石嵘
- 作品数：84 被引量：258H指数：9
- 供职机构：南方医科大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广州市重大科技攻关项目广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 浸润性膀胱癌差异基因的互作网络分析及验证研究被引量：3
- 2010年
- 目的采用蛋白互作网络分析研究表达谱基因芯片数据,构建浸润性膀胱癌基因互作网络图并对筛选出的网络中心节点进行实验验证。方法将表达谱芯片筛选到的浸润性膀胱癌152个共同差异表达基因,导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导出到Cytoscape2.6.2软件中,筛选出网络中心节点。采用KEGG数据库等进行信号通路分类及基因功能研究,进而采用实时定量RT-PCR对其基因表达进行验证,筛选出基因表达在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组差异最大的基因,并对浸润性膀胱癌发生的分子机制进行初步探讨。结果共有103个膀胱癌共同差异表达基因编码的蛋白经STRING筛选存在相互作用,并构成一个复杂的互作网络图;Cytoscape共筛选出26个网络中心节点,广泛参与肿瘤发生的多条信号通路;实时定量RT-PCR结果表明UBE2C、VEGF、TGFBR2、CAV1四个基因表达量在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组的差异最大,分别为9.45、4.17、0.13、0.18倍(以GAPHD作为内参,计算2-△△Ct),与芯片检测结果的趋势一致。结论本研究构建出的浸润性膀胱癌差异基因互作网络图,尤其是其中的网络中心节点基因,对于浸润性膀胱癌发生分子机制的研究、早期诊断及分子靶向治疗研究具有较好的提示作用。
- 石嵘赵镇高洋吴清华宋艳斌姜立郑文岭马文丽
- 关键词：膀胱癌中心节点
- B型链球菌数量感应通路测定及LuxS缺失突变株的构建被引量：1
- 2005年
- 目的对GBS中可能存在的AI-2数量感应通路进行测定,构建数量感应相关分子LuxS缺失突变株并对其基因型进行确认。方法培养GBS至不同D(λ)值,利用V.harveyiBB170作为报告菌株,对GBS诱导生物发光的能力进行测定,然后寻找GBS中LuxS同源基因,通过同源重组法在GBS中构建LuxS缺失突变株,Southern杂交分析确证。结果GBS中的某种分泌成份可在报告菌株中诱导生物发光活性,提示GBS中存在AI-2数量感应通路,在GBS中发现了LuxS同源基因并成功地构建了LuxS缺失突变株。结论本研究为探索LuxS在GBS中AI-2数量感应通路中的重要性及GBS毒力研究建立了细菌模型。
- 欧阳谦马文丽刘翠华石嵘郑文岭
- K562细胞消减cDNA文库的构建及初步鉴定
- 2005年
- 背景与目的:消减杂交技术是一种寻找和克隆差异基因的方法。本研究目的是通过快速、高质量构建消减cDNA文库,筛选K562细胞中差异表达基因。方法:以用限制性显示(restriction display,RD)技术制备的K562细胞cDNA片段作为消减对象,以正常人淋巴细胞的Sau3AⅠ酶解cDNA片段对其进行消减。经过消减后的RD片段被分组扩增出来,并克隆于T载体中,挑选阳性克隆进行测序并进行初步分析。结果:构建的K562细胞消减cDNA文库,包含360个阳性克隆,插入片断大小范围在200～800bp之间,选取50个克隆进行测序分析,结果为来源于42个已知基因。结论:利用自行建立的消减杂交法,成功构建了特异性K562细胞消减cDNA文库,文库质量可靠,可用于进一步筛选及克隆K562细胞中差异表达基因。
- 宋艳斌马文丽冯春琼石嵘毛向明张宝郑文岭
- 关键词：K562细胞消减杂交CDNA文库
- CML患者骨髓单个核细胞基因表达谱分析被引量：5
- 2005年
- 目的探讨慢性髓细胞性白血病(CML)的基因表达变化。方法分别从正常人和CML患者骨髓样品中抽取骨髓单个核细胞,分离出cDNA片段,然后再逆转录成cRNA并标记后,与人的全基因组表达谱芯片杂交,ABI1700芯片分析系统进行分析基因表达谱的差异。结果总共发现差异表达的基因有6706个,其中与CML相关的差异基因有75个(上调19个,下调56个)。结论全基因组寡核苷酸基因芯片在分析基因表达谱差异研究中具有广泛的应用价值。
- 王蜀燕郑文岭丁大鹏周珏宇徐秋林石嵘马文丽
- 关键词：慢性髓细胞性白血病寡核苷酸基因芯片骨髓单个核细胞CDNA片段表达谱芯片
- 乙型肝炎、丁型肝炎病毒联合诊断芯片制备的初步研究被引量：3
- 2004年
- 目的 制备联合检测乙型肝炎病毒 (HBV)、丁型肝炎病毒 (HDV)基因芯片并进行杂交验证。方法 利用PrimerPremier5 0分别针对HBV、HDV基因保守区域设计多对PCR引物 ,扩增后的产物克隆至pMD18 T载体 ,提取阳性克隆质粒进行测序分析鉴定。用PixSys 5 5 0 0芯片打印仪将PCR产物打印在氨基修饰的玻片上制备成检测芯片。样品荧光标记采用限制性显示 (RD)技术 ,标记后进行杂交验证分析。结果 序列分析表明 ,运用PCR技术得到的多个基因片段均属于HBV、HDV特异基因。杂交结果显示 ,敏感性、特异性、重复性等指标均佳。结论 利用PCR扩增产物作为探针制备HBV、HDV联合诊断芯片是一种快速、简便的实用方法 ,有着广阔的应用前景 ;利用RD技术标记样品可提高多种肝炎病毒混合检测的敏感性。
- 孙朝晖郑文岭张宝石嵘马文丽
- 关键词：肝炎病毒乙型聚合酶链反应基因芯片
- RNAi技术沉默K562细胞中c-myc基因的初步研究被引量：9
- 2005年
- 目的运用RNAi技术,设计针对c-myc的小干扰RNA(siRNA),研究其干扰效果。方法针对c-mycmRNA的第1357靶位点设计siRNAs,经LipofectamineTM2000脂质体法转染K562细胞,进行RT-PCR、细胞计数和MTT法及流式细胞仪检测,观察其干扰效果。结果转染组与阴性对照组和空白对照组相比,c-mycmRNA表达明显减弱,细胞计数和MTTD(λ)值均有显著降低,并有明显的凋亡率。结论运用RNAi技术,可以有效地干扰c-myc的表达,并进一步诱导细胞凋亡。
- 岳枫马文丽宋艳斌石嵘张宝郑文岭
- 关键词：RNAI逆转录聚合酶链反应K562细胞
- 颞叶癫痫相关基因的生物信息学分析被引量：4
- 2011年
- 目的从分子水平揭示癫痫的发病机制,为癫痫的基础研究和临床治疗提供新思路。方法从基因芯片公共数据库GEO中下载癫痫相关基因芯片数据,利用String、KEGG、Panther等在线分析软件对差异表达基因进行生物信息学分析。结果在71个差异表达基因所编码的蛋白中,有51个存在蛋白与蛋白的相互作用关系;其涉及的主要生物学通路包括刺激神经的配体-受体相互作用通路、促分裂原活化蛋白激酶信号通路、钙信号通路等。结论通过生物信息学分析癫痫相关基因芯片数据,提示癫痫发病是多种基因作用的结果,对相关基因的进一步分析有利于揭示癫痫的发病机制。
- 周烨石嵘鲍勇李长征谢炜郑文岭马文丽
- 关键词：颞叶癫痫基因芯片生物信息学
- Myosin1b基因或蛋白的应用
- 本发明公开了Myosin1b基因或蛋白的应用，属于基因检测领域。本发明首次发现了Myosin1b基因表达与宫颈癌相关，通过检测受试者宫颈黏膜中Myosin1b的表达情况，可以判断受试者是否患有宫颈癌、或者判断受试者是否存...
- 周珏宇黄丽君张汉荣刘洁石嵘
- 文献传递
- 前列腺癌转移相关基因的生物信息学分析被引量：1
- 2013年
- 目的:从分子水平揭示前列腺癌转移的发病机制,为临床诊疗提供新思路。方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌转移的相关基因芯片数据,其中原发性局限性前列腺癌样本61例,前列腺转移癌样本25例,利用BRB-ArrayTools软件、STRING、ToppGene、GOEAST、DAVID等工具对前列腺癌差异基因进行生物信息学分析。结果:BRB分析筛选出210个前列腺癌转移差异基因,其中上调84个,下调126个。对其进行生物信息学分析发现AR、FOS、JUN、ACTB、FN1、MYL9、MYH11、MYLK、SPP1等基因以及Rho GTPase调节细胞骨架通路、整合素信号通路、钙粘蛋白信号通路、Wnt信号通路等在前列腺癌转移的发生发展中可能起着重要作用。结论:利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,为下一步实验提供些有价值的线索。
- 李铁求杨宇李琦邹亚光石嵘毛向明
- 关键词：前列腺肿瘤生物信息学前列腺癌转移基因芯片差异表达基因
- HIV-1G亚型基因芯片的制备与杂交分析被引量：1
- 2003年
- 基因芯片技术是一种高效、敏感、平行化的基因检测分析新技术[1],对临床疾病的诊断技术将产生革命性的影响,目前主要集中在感染性病原基因的检测方面.我们尝试将该技术应用于人免疫缺陷病毒(HIV)基因的检测与分型.首先制备HIV基因组探针并分别进行分析,实验中我们采用一种基因显示新技术:限制性显示(restriction display,RD-PCR)[2,3],制备HIV-1G亚型基因探针,并用基因芯片荧光标记杂交的方法对这些探针进行了杂交分析,为基因芯片技术在HIV感染检测的应用中奠定了基础.
- 李凌马文丽石嵘郭秋野郑文岭
- 关键词：人免疫缺陷病毒HIV基因芯片基因组
