吕远大
- 作品数：35 被引量：142H指数：7
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- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- Opaque2转录因子对玉米α-醇溶蛋白基因家族成员表达的影响
- 2015年
- 醇溶蛋白是玉米主要的储存蛋白,其中α-醇溶蛋白含量最为丰富,对玉米籽粒品质有重要影响。本研究利用全基因组数据鉴定α-醇溶蛋白基因家族,并从基因保守motif、玉米籽粒不同发育时期基因的表达谱以及转录因子Opaque2对该家族成员表达的影响3个方面分析玉米α-醇溶蛋白基因家族。结果显示,玉米参考基因组中存在39个α-醇溶蛋白基因,其中z1A、z1B、z1C和z1D 4个亚族成员分别为12个、8个、14个和5个。基因保守motif分析发现该家族基因序列高度保守。表达谱分析结果显示该家族表达模式差异较大,其中z1A亚族在籽粒发育时期表达量最高。利用RNA-seq数据剖析在种子发育阶段Opaque 2(O2)野生型和突变体编码该家族成员的表达差异,结果显示O2突变体中z1C亚族成员表达显著下调,z1A亚族表达略有下调,z1B和z1D亚族成员表达量没有显著的变化。本研究在重新注释α-醇溶蛋白家族成员信息的基础上,对该家族的表达谱进行了分析,为今后玉米籽粒品质育种提供了必要遗传信息。
- 李国锋葛敏吕远大
- 关键词：玉米
- 一种小麦抗白粉病基因Stpk-V的标记引物及应用
- 本发明提供一种小麦抗白粉病基因<I>Stpk‑V</I>的标记引物以及其在抗小麦白粉病<I>Stpk‑V</I>基因检测中的应用，该标记引物InDel<Sub>w190</Sub>由核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示...
- 杨学明吕远大周淼平姚金保杨丹马鸿翔
- 文献传递
- 玉米SPP基因家族的全基因组鉴定及表达分析被引量：5
- 2019年
- 磷酸蔗糖磷酸酶(sucrose-phosphate phosphatase,SPP)是蔗糖生物合成途径中的关键酶,其主要作用是将蔗糖-6-磷酸水解成蔗糖。本研究利用生物信息学手段从玉米基因组中鉴定了2个SPP家族基因,命名为ZmSPP1和ZmSPP2,并从系统发育关系、蛋白结构域、基因结构和表达模式等方面分析了该基因家族的特征。结果发现,ZmSPP基因在基因结构上存在明显差异,但其编码蛋白的理化性质高度相似,并且均含有S6PP结构域和S6PP_C结构域。表达谱分析显示,ZmSPP在玉米各组织中均有表达,但ZmSPP1的表达水平显著高于ZmSPP2,这暗示ZmSPP1可能在玉米蔗糖-6-磷酸水解过程中扮演重要作用。进一步分析授粉阻断后的叶片RNA测序数据,结果表明阻断授粉可以抑制玉米叶片中ZmSPP1基因表达,但不影响ZmSPP2基因表达。本研究将为进一步解析玉米ZmSPP基因的功能提供重要依据。
- 何冰时丕彪吕远大陈国祥
- 关键词：家族基因生物信息学表达谱
- InDel分子标记WC656的开发及其在鉴别小麦-簇毛麦5VS纯合易位中的应用被引量：1
- 2023年
- 簇毛麦是小麦品种改良重要的遗传资源,其5VS上含有硬度基因Dina/Dinb、抗白粉病基因Pm55和抗条锈病基因Yr5V,创制普通小麦-簇毛麦5VS易位系新种质,对于高效利用5VS上的有益基因进行小麦品种遗传改良具有重要意义。为了便于鉴别普通小麦-簇毛麦5VS纯合易位,本研究以mInDel软件分析普通小麦中国春基因组序列,开发了小麦第5同源群短臂的InDel特异分子标记WC656,对小麦品种以及普通小麦-簇毛麦5VS.5AL和5VS.5DL易位系及其衍生后代进行PCR扩增,根据扩增片段大小来区分5AS、5BS、5DS染色体臂以及5VS易位系。结果表明,在21个普通小麦品种、小麦-簇毛麦5VS回交F 2代中杂合易位单株,均扩增出379 bp(5AS)、471 bp(5BS)、422 bp(5DS)3条带。在T5VS.5AL高代品系、回交F 2代中纯合易位单株扩增出471 bp(5BS)、422 bp(5DS)2条带,379 bp(5AS)条带缺失。T5VS.5DL高代品系、回交F 2代中纯合易位单株扩增出379 bp(5AS)、471 bp(5BS)2条带,422 bp(5DS)条带缺失。WC656鉴别的5VS纯合易位结果与顺序FISH-GISH分析结果一致。T5VS.5AL、T5VS.5DL具有抗白粉病、籽粒硬度指数低等优良特性。因此,利用InDel分子标记WC656可以鉴别普通小麦-簇毛麦T5VS.5AL、T5VS.5DL衍生后代中的纯合易位,PCR扩增实验操作相对简便,可以为分子标记辅助选育携有5VS纯合易位的软质弱筋小麦提供帮助。
- 郭江涛吕远大赵姝楠周淼平姚金保杨学明
- 关键词：小麦
- 基于三重测交群体解析玉米株高与穗位高杂种优势QTL被引量：5
- 2017年
- 为检测玉米株高、穗位高杂种优势QTL,以121株intermated B73×Mo17(IBM)个体为基础群体,按照三重测交交配设计构建了三重测交群体,通过完备区间作图法对株高、穗位高杂种优势的主效QTL及互作位点进行了分析。在第9染色体上的2个紧密连锁的区段分别定位到了一个株高、穗位高杂种优势加性QTL位点,单个QTL的表型贡献率为14.3%和18.6%。该QTL可能同时对株高、穗位高杂种优势起作用。在第1、第3染色体上检测到2个株高杂种优势超显性QTL,可解释表型变异的9.0%~11.4%;在第1、第6、第8染色体上检测到5个穗位高杂种优势超显性QTL,可解释表型变异的6.6%~16.8%。进一步分析发现,2对加加上位性互作区段及2对显显上位性互作区段对穗位高杂种优势存在上位性贡献,加加互作效应及显显互作效应可共同解释表型变异的40.7%和26.8%。由此可知,加性、显性及两位点互作上位性共同对株高、穗位高杂种优势存在贡献。本研究检测到的主效QTL位点有助于株高、穗位高在杂种优势育种中的进一步应用。
- 张体付梁帅强吕远大蒋璐赵涵
- 关键词：株高穗位高杂种优势QTL
- 玉米籽粒蛋白含量Meta-QTL及候选基因分析被引量：6
- 2016年
- 玉米的蛋白含量与品质直接相关,可通过各种遗传群体对籽粒蛋白进行QTL分析。但是由于使用不同的遗传图谱和分子标记,结果之间无法直接比较分析,数据也无法整合和利用。为了综合、系统分析玉米籽粒蛋白的QTL位点,收集和整理了289个已报道的玉米籽粒蛋白含量QTL相关信息,采用Bio Mercator4.2软件整合不同遗传图谱,通过元分析发掘到44个meta-QTL(MQTL),研究确定了13个在不同遗传群体间具有一致性的QTL位点。利用生物信息学注释一致性QTL位点区段相关候选基因的功能,获得了847个候选基因,功能富集化分析发现13个候选基因显著富集在9个生物学过程中。这些meta-QTL位点及相关候选基因分析可以为玉米籽粒蛋白的分子标记辅助育种、精细定位和基因克隆提供有用的信息。
- 宝华宾梁帅强吕远大赵涵
- 关键词：玉米籽粒蛋白候选基因
- 一种小麦抗白粉病基因Stpk-V的标记引物及应用
- 本发明提供一种小麦抗白粉病基因<i>Stpk-V</i>的标记引物以及其在抗小麦白粉病<i>Stpk-V</i>基因检测中的应用，该标记引物InDel<Sub>w190</...
- 杨学明吕远大周淼平姚金保杨丹马鸿翔
- 文献传递
- 利用玉米高通量RNA-Seq数据预测长链非编码RNA(LncRNA)被引量：4
- 2013年
- 非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不具备编码蛋白质能力的RNA。其中,一类长度大于200 nt的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)因其在多层面对基因表达存在调控作用而逐渐成为研究热点。但是由于缺乏有效、准确的预测手段,植物中LncRNA研究相对滞后。本研究结合植物基因组特点以及高通量RNA测序数据,通过生物信息学手段发展、优化了一套基于RNA-Seq数据的植物LncRNA筛选及鉴定方法。随后,利用玉米B73顶端分生组织RNA-Seq数据,预测了6 122条玉米LncRNA,并对其进行了全基因组物理定位。该方法为LncRNA鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础。
- 吕远大李坦张晓林赵涵
- 关键词：长链非编码RNA生物信息学玉米
- 印度南瓜Na^+/H^+逆向转运蛋白基因CmaSOS1的克隆与表达分析被引量：6
- 2020年
- Na^+/H^+逆向转运蛋白(SOS1)是植物耐盐的关键因子之一,在植物响应非生物胁迫过程中发挥着重要作用。为解析印度南瓜SOS1基因的序列特征和功能,利用生物信息学和分子生物学方法对其进行研究。结果表明,克隆获得印度南瓜SOS1基因cDNA全长序列,命名为CmaSOS1,GenBank登录号:NW019272028。序列分析表明,CmaSOS1基因的cDNA全长3940 bp,包含一个3429 bp的开放阅读框架,编码1142个氨基酸。CmaSOS1基因含有23个外显子和22个内含子,全长46314 bp。CmaSOS1蛋白的分子量为126.7 kDa,理论等电点为5.92,包含12个跨膜结构区域,具有一个NaHExchanger superfamily结构域和一个CAPED superfamily结构域;CmaSOS1蛋白属于疏水性稳定蛋白,二级结构元件多为无规卷曲和α-螺旋。CmaSOS1蛋白与葫芦科的中国南瓜、西葫芦、甜瓜、黄瓜和苦瓜Na^+/H^+逆向转运蛋白的同源性较高,序列一致性分别为98%、98%、90%、89%和89%。实时荧光定量PCR分析表明,CmaSOS1基因在印度南瓜的根和叶中表达量较高,在茎、花、果实中的表达量较低;该基因受NaCl和聚乙二醇(PEG)诱导后均呈上调表达,推测CmaSOS1基因可能在印度南瓜抵御盐分胁迫和干旱胁迫过程中发挥重要作用。本研究为进一步揭示CmSOS1在非生物胁迫下的功能奠定了基础。
- 时丕彪洪立洲王军费月跃王伟义吕远大顾闽峰
- 关键词：印度南瓜基因克隆
- 一种便于早代选择软质弱筋小麦的育种方法
- 本发明提供一种便于早代籽粒硬度选择的软质弱筋小麦育种方法，该方法通过普通小麦‑簇毛麦5VS易位系与高产多抗弱筋小麦品种杂交(包括：单交、回交、复交等)，在F<Sub>2</Sub>代通过小麦第5同源群短臂InDel分子标...
- 杨学明周淼平吕远大姚金保郭江涛
- 文献传递
