汤丽华
- 作品数：17 被引量：54H指数：4
- 供职机构：南京邮电大学地理与生物信息学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省基础研究计划江苏省高校自然科学研究项目更多>>
- 相关领域：生物学文化科学自动化与计算机技术轻工技术与工程更多>>
- 利用深度迁移学习靶向GPCRs的配体活性预测
- 2023年
- G蛋白偶联受体(GPCRs)是最重要的药物靶标之一,约占市场上药物靶标的34%。药物发现过程中,配体生物活性的准确建模和解释对于筛选苗头化合物至关重要。研究表明,同源的G蛋白偶联受体能提升配体分子生物活性的预测性能和可解释性。提出了一种新的方法GLEM,用多任务下的深度迁移学习来预测配体的生物活性,并通过组稀疏来识别相关的关键子结构。GLEM方法在9组30个具有代表性的人类GPCR数据集上进行了实验,这些GPCRs涵盖了大部分人类GPCRs的子家族,每个GPCR数据集都包含60~3000个配体。实验结果表明,GLEM方法在绝大多数数据集中都获得了最好的性能。与单任务学习方法相比,GLEM方法在r2上平均提升了31.72%;与深度学习方法相比,GLEM方法在r2上平均提升了22.45%。此外,还评估了不同数量的训练样本对模型性能的影响,实验发现GLEM方法在小样本情况下表现最好。
- 汤丽华卢宁兰闯闯陈荣华吴建盛
- 关键词：多任务学习
- An Multi-instance Multi-label Learning Method for Predicting Protein Function in the Yeast Genome
- Background: Understanding biological functions of proteins is a key challenge in the post-genomic era.Due to i...
- 吴建盛汤丽华韩微晏善成
- 关键词：PROTEINYEASTGENOMEMACHINELEARNINGMULTI-LABELLEARNING
- 基于结构数据的转录因子结合位点分析
- 基因是遗传信息的物理和功能单位，基因功能的体现取决于其结构和表达调控状况。基因表达的调控就是把这些基因结构变换成多种多样基因功能的操作者。因此基因表达调控研究对揭示生命的奥秘具有重大意义。mRNA转录起始调控是调控的基本...
- 汤丽华
- 关键词：基因调控转录因子结合位点人工神经网络
- 文献传递
- 工科院校生物医学工程专业生物学实践教学改革与实践被引量：5
- 2016年
- 工科院校生物医学工程专业生物学实践教学存在的师资力量缺乏、实验平台和资源薄弱、课时有限等问题,针对这些问题,本文从师资建设、实验室建设以及教学内容和教学手段改革等方面入手,对生物学实验教学提出了一系列的改革措施,并在实践中有效地激发了学生的参与热情和学习兴趣,提高了学生的动手能力和操作能力,并培养了学生的团队精神,取得了良好的教学效果。
- 李小慧武灵芝吴建盛汤丽华
- 关键词：工科院校生物医学工程专业教学改革
- 蛋白质-核酸复合物中氢键和范德华力作用位点偏好性分析
- 2011年
- 对蛋白质-核酸复合物结构中氢键/范德华力作用位点氨基酸与核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析。发现:(1)在蛋白质-DNA复合物结构中,范德华力作用对与氢键数量相当;而在蛋白质-RNA复合物结构中,范德华力作用对数量要远多于氢键;(2)复合物结构中氢键和范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异显著;(3)氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与DNA/RNA分子形成氢键/范德华力相互作用时起到重要的作用。
- 吴建盛晏善成武灵芝汤丽华
- 关键词：氢键范德华力
- “现代生命科学导论”公选课的教学探索与实践被引量：3
- 2017年
- 为了顺应大学科发展需要,培养新世纪高、精、尖复合型人才,南京邮电大学面向全校非生物专业本科生开设了"现代生命科学导论"公共选修课。本文对该课程开设的必要性进行了阐述,并对教学内容、教学方法和考核方式进行了改革和初步探索。
- 汤丽华王俊
- 关键词：公共选修课教学改革
- 生物医学大数据背景下学习生物信息学的学科特点分析被引量：4
- 2016年
- 大数据时代,特别是几乎无穷无尽的生物医学大数据,给生物信息学及统计学带来了新的机遇和挑战,同时也形成对生物学、统计学和计算机信息科学交叉领域中富有经验的专业人才的高度需求。生物信息学在大数据时代的重要性不言而喻,因此其教学也显得尤为重要。文章通过分析生物统计学专业学生在学习生物信息学课程的优势和劣势,旨在结合生物统计学专业的特点,为生物信息学教学内容及教学方式的调整提供参考,从而激发学生的学习兴趣,提高教学效果。
- 郭丽胡栋王俊吴建盛汤丽华
- 关键词：生物信息学生物统计学大数据
- 生物医学工程专业实验室建设的探讨被引量：1
- 2017年
- 该文从加强实践教学,完善教学体系出发,阐述了生物医学工程实验室建设的重要性和主要建设内容。该文以南京邮电大学生物医学工程专业实验室的创建和平台建设为例,介绍了创新性实验室的建立过程和管理机制。实践结果表明,生物医学工程专业实验室的建立极大地推动了实验教学内容和教学方式的变革,为培养全面发展的创新性人才奠定了基础,使专业建设进入一个新的高度。
- 杜若瑜汤丽华安荣荣武灵芝王俊
- 关键词：生物医学工程创新性人才课程体系
- miR-430基因簇的生物信息学分析
- 2014年
- 很多microRNA(miRNA)基因在基因组上紧密排列形成miRNA基因簇,mir-430是目前已发现的最大miRNA基因簇,但其起源和进化方面却是未知的。为了揭示mir-430基因簇的起源及其在相关物种的进化关系,文中基于miRNA序列同源保守的特点,采用BLAST程序在NCBI基因数据库中搜索mir-430序列,在14个物种中共搜索到35个mir-430基因序列,这14个物种都为硬骨鱼类。多序列对比发现mir-430基因簇成熟序列的第2到第8位碱基以及第16到第22位碱基为保守序列。进化分析表明七鳃鳗的pma-mir-430基因可能是此基因家族最早出现的基因形式,并且pma-mir-430e可能是其他物种mir-430基因的祖先基因。祖先基因经过个别碱基的缺失及突变、串联重复和大片段重复等方式形成了mir-430基因簇。该研究通过分析不同物种中mir-430基因簇的特征,揭示mir-430基因簇的分子进化规律,为其调控网络和功能研究提供理论基础。
- 李小慧王凯吴建盛汤丽华
- 关键词：基因簇生物信息学预测分子进化
- 生物医学综合性实验室建设的研究被引量：3
- 2017年
- 生物医学综合实验室为本专业的教学和科研工作提供了创新性综合实践基地。该文着眼于培养综合型专业人才的实验教学改革,探讨创建多学科共享的综合性的基础实验中心的必要性,为进一步促进优质资源整合和共享,加强专业实验教学队伍的建设,提出新的发展规划,把实验室建设同理论教学、学科建设和专业建设紧密地结合起来,以适应教育改革的逐步深化。
- 武灵芝汤丽华王俊谢劲草陈劲松乙万义
- 关键词：生物医学工程创新性人才跨学科
