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肿瘤中GLI1 RNA编辑的下调及其潜在功能分析被引量：1: 2012年; 目的检测癌相关基因GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑,比较编辑水平在肿瘤与正常细胞系中的差异,并分析编辑事件的潜在影响,以期揭示其与癌症发生发展的关联。方法通过PCR、RT-PCR及测序的方法检测GLI1编码区DNA和RNA序列上的差异,以此来识别该区域上的A-to-I RNA编辑事件和比较肿瘤与正常细胞系中编辑位点的编辑水平差异。使用多种生物信息学工具分析编辑事件的潜在功能影响。结果在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中均检测到GLI1转录本上对应染色体12∶56150891的位置发生A-to-I RNA编辑,该编辑事件导致GLI1第701位氨基酸由精氨酸转变为谷氨酸。与相应的正常细胞系相比,肝癌细胞系及乳腺癌细胞系中该位点的编辑水平明显降低。生物信息学分析表明此编辑事件能改变编码的氨基酸,并可能破坏外显子剪接增强子及影响蛋白质高级结构。结论 GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中普遍存在。该编辑事件在肝癌和乳腺癌细胞系中的下调提示其可能与癌症的发生发展相关。; 张颖胡亚欧何涛侯小强汪莉张部昌王玉民; 关键词：GLI1 编码区生物信息学肿瘤

基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件被引量：5: 2011年; 完整基因结构的预测是当前生命科学研究的一个重要基础课题,其中一个关键环节是剪接位点和各种可变剪接事件的精确识别.基于转录组测序(RNA-seq)数据,识别剪接位点和可变剪接事件是近几年随着新一代测序技术发展起来的新技术策略和方法.本工作基于黑腹果蝇睾丸RNA-seq数据,使用TopHat软件成功识别出39718个果蝇剪接位点,其中有10584个新剪接位点.同时,基于剪接位点的不同组合,针对各类型可变剪接特征开发出计算识别算法,成功识别了8477个可变剪接事件(其中新识别的可变剪接事件3922个),包括可变供体位点、可变受体位点、内含子保留和外显子缺失4种类型.RT-PCR实验验证了2个果蝇基因上新识别的可变剪接事件,发现了全新的剪接异构体.进一步表明,RNA-seq数据可有效应用于识别剪接位点和可变剪接事件,为深入揭示剪接机制及可变剪接生物学功能提供新思路和新手段.; 何涛王端青胡亚欧张颖邵卫东汪莉王玉民; 关键词：剪接位点可变剪接黑腹果蝇 RNA-SEQ

小鼠β-防御素30的原核表达和纯化: 2010年; 目的:在原核细胞中表达小鼠β-防御素30(DEFB30),并对表达产物进行鉴定和纯化。方法:用RT-PCR方法扩增小鼠Defb30的cDNA序列,将2个拷贝的cDNA序列串联连入原核表达载体pET28(a),构建重组表达载体pET28(a)-Defb30,并将重组表达载体转化至大肠杆菌Rosetta(DE3),IPTG诱导表达,以Western印迹分析表达产物His-DEFB30,用Ni-NTA亲和柱纯化融合蛋白。结果:构建了Defb30基因的原核表达载体,经IPTG诱导,相对分子质量约15×103的融合蛋白获得表达,Western印迹分析证实此蛋白即为目的蛋白,经Ni-NTA柱亲和纯化,获得了高纯度的融合蛋白His-DEFB30。结论:获得了在大肠杆菌中表达的DEFB30,为研究该蛋白的免疫避孕效果、抗菌活性奠定了基础。; 田利源胡亚欧李秀丽汪莉王玉民; 关键词：抗菌肽原核表达免疫避孕

一种免疫避孕核酸疫苗及其制备方法: 本发明提供了一种免疫避孕核酸疫苗，其包含编码小鼠精子特异膜蛋白Izumo的DNA序列，其中所述编码小鼠精子特异膜蛋白Izumo的DNA序列插入到真核表达载体中。所述真核表达载体可以为pCAGGS。本发明还提供了所述免疫避...; 汪莉王玉民侯小强田利源郭振东张斌胡亚欧; 文献传递

促吞噬肽衍生物T肽对裸鼠术后残瘤VEGF表达的影响被引量：4: 2012年; 目的:探讨促吞噬肽衍生物T肽抑制裸鼠术后残瘤生长的作用机理。方法:建立MCF-7乳腺癌裸鼠皮下移植瘤术后残瘤模型,观察8 mg/kg剂量T肽对残余肿瘤组织的生长情况,并采用免疫组化和Western印迹检测给药后残瘤组织血管内皮生长因子(VEGF)的表达,采用RT-PCR检测不同T肽浓度对血管内皮细胞VEGF基因转录的影响。结果:T肽对MCF-7乳腺癌裸鼠皮下移植瘤术后残瘤生长表现出良好的抑制作用,按照瘤重得出的抑制率为68.2%,按照肿瘤体积得出的抑制率为67.6%,T肽给药组裸鼠残瘤组织中VEGF的表达量较空白对照组明显减少。血管内皮细胞中T肽呈剂量相关性抑制VEGF基因的转录。结论:T肽的抗癌作用与其抑制肿瘤微环境肿瘤组织和血管内皮细胞中VEGF的表达有密切联系,预示着T肽有潜力成为预防术后残瘤生长的抗癌新药。; 汪琼胡亚欧贾娜汪莉袁守军; 关键词：促吞噬肽血管内皮生长因子裸鼠

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