传递
- 基于位置关联权重矩阵的大肠杆菌启动子预测被引量：3
- 2007年
- 对实验证实的683条大肠杆菌sigma70启动子的序列进行保守性计算分析,获得四个保守的区域-10区域是启动子最保守的功能元件,-35区域、转录起始位点附近及启动子上游UP单元.从保守区中选取M6(l)值较大的10个保守位点的六联体频数作为参数、引入伪计数构建位置权重矩阵,利用位置关联打分函数对683条sigma70启动子进行预测.负集分别从编码区和非编码区选取700条序列进行算法检验,获得很好的结果,敏感性分别为91%和90%.进而利用位置关联打分函数对大肠杆菌整条序列进行搜索,获得1567条预测序列.这些序列可能是实验未测定的启动子序列.
- 林昊李前忠
- 关键词：大肠杆菌启动子保守性
- 迁移学习在生物医学领域的应用
- 2023年
- 生物医学领域经常涉及多种数据类型,如图像、时间序列、各种组学分子数据等,通常存在样本稀缺和异质性的问题。如何充分利用有限的数据,同时解决数据的异质性问题,是生物医学领域面临的重要问题。迁移学习在生物医学领域的应用正在迅速推进。该方法可以缩小源域和目标域的差异,通过学习源域中已有的知识并提取两域的共享因子,将预测任务从源域迁移至目标域中。根据源域、目标域和两域任务的不同,迁移学习具有3种不同的应用场景。该文对迁移学习在生物医学领域的应用进行了分析,并结合3种场景下的不同应用实例进行对比,以探索迁移学习在该领域的现状和发展前景。
- 马偲臆刘晓薇谢雪琴邓科君鄢丹林昊
- 关键词：无监督学习生物医学
- 拟南芥和线虫外显子/内含子剪切位点的研究被引量：3
- 2006年
- 将拟南芥(A.tha liana)和线虫(C.eleg ans)的基因序列中的外显子按第一外显子,中间外显子和最后外显子划分成三类.分别将外显子/内含子剪切位点、翻译起始和终止位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的不同碱基个数作为离散源参数,共12个离散源参数,计算各类外显子离散量.用离散增量实现了对三种序列类型的预测,预测成功率都达到80%以上;并且统计了剪切位点附近的碱基相对频数,结果比较了由于三联体所取位置及个数不同而造成的对预测结果的差异,说明了剪切位点附近碱基的保守性.
- 林昊李前忠
- 关键词：外显子剪切位点保守性
- 基于序列信息理论预测线虫基因选择性剪切位点被引量：2
- 2008年
- 基因的选择性剪切使得在DNA上一段相同的序列翻译成多个不同的蛋白质序列.选择性剪切的出现把剪切位点分为选择性供体位点、组成性供体位点、选择性受体位点和组成性受体位点.基于EBI中的线虫基因选择性剪切位点数据库,选取不同位点的单碱基频率和序列片段的三联体频数作为参数,利用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机,对选择性剪切位点进行了理论预测.对选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为63.78%和72.63%,特异性分别为68.02%和83.96%.
- 杨乌日吐李前忠杨科利林昊
- 关键词：选择性剪切受体位点支持向量机
- 新洋葱伯克霍尔德氏菌AU-1054菌株的三条染色体上必需基因的异常分布
- 绝大部分细菌基因组只包含一条染色体，极少数细菌包含两条甚至三条染色体。Burkholderia是一类格蓝氏阴性的，无孢予的beta变形菌，包括40多个菌种。在Burkholderia菌属中，Bcc由至少9种遗传差异很大但...
- 郭锋彪宁绿文黄健林昊张会雄
- 关键词：染色体必需基因基因异常
