洪贵妮
- 作品数：4 被引量：5H指数：2
- 供职机构：电子科技大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 外周全血中与老化相关的DNA甲基化标记的来源被引量：2
- 2015年
- 机体老化与癌症、神经退行性疾病等许多复杂疾病相关。目前,研究者已在外周全血中识别了大量的与老化相关的DNA甲基化标记,这些标记可能反映外周血白细胞在机体老化过程中发生的变化,也可能反映外周血中与年龄相关的细胞构成比例的变化。文章利用3组正常个体外周全血DNA甲基化谱,采用Spearman秩相关分析识别了与老化相关的Cp G甲基化位点(age-related DNA methylation Cp G sites,ar Cp Gs)并评价了其可重复性;利用去卷积算法估计了各外周血样本中髓性和淋巴性细胞的比例并分析了其与年龄的相关性;比较了在外周全血、CD4+T细胞和CD14+单核细胞中识别的ar Cp Gs的一致性。结果显示,在独立外周全血数据中识别的ar Cp Gs具有显著的可重复性(超几何检验,P=1.65×10-11)。外周血髓性和淋巴性细胞的比例分别与年龄显著正、负相关(Spearman秩相关检验,P<0.05,r≤0.22),它们间DNA甲基化水平差异较大的Cp G位点倾向于在外周全血中被识别为ar Cp Gs。在CD4+T细胞中识别的ar Cp Gs与在外周全血中识别的ar Cp Gs显著交叠(超几何检验,P=6.14×10-12),且99.1%的交叠位点在CD4+T细胞及外周全血中的DNA甲基化水平与年龄的正、负相关性一致。尽管在CD14+单核细胞中识别的ar Cp Gs与在外周全血中识别的ar Cp Gs并不显著交叠,但是在交叠的51个ar Cp Gs中,有90.1%的位点在CD14+单核细胞、外周全血以及CD4+T细胞中的DNA甲基化水平与年龄的正、负相关性一致,提示它们可能主要反映细胞间共同的改变。在外周全血中识别的ar Cp Gs主要反映某些白细胞共同或特异的DNA甲基化改变,但是也有一部分反映外周血细胞比例构成的变化。
- 李红东洪贵妮郭政
- 关键词：DNA甲基化CD4+T细胞
- 基于蛋白质互作评价差异表达基因的重复性被引量：2
- 2011年
- 利用高通量基因表达谱数据可以识别在肿瘤与正常组织中差异表达的基因,为研究癌机理提供重要的线索。目前,在研究同种癌型的不同实验中发现的差异表达基因的交叠比例很低。这种高通量基因表达谱数据低重复性的现象严重制约了基因芯片在癌症研究中的应用。然而,已有研究表明从研究同种癌型的不同实验数据中得到的不交叠的差异表达基因倾向于扰动相同的功能。因此,在评价差异表达基因重复性时,应考虑其在生物学功能上的一致性。本文结合基因共表达和蛋白质互作关系,设计了功能重复性指标来评价差异表达基因列表的可重复性。通过分析两套卵巢癌数据,发现对同种癌型得到的差异表达基因具有很高的功能一致性(p<0.0001)。结果表明,在功能水平上评估差异表达基因的一致性具有合理性。
- 任丽萍章琳洪贵妮郭政
- 关键词：差异表达基因共表达
- 乳腺癌转移相关基因与功能识别的可重复性被引量：1
- 2012年
- 基于基因表达谱识别乳腺癌转移相关差异表达基因及其功能时,由于基因表达在个体间的变异相对较高而样本量相对较少,由不同研究识别的差异表达基因的可重复性较低。本文基于两套乳腺癌转移基因表达谱,评价两组差异表达基因及其所富集的功能的可重复性。结果显示:在两套表达谱中识别的差异表达基因的表达改变方向高度一致并具有显著的表达相关性;基于两组差异表达基因识别的转移相关功能在两套表达谱中高度可重复,主要涉及细胞分裂、细胞周期、DNA复制、染色体分离、磷酸肌醇介导信号转导和DNA损伤刺激应答等。
- 邹金凤郝春香洪贵妮郭政
- 关键词：乳腺癌差异表达基因一致性
- 癌症外周全血mRNA差异信号的可重复性、来源及功能研究
- 许多研究者试图通过比较癌症患者外周全血与正常对照组的mRNA表达谱，寻找可以作为癌症预防、早期诊断或治疗的标记物。然而，鲜有工作评价在癌症患者外周全血和正常对照组之间发现的差异mRNA信号是否可在不同的研究中重复。同时，...
- 洪贵妮
- 关键词：基因芯片技术差异表达基因癌症
