孙效文
- 作品数：356 被引量：2,274H指数：33
- 供职机构：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划公益性行业(农业)科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 鲤CYR61基因的克隆、表达及系统进化树的构建被引量：1
- 2012年
- 通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT 4个模块。分子系统学分析表明鲤CYR61基因与其他物种CYR61基因具有高度同源性,且CYR61 C与其他高等物种的CYR61同源性更高,利用MEGA 5.0计算出CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C的分化时间早于鲤和斑马鱼的物种分化。CYR61 C在13个组织中均有表达,在卵巢中表达最高,肠、脑、鳃次之,在其他组织中表达较低且在心脏中表达最低。CYR61 A在精巢、肠、鳃中表达较高。CYR61 B在精巢和脑中表达最高,肠、肌肉、卵巢次之。实时荧光定量PCR分析CYR61 3个复制在鲤胚胎发育时期的表达,都是在0 h相对表达量最高,显著降低至18 h或24 h,随后逐渐升高并在6 d时下降。
- 孙婷刘伟徐鹏徐鹏
- 关键词：CYR61克隆半定量RT-PCR实时荧光定量PCR基因表达
- 鲤鱼(Cyprinus carpioL．)头长、眼径、眼间距QTL的定位被引量：20
- 2009年
- 用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼遗传连锁图谱。利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对头长、眼径、眼间距3个性状进行了QTL分析。结果显示,共检测到5个与头长性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG2(qHS-2-1)、LG3(qHS-3-1)、LG40(qHS-40-1)和LG4(qHS-4-2和qHS-4-3)上。其中qHS-40-1拥有最大的LOD值,为7.94,可解释的表型变异为34.29%。qHS-4-2的LOD值最小,为5.03,可解释的表型变异为11.52%。5个与头长性状相关的QTL加性效应值均为负值。检测到两个与眼径性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG39连锁群(qED-39-1)和LG40连锁群(qED-40-1)上,其中qED-40-1的LOD值比较大,为2.76,其加性效应值为负值,可以解释5.62%的表型变异;qED-39-1的LOD值为2.72,加性效应值为正值,可以解释9.77%的表型变异。检测到两个与眼间距性状相关的QTL,分别定位到鲤鱼连锁图谱的LG20连锁群(qEC-20-1)和LG28连锁群(qEC-28-1)上。其中qEC-20-1的LOD值比较大,为3.77,加性效应值为正值,可以解释8.29%的表型变异;qEC-28-1的LOD值为2.79,对应的加性效应值为负值,可以解释8.88%的表型变异。
- 刘继红张研常玉梅梁利群鲁翠云张晓峰徐美佳孙效文
- 关键词：鲤鱼QTL
- 从野生群体的基因型图案追踪银鲫雌核发育生殖特征被引量：1
- 2010年
- 银鲫(Carassius auratus gibelio)是行雌核发育的三倍体物种,但在自然水域与二倍体普通鲫(Carassius auratus L.)生活在一起,外形上无法区分,在群体遗传学的各种参数上两者也没有明显区别。本研究利用17个二碱基微卫星标记和51个三碱基微卫星标记对2次采样共6个样本组进行了基因型分析。通过对电泳图案及电泳结果的简单描述和比较来分析银鲫和普通鲫在群体遗传学上的差别。在2次采样所得群体的等位基因数和基因型数这2个参数上,普通鲫都明显高于银鲫(第1次所采样本普通鲫与银鲫的基因型数之比217∶175;等位基因数之比188∶163;第2次样本基因型数之比537∶349,等位基因数之比353∶282)。结果也表明在纯合子占优势的基因座,纯合子比例银鲫高于普通鲫,杂合子比例则是普通鲫远远高于银鲫;与此完全相反,在杂合子占优势的基因座,纯合子比例银鲫低于普通鲫,杂合子比例则是银鲫远远高于普通鲫。研究还通过比较普通鲫的基因座遗传平衡数据,讨论了银鲫群体基因座不平衡现象的特征和产生的原因。
- 孙效文郑先虎鲁翠云曹顶臣雷清泉
- 关键词：野生群体银鲫雌核发育
- 镜鲤碱性磷酸酶和酸性磷酸酶QTL定位分析被引量：5
- 2012年
- 磷酸酶普遍存在于动物的各组织中,对磷酸单酯键具有水解活性,是机体生长代谢、保持内环境稳定和维持机体健康所必需的酶。以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系190个个体为材料,用992对微卫星(SSR)标记进行基因组扫描,采用区间作图法,对肠组织的碱性磷酸酶和酸性磷酸酶进行了QTL定位分析。QTL检测显示:5个QTL区间与酸性磷酸酶活性相关,其中3个QTL为99%染色体水平显著性,分别位于LG2(CA2049-CA2371)、LG25(HLJ2941-HLJ3946)和LG28(CA2263-HLJ2873),另外两个QTL区间为95%染色体水平显著性,位于LG14(HLJ3275-CA174)和LG14(CA1276-CA2208),解释表形变异率范围为8.1%～38.9%;2个与碱性磷酸酶相关的QTL区间均为95%染色体水平显著性,分别位于LG8和LG13,可解释变异率分别为7.3%和7.0%。
- 尹森于倩郑先虎于彬彬张晓峰曹顶臣匡友谊鲁翠云李超孙效文
- 关键词：酸性磷酸酶碱性磷酸酶QTL镜鲤
- 红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析被引量：20
- 2006年
- 用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。
- 郝君孙效文孟雪松
- 关键词：红鳍东方鲀微卫星多态性DNA
- 线粒体序列分析黑龙江流域哲罗鲑的种群遗传结构被引量：6
- 2009年
- 哲罗鲑是我国土著的重要经济鱼类,近些年来,由于环境的恶化及人类活动的加剧,已对其资源量、栖息地、产卵场等造成了严重的破坏,种群处于濒危状态,被列入濒危物种红色名录中,因此研究哲罗鲑的群体遗传结构、演化历史、分布动态等对其进行有效保护具有重要意义。用线粒体Cox1和ND1基因序列对黑龙江流域内9个群体(n=30)进行了遗传结构、群体演化分析。在30个个体中,Cox1扩增出1550bp的片段,群体间序列分歧距离在0～0.0028之间,共发现10个单倍型;ND1基因扩增出1000bp的片段,群体间序列分歧距离在0～0.0013之间,共发现7个单倍型。单倍型网络(TCS)和AMOVA分析结果均表明黑龙江流域哲罗鲑存在显著的群体分化,Cox1基因、ND1基因及组合数据的群体间Fst分别为0.0704、0.0491、0.0792,均达到显著性水平(P<0.05),根据配对群体间Fst(Pairwised Fst)可以将黑龙江流域哲罗鲑群体分为黑龙江上游群体、呼玛河群体、乌苏里江群体、内蒙古伊敏河上游群体4个地理群。9个群体共享同一个单倍型(BH11),表明这些群体具有相同的演化历史,为同一个祖先群体(黑龙江上游群体)演化而来。
- 匡友谊佟广香尹家胜李池陶曹顶臣孙效文
- 关键词：哲罗鲑
- 微卫星标记对红鳍东方鲀繁殖的指导应用及遗传分析被引量：13
- 2010年
- 利用已有设计的20个具有多态性的微卫星标记对16尾红鳍东方鲀亲鱼(10尾♂,6尾♀)的有效等位基因数、观望杂合度、期望杂合度、多态信息含量、遗传相似性系数、遗传距离等进行了检测。据此设计了10对亲鱼配组,获得10个子代家系。其中母本中16和8号的平均有效等位基因数和平均期望杂合度较其他亲本高,将其分别与3个父本配组,其他则参照遗传距离进行配组。于次年,对F110个家系的体质量、体长均值进行了比对,发现16♀与11♂配组得到的子代体质量、体长均值为最大。8♀和10♂配组得到的子代体质量、体长均值最小。结果表明,红鳍东方鲀子代杂种优势与亲本个体差异有关。
- 谷晶晶朱迎军孟雪松孙效文
- 关键词：红鳍东方鲀微卫星
- 水产动物分子育种研究进展被引量：40
- 2009年
- 本文介绍了水产动物分子生物学尤其是分子标记的发展,比较了共显性标记和显性标记用于水产动物育种研究的优缺点。介绍了开展分子标记育种研究的基础研究——连锁图谱和经济性状QTL定位研究进展。同时还对国内外已开展的标记辅助的家系育种和QTL研究为基础的性状选择育种等研究进行了综述。最后,着重探讨了分子育种理论及作者建立的有关鲤的3种分子标记指导的育种技术。通过分子育种技术具有不同发展阶段的理论分析以及分子育种的实例介绍,旨在加快分子选择手段与常规表型选择的结合,从而推进分子育种技术在中国主要水产养殖动物育种研究中的应用。
- 孙效文鲁翠云贾智英梁利群曹顶臣
- 关键词：水产动物分子育种
- 8种鲤养殖品种线粒体Cyt b基因的遗传多样性和系统进化分析被引量：7
- 2013年
- 对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8%、29.0%、29.7%、14.5%,A+T含量(56.5%)高于G+C含量(43.5%),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析。140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5%的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap 1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种。AMOVA分析结果和利用Kimura 2-parameter模型分析的系统发育关系结果表明,德国镜鲤、散磷镜鲤和松浦红镜鲤亲缘关系较近,而蓝鳞鲤、荷包红鲤抗寒品系和高寒鲤亲缘关系较近。
- 肖同乾鲁翠云李超张明昭顾颖孙效文
- 关键词：细胞色素B
- 碳酸盐碱度胁迫下鲤鱼氨排泄相关基因的差异表达被引量：7
- 2013年
- 鲤鱼(Cyprinus carpio)是我国主要淡水养殖鱼类之一,且具有一定的盐碱耐受性,可以在偏碱水体中存活生长。为了了解其对不同碱度的耐受性,以及在碱胁迫环境下的基因表达变化,以鲤鱼为试验材料,使用一定pH值不同碳酸盐碱度水对其进行胁迫试验。选取鱼类氨排泄相关的候选基因,包括Rhesus血型相关糖蛋白基因(Rhesus blood group-associated glycoprotein,Rh),水通道蛋白基因(Aquaporin,AQP),催乳素基因(Prolactin,PRL),碳酸酐酶基因(Carbonic Anhydrase,CA),Na^+/K^+转运ATP酶基因(Na^+/K^+ transporting ATPase,NKA),钠氢交换体基因(sodium hydrogen exchanger,NHE)采用定量PCR方法检测其在不同碱度下的基因表达情况。结果表明上述基因随着碱度的升高在鳃、肠和肾3个组织中的总体表达水平较淡水对照显著升高,说明鲤鱼在碳酸盐碱胁迫条件下与氨排泄相关基因的表达上调。这些基因具有一定的空间表达差异性,具体结果为:胁迫过程中主要在鳃中表达的基因为AQP3A、PRLRA、NHE7,在肾中表达的基因为PRL,在肠中表达的基因是RHAG、RHBG2、RHCG1。这些基因在碱胁迫环境下的表达变化为解析鱼类体内渗透压调节调控机制具有重要意义。
- 赵兰徐鹏孙效文
- 关键词：基因表达碳酸盐碱度定量PCR
