张大为
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：南洋理工大学更多>>
- 发文基金：上海市浦江人才计划项目上海市青年科技启明星计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学更多>>
- 大分子体系的量子化学分块方法(英文)被引量：1
- 2012年
- 碎片化方法为量子化学方法的发展以及在大分子体系的应用开辟了新的道路。在过去的十年里,我们见证了该领域的诸多成果,并且我们相信该方法的发展仍将持续下去。这篇文章简单回顾了近期碎片化方法在大分子电子结构计算领域的进展,重点突出中国学者在该领域的贡献。
- 梅晔何晓季长鸽张大为张增辉
- 关键词：电子密度
- EK多肽折叠以及离子浓度和pH值依赖性的计算研究(英文)
- 2012年
- 我们分别运用了传统AMBER03力场以及极化力场研究了EK多肽在不同离子浓度和pH值条件下的折叠.其中极化力场源于我们近期发展的可调的氢键专一性电荷方案.这两种力场的差别仅仅在于原子电荷的不同.溶剂化效应用推广的波恩模型描述.结果表明,当使用AMBER03电荷时,尽管多肽倾向于形成螺旋结构,但是对离子浓度和pH值的依赖关系定性上是错误的.而当使用可调的氢键专一性电荷方案时,EK多肽在10ns内就达到了折叠态.在高离子浓度或者极端pH条件下,计算得到的螺旋结构的概率降低.对于原子电荷以及主链氢键相互作用的分析表明极化效应增加了螺旋结构的稳定性.该研究结果再一次证明了静电极化效应对提高传统力场的精度以及对蛋白质折叠的研究都是非常必要的.进一步的分析说明,间隔4个残基的盐桥作用虽然对稳定蛋白质结构起到了一定的效果,但并不是关键作用,这和实验是吻合的.
- 梅晔张大为段莉莉张庆刚张增辉
- 关键词：蛋白质折叠量子化学计算
