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宏基因组分析平台建设与蛋白质组数据挖掘: 高通量测序技术对于生物医学研究来说是一次飞跃性的提高,它对于传统医学与疾病的研究而言更是一次革命性的改变,特别是对个性化医疗的普及和发展起着非常关键的作用。本文主要基于两种类型的数据,介绍了高通量生物医学数据在疾病研究中...; 徐西林; 关键词：高通量测序生物信息学蛋白质组学; 文献传递

基于两类全基因组距离的EV71型病毒亲缘关系分析: 2014年; [目的]了解世界各地EV71病毒的亲缘关系。[方法]下载了NCBI数据库所有EV71全基因组序列,以常用的Kimura 2-parameter距离和E距离进行距离矩阵邻接法建树。[结果]基于E距离和Kimura 2-parameter距离构建的进化树结果一致,2种方法均支持EV71进化树反映出的基于全基因组的病毒亲缘关系。[结论]E距离是病毒系统发育应用中另一种颇具潜力的新距离,能为鉴定EV71病毒亲缘关系提供支持。; 徐西林向妍张永生周玮; 关键词：EV71病毒全基因组亲缘关系

基于全基因组序列和E距离信息的CoxA16病毒亲缘关系分析: 2014年; 柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,CoxA16)病毒是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系,收集了NCBI数据库中注释有具体地区分布的23条CoxA16全基因组序列,分别采用Kimura2-parameter法和E距离法对病毒株进行亲缘关系分析。结果表明,基于E距离的系统进化树最大程度地吻合了Kimura 2-parameter遗传距离法构建的系统进化树,且E距离法普适性较强,颇具应用潜力,为更精确地判断病毒株之间的进化关系提供了一条新途径。; 向妍徐西林张永生谭泗桥李柯胡晓天周玮; 关键词：全基因组进化树

芳香羧酸衍生物驱避剂的非线性定量构效关系被引量：1: 2014年; 【目的】驱避剂可使害虫不敢接近受用者从而保护受用者免遭其害。建立高精度、可解释性强的非线性定量构效关系(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型对设计合成新的高效昆虫驱避剂有重要意义。【方法】基于37个芳香羧酸类化合物对家蝇Musca domestica的驱避活性,以量子化学计算软件PCLIENT获取每一化合物初始描述符,以二元矩阵重排过滤器、多轮末尾淘汰实施特征非线性筛选,以支持向量回归(support vector regression,SVR)建立非线性QSAR模型,以SVR非线性解释体系分析各保留描述符对驱避活性的影响。【结果】1 542个初始描述符的SVR模型F=1.2,特征筛选后6个保留描述符的SVR模型F=184.6,特征筛选对QSAR模型精度有重要影响。6个保留分子描述符的重要性依次为p4BCD>GATS7v>T(O..O)>JGI8>SssO>nArCONR2。【结论】保留描述符与芳香羧酸类化合物对家蝇驱避活性的非线性关系明显,获得了高精度、普适性强的非线性SVR-QSAR模型。; 李颗李向辉徐西林袁哲明; 关键词：驱避剂家蝇非线性定量构效关系支持向量回归

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徐西林