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基于MPI-TBB的LAMMPS并行算法研究: 分子动力学模拟是指对由原子所构成的系统，用计算机模拟原子的运动过程，从而计算出系统的结构和性质，是在物质微观领域评估和预测材料结构和性质的一种重要模拟方法。在实际的模拟计算过程中为了取得更理想的实验数据，往往会扩大模拟计...; 温迪; 关键词：分子动力学模拟并行计算 SMP集群计算机模拟; 文献传递

MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用被引量：2: 2012年; 为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行。在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45%。结果表明,MPI+TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升。; 白明泽赵文辉豆育升孙世新温迪; 关键词：分子动力学 SMP集群 MPI

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温迪