钟平 作品数:30 被引量:308 H指数:10 供职机构: 上海市疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 上海市医学重点学科(专科)建设项目 艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 哲学宗教 更多>>
中国HIV分子流行病学30年 被引量:63 2015年 1981年6月5日,美国疾病预防控制中心《发病率与病死率周报》(MMWR)发表了Gottlied报告洛杉矶5名年轻男同性恋者感染罕见的卡氏肺囊虫肺炎,尽管该报告当时并未引起关注,但该日被定为艾滋病发现日。1982年9月,美国疾病预防控制中心首次正式在MMWR将此病症命名为AIDS。1983年法国病毒学家Barre-Sinoussi等从1例AIDS患者淋巴结中分离出一种新的人类反转录病毒(LAV)。 汪宁 钟平关键词:艾滋病病毒 分子流行病学 HIV-1/HCV合并感染者中HCV基因亚型流行情况调查 被引量:9 2009年 目的了解中国部分地区HIV-1和HCV合并感染人群中HCV基因亚型的流行、分布及其与HIV-1感染疾病进展的关系。方法对186份获自河南、云南、新疆、吉林和辽宁省HW-1/HCV合并感染人群标本(HCV病毒载量〉1000cop/ml),用反转录巢式聚合酶链反应方法扩增血浆HCV核心基因区并进行基因亚型分型,同时检测HIV-1和HCV载量以及CD4+T细胞计数。结果(1)HCV不同基因亚型比例分别为1a(1.7%)、1b(39.9%)、2a(17.9%)、3a(10.4%)、3b(15.6%)、6a(1.2%)、6n(6.4%)和6型未鉴定亚型(7.5%)。HCV2a和1b主要流行于河南省既往有偿献血浆人员中;3a和3b亚型主要流行于新疆和云南静脉注射吸毒者(IDU)中;HCV6型主要流行于云南吸毒人员中。(2)1b亚型的HCVRNA水平显著高于非1b亚型,但在HIV-1载量和CD4+T细胞数方面差异无统计学意义。2a亚型的HIV-IRNA和HCVRNA水平显著低于非2a亚型。结论HW-1/HCV合并感染人群中HCV基因亚型的流行和分布与流行地区和感染途径有关。新的HCV6型亚型病毒株已经在合并感染的IDU人群中流行。尚未发现HCV基因亚型与HIV感染疾病进展之间的关系。 刘静 杨洋 宫菊丽 张子宁 张旻 王亚男 姜拥军 戚中田 潘启超 钟平 尚红关键词:丙型肝炎病毒 人免疫缺陷病毒 基因亚型 我国主要HIV-1流行株耐药基因型检测方法的研究 被引量:2 2012年 目的研究针对中国主要HIV-1流行株优化的实验室自建耐药基因型实验室自建检测方法(in—house)的扩增效果及检测敏感度。方法选取中国主要流行亚型的B、CRF07-BC、CRF01-AE亚型各10份样本,这些样本为2007—2009年本实验室采集采自河南、新疆、湖南三地已接受抗病毒治疗患者的样本,并已确定亚型。选用生物梅里埃公司的NuclisensEasyQ方法对选取的30份样本的病毒载量平行进行3次病毒载量检测,取平均值作为载量数值。对每份样本用HIV阴性血浆进行5个浓度的梯度稀释,稀释为〉1000、401~1000、101~400、50~100和〈50拷贝/ml5个浓度梯度。提取核酸后,进行RT—PCR和巢式PCR扩增,对扩增结果进行统计扩增结果,确定每种亚型的扩增效果和最低检测限。随机选取12份样本的初浓度和最低浓度进行测序,对测序结果进行耐药结果分析和序列一致性分析。结果所选样本的病毒载量介于2.03×102~5.92×104拷贝/ml之间。自建的In—house法对载量50—1000拷贝/ml范围的样本仍可达到较高的扩增效果(86%)。样本稀释前后耐药位点相似,序列一致性在97%以上,在低病毒载量时优势病毒株的检测则更敏感。结论自建的实验室方法的灵敏度较高,对低病毒载量水平的样本仍有较高的扩增效果。 牛建丽 邢辉 廖玲洁 钟平 马鹏飞 王允琮 赵全壁 邵一鸣关键词:抗病毒治疗 病毒载量 基因型 聚合酶链反应 近全长序列分析HIV-1独特型CRF01_AE/B'重组病毒基因 被引量:3 2008年 目的:对上海市发现的1例独特类型的CRF01_AE/B'重组病毒株进行近全长序列分析,以了解其DNA序列的特征。方法:应用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,分段扩增HIV-1近全长基因组相应片段,进行克隆、测序,并分析其遗传进化树和序列断点位置。结果:近全长序列分析提示,该患者所感染的病毒由CRFO1_AE和HIV-1B'亚型嵌合组成,两者各占约50%。其多聚酶蛋白基因(Pol)和外膜糖蛋白基因(Env)区均有HIV-1B'亚型片段和CRFO1_AE片段嵌合组成。2种亚型病毒DNA片段嵌合点的位置与过去报道的重组病毒株(CRF15_AE/B、CRF33_AE/B和CRF34_AE/B)均不同。结论:在我国常见流行的HIV-1 CRF01_AE重组病毒与B'亚型已在HIV-1感染人群中发生重组,其可能是在我国散发流行的独特型重组病毒株。 杨洋 周磊明 薛以乐 潘启超 康来仪 戚中田 钟平关键词:人免疫缺陷病毒I型 基因亚型 上海市新诊断114例人类免疫缺陷病毒Ⅰ型感染者的分子生物学研究 被引量:17 2006年 目的对上海市2004至2005年新诊断的114例人类免疫缺陷病毒I型(HIV-I)感染者进行分子流行病学调查,为确定上海市流行的HIV-1的分子生物学特征提供监测依据。方法应用逆转录聚合酶链反应扩增HIV-1多聚酶基因,DNA测序后进行进化系统树分析确定基因亚型并与国际耐药数据库比对辨别耐药性突变位点。结果1.114例中除1例不详外,本市户口33例,占28.95%,外来人口80例,占70.18%;经性传播感染51例,占44.74%,经静脉注射吸毒感染43例,占37.72%,经采供血和输血感染3例,占2.63%,感染途径不详17例,占14.91%;2.基因亚型分别为B亚型9例,占7.89%,B′亚型15例,占13.16%,C亚型1例,占0.88%,G亚型1例,占0.88%,CRF01-AE 38例,占33.33%,CRF07 BC46例,占40.35%和CRF08 BC 4例,占3.51%;3.耐药分析结果表明本次研究人群的耐药性主突变率为18.42%。与蛋白酶抑制剂(PRIs)和逆转录酶抑制剂(RTIs)耐药相关的基因主突变率分别为2.63%(3/114)和17.54%(20/114)。蛋白酶基因主突变位点突变频率为M461,占66.67%.M46L,占33.33%。逆转录酶基因主突变位点突变频率分别为M41L,占7.69%、A62V.占7.69%、F69S.占7.69%、V751/L,占15.38%、K103R,占25.00%、V1181.占23.08%、V179D/E/T,占33.33%、G190R,占8.33%、L210K/M/X,占38.46%、F227L/I,占16.67%、M230R,占8.33%和P236R,占8.33%。结论上海市新诊断的HIV-1感染者依然以静脉吸毒和性传播为主,感染者以外省市流动人门为主。HIV-1基因亚型流行呈多样性,主要以CRF01_AE,CRF07_BC和B/B’为主。在114例新诊断、尚未经抗病毒治疗的HIV-1感染者中,已存在与PRIs和RTIs耐药相关的基因主突变。 周磊明 潘启超 郑晓虹 宁镇 张玮 陈安琪 宫菊丽 卢伟 康来仪 钟平关键词:HIV-1 基因型 上海市常住人口HIV-1感染者基因亚型和耐药性突变横断面研究 被引量:28 2007年 目的:采用分层整群随机抽样原则,对本市95例已确诊的人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)感染者进行基因亚型和耐药性突变研究,以了解上海市HIV-1基因亚型及耐药性HIV-1的流行情况。方法:应用巢式RT-PCR扩增HIV-1聚合酶基因,经DNA测序后进行进化系统树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与国际耐药数据库比对,辨别耐药性突变位点,结合流行病学资料进行分析。结果:①在95例本市HIV感染者中经RT-PCR扩增并获得基因亚型序列70例,基因分型以CRF01_AE重组体30例(42.9%)为主,其余分别为B亚型6例(8.6%)、B’亚型10(4.3%)、G亚型2例(2.9%)、K亚型1例(1.4%)、CRF02_AG3例(4.3%)、CRF07_BC8例(11.4%)和CRF08_BC7例(10.0%),亚型间或重组体间二重重组体(CRF02_AG/CRF01_AE、B/CRF01_AE、K/G)3例(4.3%);②耐药分析结果表明,本组人群的蛋白酶抑制剂(PIs)原发耐药突变率为4.3%。在抗病毒治疗的HIV感染者15例中,11例(73.3%)发生反转录酶抑制剂(RTIs)耐药基因突变,其中核苷和非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变率分别为10例和11例(66.7%和73.3%),远高于未治疗者。结论:本研究分析了上海市HIV-1基因亚型和耐药突变的流行与变迁情况,对HIV-1遗传变异多样性和耐药监测体系的建立及上海市的艾滋病预防和控制工作有重要指导意义。 薛以乐 宫菊丽 郑晓虹 盖晶 张玮 宁镇 庄鸣华 潘启超 卢伟 钟平 康来仪关键词:人类免疫缺陷病毒-1 基因亚型 重组体 耐药突变 中国2007-2009年HIV-1耐药基因型检测质量评估结果 被引量:3 2012年 目的对2007-2009年统一发放至各省,针对艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)蛋白酶和反转录酶基因的耐药突变基因型外部质控品的检测结果,进行分析和检测技术能力评价。方法对3年共5次由各省提交的,应用实验室自建方法(In house)、Viroseq(雅培公司,Abbott)和TruGene(西门子公司,Siemens)检测系统获得的耐药基因型数据进行综合分析。质控盘由6份血浆(HIV-1B及B/C重组毒株)组成,覆盖病毒的蛋白酶和反转录酶基因区的野生型和耐药突变型。每份序列与共享序列比较,使用扣分制对各实验室的结果进行评价。结果除3家核心实验室外,累计有19个省23家省市级疾病预防控制中心(CDC)或医院自愿参加,共提交了95份结果,其中3家实验室使用ViroSeq检测系统;提交了9份结果;1家使用TruGene检测系统;提交了1份结果;其余85份使用in-house检测系统。考核品总的序列阳性率(获得合格序列率)为97.7%,其中的低载量(1 000拷贝/mL)样本均得到阳性结果;根据累计提交的序列结果看,耐药位点判读的完全一致率为78.9%(75/95),序列编辑分析的一致率也有76.8%(73/95)。参加能力验证的省市级实验室由2007年的15家增加到2009年下半年的23家,合格率(001PT)由73.3%上升到(004PT)95.2%,3次以上优秀的实验室有13家。结论目前的检测方法均可成功扩增中国主要亚型流行毒株。所有检测结果在各实验室间的一致性均较高,因此基因型耐药检测技术是可靠的,但各实验室检测能力也存在差异。我国具备耐药基因型检测能力的实验室数量不断增加,检测水平逐年提高。 邢辉 廖玲洁 钟平 李敬云 尚红 康来仪 杨娟 陈彬 全宇 赵全璧 汪宁 邵一鸣关键词:基因型耐药 HIV-1中和抗体的作用与机制及实验室检测进展 被引量:4 2008年 人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)中和抗体在防止病毒感染方面起到重要作用。最近的研究表明,中和抗体也能协同细胞免疫应答延缓感染者的疾病进程。HIV-1中和抗体主要通过结合HIV-1感染细胞过程中暴露的各种中间结构而干扰HIV-1进入靶细胞,从而阻断感染的发生。同时,病毒通过变异和外膜糖蛋白(Env)的高度糖基化发生免疫逃逸。目前中和抗体的检测主要依赖于体外中和试验,近年来研究者不断对该试验方案进行优化和标准化。对中和抗体作用的相关机制的逐渐阐明、相关检测技术的发展,必将推进疫苗研究的发展,并为疫苗评价提供新的可信的实验依据。 林怡 钟平关键词:中和抗体 艾滋病 人类免疫缺陷病毒-1 CRF01_AE毒株在我国的分子传播网络分析 被引量:8 2016年 目的构建我国HIV-1 CRF01_AE毒株分子传播网络,并分析网络特征。方法从洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV基因数据库(Los Alamos database)下载中国地区的CRF01_AE pol区基因序列并进行人口学信息核对。通过构建系统进化树、提取传播簇、最小基因距离选择及传播网络可视化4个步骤构建传播网络。运用卡方检验分析不同人群参与网络形成的比例和网络中度的分布。描述性分析不同人群和不同地区之间的传播关联。结果2 419条序列共形成250个大小介于2~25的传播网络,包括847个节点和610条边。度≥2的个体虽然只占网络中个体总数的26.4%(224/847),但与66.5%(563/847)的个体存在关联。男男同性性行为者(MSM)、男性异性性行为者、静脉药瘾者(IDUs)及女性异性性行为者参与网络形成的比例分别为37.6%(669/1 781)、28.4%(102/359)、16.1%(10/62)和30.4%(66/217),差异有统计学意义(χ^2=23.774,P〈0.001)。MSM人群中度≥2的比例(10.8%,193/1 781)显著高于男性异性性行为者(5.6%,20/359)和女性异性性行为者(4.6%,10/217)(P值分别为0.002和0.004)。网络中绝大多数(95.5%,639/669)MSM与其他MSM之间存在传播关联,仅有2.4%(16/669)的个体与女性异性性行为者之间存在传播关联,但有15.1%(10/66)的女性异性性行为者与MSM之间存在传播关联。男性异性性行为者与女性异性性行为者之间存在传播关联的比例为35.3%(36/102),与MSM之间具有传播关联的比例为9.8%(10/102)。网络中20.9%(177/847)的个体与其他省份之间存在传播关联。结论较少比例的超级传播者在CRF01_AE毒株的分子传播网络形成中起到了核心作用,不同人群和不同地区之间的毒株进行着活跃的传播。 李小杉 钟平 李伟 杜国平 方坤 宋玥 朱可心 郭艳 高蓉 颜文娟 宣杨 卫平民关键词:分子流行病学 传播网络 系统进化分析 某区男男性行为人群性伴网络特征与高危行为分析 被引量:8 2012年 [目的]了解男男性行为(MSM)人群性伴网络特征及该人群中高危性行为的发生情况,探讨性病(STDs)、人类免疫缺陷病毒(HIV)在该人群中传播及向普通人群传播的模式,为开展性病、艾滋病预防控制提供依据。[方法]通过艾滋病自愿咨询检测门诊、同性恋人群活动场所、同性恋QQ群内动员、"滚雪球"等途径寻找MSM人群,招募151人,采用面对面匿名问卷调查方式收集信息。[结果]151名被调查者中最近6个月有30人(19.9%)与异性发生过性行为,高危性行为的发生率为53.3%;与同性性活动情况,其中91人(60.3%)有同性固定性伴,76人(50.3%)与非固定同性性伴的人发生过多次男男性行为(简称有多次男性伴),77人(51.0%)发生过偶遇性行为(简称有偶遇男性伴),10人(6.6%)从事商业性行为。而在与固定性伴、多次男性伴、偶遇男性伴、商业性行为中高危性行为的发生率依次是69.2%、57.9%、50.6%、70.0%。与固定男性伴高危性行为的发生率高于与偶遇男性伴高危性行为的发生率(P=0.014)。最近6个月有2种及以上性伴类型占58.9%。30名已感染HIV者中有多次男性伴及偶遇男性伴类型的比例分别为53.3%和63.3%;有过多次男性伴、偶遇男性伴性行为者中发生高危性行为的比例分别为50.0%和63.2%。感染HIV者与固定男性伴发生高危性行为的率低于未感染HIV者(P=0.029)。[结论]MSM人群性伴网络复杂多样,高危性行为发生率高。不仅使HIV在该人群中容易传播,且该人群已成为向普通人群传播HIV的"桥梁"人群。 张永 石国政 殷方兰 钟平 Sarah Jane Steele Ted Myers关键词:男男性行为者 网络 高危性行为