李向阳
- 作品数：16 被引量：29H指数：4
- 供职机构：复旦大学环境科学与工程系更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金国家自然科学基金贵州省科学技术基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学理学文化科学更多>>
- 基于大量质粒序列研究耐药基因与重金属抗性基因共分布
- 2020年
- 目的:抗生素或重金属通过共选择机制促进携带耐药基因(ARG)和重金属抗性基因(MRG)的质粒在细菌中传播与扩散是形成耐药的重要因素,本研究通过已测序的大量质粒基因组数据分析ARGs和MRGs的共分布规律。方法:对已测序的17 387个细菌质粒基因组序列中的ARGs和MRGs进行重注释,并采用物理距离深度评估ARGs和MRGs之间的共分布关系。结果:6.7%质粒(1178个)同时携带ARGs和MRGs,携带的抗性基因数分别占ARGs总数的47.2%(7026/14882)和MRGs总数的57.5%(9856/17144);主要的ARGs为氨基糖苷、β-内酰胺和磺胺,主要的MRGs为汞、银、铜和砷;不同种类的MRG最近的ARG谱具有偏好性;与植物宿主质粒比较,来源于人类、动物和污染的环境宿主的质粒具有更高的ARG和MRG共分布频率,并且ARG和MRG之间的物理距离更短。结论:本研究结果对进一步认识通过质粒介导的ARG和MRG共转移导致耐药性而引发的健康风险具有重要意义。
- 李向阳李向阳
- 关键词：耐药基因质粒
- 四氢嘧啶基因簇在假单胞菌基因组中的分布研究
- 2020年
- 四氢嘧啶(Ectoine)是由细菌产生的一种次级代谢产物,赋予细菌抵御高渗透压环境的一种相容性溶质。研究显示许多细菌具有四氢嘧啶基因簇(ect ABCD-ask),然而关于该基因簇在假单胞菌属(Pseudomonas)中的分布还没有系统报道。鉴于此,以公共数据库中已测序的9 548株假单胞菌属菌株全基因组序列为数据,采用深度生物信息学分析方法探究假单胞菌中的四氢嘧啶基因簇分布及其组成共线性特征。结果显示165株假单胞菌携带有四氢嘧啶基因簇,占假单胞菌株总数的1.78%,归属于32个不同的种,超过一半的菌株属于施氏假单胞菌(P.stutzeri);同一种内菌株间,ect ABCD-ask及其侧翼基因高度保守,共线性水平程度高。系统地揭示了假单胞菌基因组中四氢嘧啶基因簇分布规律,将为开展生物合成四氢嘧啶提供重要菌种资源信息。
- 李向阳李向阳
- 关键词：假单胞菌基因组四氢嘧啶
- 纳米与非晶材料的扩散研究
- 李向阳
- 上海部分社区慢性阻塞性肺疾病的流行病学调查及部分全科医生对COPD认知现状调查
- 慢性阻塞性肺疾病(Chronic obstructive pulmonary diseases，COPD)是呼吸系统疾病中最常见的疾病之一，由于患病人数多，死亡率高，COPD目前居全球死亡原因的第4位，在经济发展不平衡和...
- 李向阳
- 关键词：慢性阻塞性肺疾病流行病学全科医生
- 文献传递
- 重离子背散射——测量表面与近表面痕量元素的一种新方法
- 1991年
- 本文报道了用重离子背散射探测表面、近表面微量重元素的新方法。通过选择入射离子种类,使入射离子原子量M_1等于或略大于基体原子量M_2,利用弹性散射运动学实现自动排除探测系统的脉冲堆积现象。实验结果表明利用能量为3MeVSi离子背散射,测量基体Si中注As的灵敏度优于2×10^(12)原子/cm^2;对基体Si表面的杂质元素Au,探测灵敏度高达2.2×10~9原子/cm^2。
- 承焕生杨福家李向阳
- 关键词：背散射痕量元素
- 提高土壤学课程教学质量的方法探讨被引量：4
- 2013年
- 从讲好绪论课、结合学科历史和最新动态教学、重视联系生产生活实际开展教学、加强实验实习课的教学和建立和谐的师生关系等方面,探讨了如何提高土壤学课程教学质量。
- 汤宏王云生李向阳张杨珠孟波陈骏刘伦沛
- 关键词：土壤学教学质量
- 凯里市大气降尘中可培养微生物群落结构分析研究被引量：1
- 2020年
- 为了探究空气质量指数较好区域大气沉降中微生物组成及多样性,以凯里市为代表,通过采集凯里城区、炉山工业区、清水江畔3个典型区域大气降尘颗粒物,采用细菌可培养法、梯度稀释计数法及16S rRNA基因分子鉴定方法对凯里市大气降尘颗粒物中可培养细菌进行群落结构多样性与丰度分析.结果分离得到119株,经分类学鉴定为25属,优势类群为芽孢杆菌、节杆菌及考克氏菌属;城区样品中微生物浓度最高,但是清水江畔样品中微生物种类数量最多.研究结果对认识凯里市大气颗粒物中微生物组分及其多样性具有一定参考价值.
- 李向阳李向阳朱小章杨蒙
- 关键词：大气沉降可培养细菌
- 中国江苏太湖和阳澄湖细菌群落组成、多样性和时空动态比较研究被引量：2
- 2020年
- 为了调查与比较太湖和阳澄湖浮游细菌群落的分布、多样性及动态,采用密集时间(每周)采样法于2012年6月至10月采集了85个样品,并通过16S rRNA基因高通量测序分析了其菌群组成。原始读长序列经过滤后,共获得142354条高质量读长序列,归属于4589个运算分类单元(operational taxonomic units,OTUs),其中变形菌门(主要包括γ-变形菌门)和拟杆菌门是两个湖泊的主要类群。两个湖泊的菌群共同拥有19.55%的OTUs,这些OTUs占总读长序列条数的95.01%,表明它们之间存在高度重叠。阳澄湖的群落α-多样性高于太湖,这可能主要归因于两个湖泊的稀有菌群。有趣的是,我们观察到浮游细菌群落的组成随时间急剧波动,推测在极浅湖泊中菌群抵抗外来干扰的能力较低。综上所述,本研究结果对人们更好地理解湖泊菌群的组成差异及时空动态具有重要参考价值。
- 李向阳李向阳杨紫琳李丹李丹曾思育
- 关键词：细菌群落RRNA基因太湖
- 利用Batch-ANIm快速分析无色杆菌属菌株间的亲缘关系
- 2021年
- 基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义。本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-ANIm.html)。采用该工具对已测序的109株无色杆菌属(Achromobacter)菌株进行ANIm(基于MUMmer算法)计算,共获得5886个ANIm值。整体上,基于"100-ANIm"进化距离获得的聚类分析结果与核心基因组进化树比较一致,表明ANIm聚类分析可用于快速展示无色杆菌属菌株之间亲缘关系。很多无色杆菌属种内菌株之间的ANIm值小于95%,但种间ANIm值却大于95%,这表明从基因组水平上部分无色杆菌属菌株的分类学命名存在错误,特别是无色杆菌属的代表种A.xylosoxidans,命名为A.xylosoxidans的50个菌株,只有40个菌株真正属于A.xylosoxidans。同时,基于全基因组序列的ANI值比较可以将部分种名不确定的菌株分类学命名精确到种水平。
- 李向阳李向阳汤宏潘佳莉
- 关键词：无色杆菌属基因组细菌分类
- 西南少数民族地区地方院校微生物学实验教学的改革探讨
- 2015年
- 西南地区微生物资源丰富但教育落后,少数民族地区地方院校对微生物实验也不曾重视,没有意识到它与学生就业和民族特色等方面的重要关系。鉴于西南少数民族地区地方院校实验设备落后、投入经费不足和学生学习兴趣不高等因素,为提高西南地区的微生物实验教学水平,提升学生学习兴趣和加强民族特色资源的利用,该文就微生物学实验教学急需改革的几个方面进行探讨,期望在开发当地微生物资源的同时,也能提高当地微生物实验教学的教学效果。
- 张国辉张文华李向阳罗国涛袁玮王召
- 关键词：少数民族地方院校微生物实验教学
