郭睿
- 作品数：57 被引量：64H指数：4
- 供职机构：福建农林大学更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目国家自然科学基金福建省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学轻工技术与工程生物学更多>>
- 高品质鲍鱼罐头加工关键技术的研究与开发
- 曾绍校林晓岚张宁宁张怡刘斌郭泽镔庄玮婧伍鸿强陈秉彦郭睿
- 该项目属于食品科学与工程领域。鲍鱼作为一种名贵海产贝类，位列“海产八珍”之首。福建鲍鱼在养量达30亿粒/年以上，占世界总产量的60%，依托于资源优势和海外市场的需求，罐藏鲍鱼已成为鲍鱼的主要加工形式。但在罐头生产过程中，...
- 关键词：
- 关键词：海产贝类
- 中华蜜蜂工蜂幼虫肠道全长转录组构建与注释被引量：2
- 2024年
- 【目的】通过纳米孔(nanopore)测序技术组装和注释中华蜜蜂Apis cerana cerana工蜂幼虫肠道高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis接种的中华蜜蜂工蜂3日龄幼虫后的4, 5和6日龄幼虫肠道(分别为AcT4, AcT5和AcT6)进行转录组测序,鉴定全长转录本序列;将前期未接种蜜蜂球囊菌中华蜜蜂工蜂4, 5和6日龄幼虫肠道转录组纳米孔测序数据中鉴定到的全长转录本与上述鉴定到的全长转录本混合后滤除冗余全长转录本;将鉴定到的非冗余全长转录本比对Nr, KOG, eggNOG和GO数据库进行注释。采用CPC, CNCI, CPAT和Pfam 4种方法预测长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)。【结果】AcT4, AcT5和AcT6分别测得14 474 634, 10 461 827和11 890 978条原始读段(raw reads),分别包含11 898 582, 8 630 186和9 091 035条全长转录本,去冗余后分别鉴定到27 815, 21 781和20 004条非冗余全长转录本,N50长度分别为1 900, 1 961和2 294 bp,平均长度分别为1 534, 1 584和1 792 bp,最长读段长度分别为10 855, 10 837和10 887 bp。鉴定到40 562条去非冗余全长转录本,分别有35 415, 24 646, 34 054和23 053条转录本可分别注释到Nr, KOG, eggNOG和GO数据库。在Nr数据库中注释全长转录本数目和占比最高的物种是东方蜜蜂A.cerana(20 310条,57.35%),其次为西方蜜蜂A.mellifera(4 686条转录本,占13.23%)、大蜜蜂A.dorsata(2 536条转录本,占7.16%)和小蜜蜂A.florea(2 079条转录本,占5.87%)。非冗余全长转录本可注释到eggNOG数据库中的未知功能及翻译后修饰、蛋白质更新和分子伴侣等25个功能分类、KOG数据库中的仅一般功能预测和信号转导机制等25个功能分类、GO数据库中生物学进程、细胞组分和分子功能三大类中的50个功能条目以及KEGG数据库中核糖体和RNA转运等196条通路。共鉴定到2 301条高可信度lncRNA,涉及正义链lncRNA、反义链lncRNA、内含子lncRNA和基
- 宋宇轩李坤泽臧贺荆欣范小雪邹培缘陈大福付中民付中民
- 关键词：中华蜜蜂蜜蜂球囊菌肠道
- 西方蜜蜂AKHR基因的生物信息学及表达模式分析
- 2024年
- 本研究对西方蜜蜂Apis mellifera脂动激素受体(Adipokinetic hormone receptor,AKHR)基因AmAKHR CDS区进行RT-PCR扩增和生物信息学分析,并测定了AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的表达模式,旨在为进一步的功能研究提供参考和基础。通过PCR扩增AmAKHR的CDS,使用相关软件预测AmAKHR蛋白的理化性质、分子特征及蛋白互作网络。采用RT-qPCR技术检测AmAKHR在工蜂不同组织和不同发育阶段的相对表达量。结果表明,AmAKHR基因CDS长度为1050 bp,编码349个氨基酸;AmAKHR的相对分子量约为40.63 kDa,分子式为C1873H2939N471O484S26,含39个磷酸化位点,7个α-跨膜螺旋结构及8个保守基序,不含信号肽,主要分布于质膜;AmAKHR与小蜜蜂Apis florea的AKHR在进化树上聚为一支;AmAKHR的二级结构包含127个无规则卷曲,124个α-螺旋,87条延伸链和11个β-转角;AmAKHR与卵黄原蛋白和神经肽Corazonin等10个蛋白构成1个互作网络;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂的毒腺、中肠、咽下腺、脂肪体、脑和触角等6个组织中差异表达,在脂肪体中的表达量最高,而在中肠中的表达量最低;AmAKHR在西方蜜蜂工蜂1日龄幼虫、3日龄幼虫、5日龄幼虫、2日龄预蛹、1日龄蛹中均有表达,且表达量随着日龄的增长而持续上调。研究结果揭示AmAKHR为疏水性蛋白和膜蛋白,并与卵黄原蛋白和神经肽等10个蛋白潜在互作,AmAKHR可能在西方蜜蜂工蜂的能量代谢、脂类分解和变态发育中发挥作用。
- 刘彩珍范小雪吴伯文吴杨付志英陈大福郭睿
- 关键词：西方蜜蜂分子特性系统进化
- 可溯源弦式摇蜜机及其使用方法
- 本发明专利提供一种可溯源弦式摇蜜机使用方法，包括摇蜜机底座、支架及设置于支架中部由驱动装置驱动的转轴，所述转轴上下两端沿径向设有两对或两对以上的蜜脾盒承架，相邻蜜脾承架外侧端之间固定有用于放置蜜脾的蜜脾盒，所述蜜脾盒底部...
- 陈大福付中民郑燕珍郭睿林跃文
- 意大利蜜蜂piR-ame-1186994的靶基因与功能分析
- 2025年
- 【目的】本研究旨在明确意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica piR-ame-1186994的调控功能,为进一步探究piR-ame-1186994的调控作用机制提供科学依据。【方法】通过Stem-loop RT-PCR和Sanger测序分别验证piR-ame-1186994在意大利蜜蜂6日龄工蜂成虫中肠、12日龄雄蜂成虫精巢和7日龄蜂王成虫卵巢中的表达和序列真实性。使用相关软件预测piR-ame-1186994的靶mRNA并进行GO和KEGG数据库注释,进而构建发育信号通路、能量代谢通路及细胞和体液免疫通路相关调控网络。饲喂刚出房工蜂成虫piR-ame-1186994的模拟物(mimic)和mimic-NC(阴性对照组),利用RT-qPCR检测工蜂成虫中肠中的piR-ame-1186994及其关键2个关键靶基因(YAP 1和PLD 2)的相对表达量。【结果】在意大利蜜蜂6日龄工蜂成虫中肠、12日龄雄蜂成虫精巢和7日龄蜂王成虫卵巢中均扩增出piR-ame-1186994的特异性片段。piR-ame-1186994共靶向1097条mRNA,可注释到新陈代谢过程、结合和细胞等30条GO条目以及Wnt信号通路、内吞作用和催产素信号通路等182条KEGG通路。其中,分别有36和16条靶mRNA涉及5条发育相关信号通路(mTOR,Wnt,Hippo,AMPK和Notch信号通路)和4条能量代谢相关通路(氨基糖和核苷酸糖代谢、果糖和甘露糖代谢、糖酵解/糖异生及磷酸戊糖通路)。此外,分别有29和8条靶mRNA涉及4条细胞免疫通路(溶酶体、内吞作用、吞噬体和泛素介导的蛋白水解)和3条体液免疫通路(PI3K-Akt,MAPK和FoxO信号通路)。相较于阴性对照组mimic-NC,mimic-piR组中piR-ame-1186994的表达量在1,3和5日龄工蜂中肠中显著上调,在2和4日龄工蜂中肠中极显著上调;靶基因YAP 1的表达量在1,3,4和5日龄工蜂中肠中极显著下调,在2日龄工蜂中肠中显著下调;靶基因PLD 2的表达量在2,3和5日龄工蜂中肠中显著下调,在4日龄的工蜂中肠中极显著下调。【结论】piR-ame-1186994在意大利蜜蜂工蜂中肠、雄蜂精巢和蜂王卵巢�
- 张艺琼那志豪李琪明王梦怡李婧娴代梦远邱剑丰张荣华卢兆辉陈大福严提珍郭睿
- 关键词：意大利蜜蜂中肠卵巢PIRNA
- 中华蜜蜂幼虫肠道体液免疫通路相关基因及其剪接异构体鉴定
- 2025年
- 【目的】本研究旨在鉴定中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫肠道中体液免疫通路相关基因及其剪接异构体,为持续开展中华蜜蜂体液免疫通路相关基因和剪接异构体的分子克隆与功能研究提供资源和基础。【方法】通过Blast将前期基于中华蜜蜂工蜂幼虫肠道转录组的纳米孔(nanopore)测序数据鉴定到的所有全长转录本分别比对到KEGG和Nr数据库,筛选出体液免疫信号通路相关基因及其剪接异构体。利用GffCompare软件将鉴定到的体液免疫信号通路相关基因比对到东方蜜峰A.cerana参考基因组(版本号:ACSNU-2.0),以优化已注释基因的结构。使用Astalavista软件鉴定体液免疫信号通路相关基因的可变剪接(alternative splicing,AS)事件类型,再统计不同类型的AS事件数目;采用RT-PCR验证AS事件的真实性。利用TAPIS pipeline软件预测体液免疫信号通路相关基因所含可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)位点,并通过MEME软件鉴定APA位点上游50 bp的基序(motif);通过3′RACE验证APA位点的真实性。【结果】共鉴定到JNK-p38-MAPK信号通路相关的23个基因及135条剪接异构体,Toll信号通路相关的21个基因和130条剪接异构体,JAK/STAT信号通路相关12个基因和53条剪接异构体,IMD信号通路相关10个基因和46条剪接异构体。注释到东方蜜蜂参考基因组上体液免疫通路相关的18个基因的5′UTR被延长,19个基因的3′UTR被延长,8个基因的5′UTR和3′UTR同时被延长。共鉴定到体液免疫信号通路相关的16个基因的60次AS事件,其中最丰富的类型是可变5′端剪接(alternative 5′splice site,A5SS)(26次)。通过RT-PCR证实了随机选择的3个基因的AS事件的真实性。共鉴定到体液免疫信号通路相关的47个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有1个APA位点的基因最多。在APA位点上游鉴定到3条一致性序列:ATATAWAWWTATATRWATNYD,HVVN VNNDBDNBHNDDDNWNNNNNWNNH和BSHDVWDRD
- 李坤泽杜丽婷王梦怡胡艳雯吴函雨邱剑丰严提珍卢兆辉陈大福骆庆明郭睿
- 关键词：中华蜜蜂可变剪接
- 东方蜜蜂基质金属蛋白酶14基因AcMMP 14的分子特征与表达模式
- 2025年
- 【目的】本研究旨在克隆东方蜜蜂Apis cerana基质金属蛋白酶14(matrix metalloproteinase-14,MMP14)基因AcMMP 14,分析其分子特征和表达模式,为持续深入开展AcMMP 14的功能研究提供参考和依据。【方法】提取东方蜜蜂6日龄工蜂幼虫肠道总RNA,PCR扩增AcMMP 14的编码序列(coding sequence,CDS)。使用相关生物信息学软件预测AcMMP14的理化性质和分子特征,鉴定东方蜜蜂和其他蜂种MMP14的结构域和保守基序,并进行系统进化分析。采用RT-qPCR检测AcMMP 14在工蜂卵、幼虫、预蛹、蛹和不同日龄成虫,工蜂成虫触角、脑、表皮、脂肪体、毒腺、中肠和咽下腺及东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae接种刚出房的1日龄工蜂后1-4 d时中肠中的相对表达量。【结果】AcMMP14的分子式为C 3068 H 4581 N 803 O 915 S 20,分子量约为68.00 kD,脂溶系数为64.12,等电点为5.85,平均亲水系数为-0.47,含1个信号肽和36个磷酸化位点,可同时定位于线粒体、细胞核和细胞质。东方蜜蜂与其他10种蜂的MMP14中均含有3个相同的结构域和5个相同的保守基序。东方蜜蜂与大蜜蜂A.dorsata的MMP14的氨基酸序列一致性达94.23%,且在进化树上聚为一支。AcMMP 14在东方蜜蜂工蜂卵、3日龄幼虫、1和2日龄预蛹及4日龄蛹中差异表达,在4日龄蛹中的表达量最高且显著高于3日龄幼虫和2日龄预蛹中的表达量。AcMMP 14在不同日龄工蜂成虫体内差异表达,在15日龄成虫体内的表达量最高且显著高于1,2,6,12和17日龄成虫体内的表达量。AcMMP 14在东方蜜蜂工蜂成虫的7种不同组织中差异表达,在触角中的表达量最高且显著高于脑、表皮、脂肪体、毒腺、中肠和咽下腺中的表达量。与未接种的对照组相比,东方蜜蜂微孢子虫接种后1和2 d时工蜂成虫中肠中AcMMP14的表达量显著下调,3和4 d时工蜂成虫中肠中AcMMP14的表达量下调但差异不显著。【结论】AcMMP14为潜在的亲水性蛋白和
- 刘治滩叶道有宓诗雨王宁郑一荻蒋海宾吴鹰徐细建陈大福邱剑丰郭睿
- 关键词：东方蜜蜂基质金属蛋白酶分子特征
- 一种超声波辅助海产品泡发设备及其应用
- 本发明涉及一种超声波辅助海产品泡发设备及其应用，该泡发设备由产品处理系统和设备输出控制系统组成，所述产品处理系统包括用于浸泡海产品的处理槽体和用于控制水温的控温装置，所述处理槽体内设有控温装置的温度传感器、用于感应水位的...
- 郑宝东张龙涛黄旭辉曾绍校张怡郭娟娟郭睿
- 一种纤维强化巢础及其制造方法
- 本发明提供纤维增强巢础及其制造方法，包括巢础芯板及均布在芯板两侧由菱形凸起片构成的六角形蜜蜂巢房房基，所述巢础芯板及菱形突起片内均布增强纤维，本发明结构简单，利用了增强纤维的巢础克服了现有巢础强度不足的缺陷，便于实现巢础...
- 郭睿周冰峰朱翔杰刘彩珍徐新建陈大福张富敏初海瑞付中民
- 西方蜜蜂肽聚糖识别蛋白相关基因的剪接异构体鉴定及分析
- 2025年
- 【目的】本研究旨在系统鉴定和分析西方蜜蜂Apis mellifera肽聚糖识别蛋白(peptidoglycan recognition protein,PGRP)相关基因及其剪接异构体,探析PGRP基因剪接异构体编码蛋白的理化性质和分子特征,并测定PGRP基因剪接异构体在西方蜜蜂工蜂成虫应答东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae侵染中的表达模式,以期为西方蜜蜂PGRP基因剪接异构体的功能研究提供参考和依据。【方法】基于已获得的西方蜜蜂8和11日龄工蜂成虫中肠纳米孔测序数据,利用Blast工具将前期鉴定到的所有全长转录本分别比对到Nr和KEGG数据库,筛选出西方蜜蜂PGRP基因及其剪接异构体,并随机选择PGRP基因的5条剪接异构体通过RT-PCR验证序列的真实性。使用Gffcompare软件将鉴定到的PGRP基因序列比对至西方蜜蜂参考基因组以优化基因结构。采用Astalavista软件鉴定PGRP基因的可变剪接(alternative splicing,AS)事件类型,再通过RT-PCR和Sanger测序验证AS事件。利用相关软件预测和分析PGRP基因剪接异构体编码蛋白的理化性质和分子特征。采用RT-qPCR检测东方蜜蜂微孢子虫接种后西方蜜蜂工蜂成虫中肠中PGRP基因剪接异构体的相对表达量。【结果】共鉴定到西方蜜蜂的4个PGRP相关基因(PGRP-3,PGRP-S2,PGRP-LC和PGRP-LB)及其19条剪接异构体。通过RT-PCR与Sanger测序证实了PGRP基因5条剪接异构体(rna14029,ONT.6350.8,ONT.6350.10,rna24089和ONT.6350.7)的表达和序列真实性。PGRP-3(gene10434)的5′和3′端分别延长了8和1055 bp,PGRP-S2(gene10435)的5′和3′端分别延长了27和234 bp。通过RT-PCR证实了PGRP-S2的AS事件的真实性。剪接异构体ONT.6350.2编码蛋白的分子式为C_(966)H_(1502)N_(272)O_(275)S_(7),分子量约为21527.63 D,理论等电点为8.94,平均亲水性为-0.119,含有信号肽和PGRP结构域,不含跨膜结构域;剪接异构体ONT.6350.6编码蛋白分子式为C_(841)H_(1301)N_(243)O_(244)S_(5),分子量约为18860.46 D,�
- 冯佩林朱乐冉臧贺刘小玉康婧邱剑丰刘锋徐细建骆群陈大福郭睿郭睿
- 关键词：西方蜜蜂肽聚糖识别蛋白剪接异构体
