郝小虎
- 作品数：178 被引量：23H指数：3
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- 相关领域：自动化与计算机技术文化科学生物学交通运输工程更多>>
- 一种快速图形相似度判别方法
- 一种快速图形相似度判别方法，包括以下步骤：读入待比较图形对象，从图形对象里面提取出采样点的坐标；求得图形对象的质心坐标、离对象质心坐标最近和最远的采样点坐标，求得采样点和质心坐标、离对象质心坐标最近和最远的采样点坐标的平...
- 张贵军秦传庆周晓根郝小虎张贝金明洁
- 文献传递
- 蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法
- 2019年
- 针对蛋白质高维构象空间采样多样性问题,文中提出了一种蛋白质结构从头预测多级个体筛选进化算法(MlISEA)。基于进化算法框架,首先采用基于知识的Rosetta粗粒度能量模型作为优化目标函数,以降低构象空间优化变量维数;其次以基于9片段和3片段的片段组装技术为不同的变异策略,增加同代种群的多样性;同时,设计多级个体筛选方法,进一步增加不同代种群间的多样性;然后利用MonteCarlo算法较强的局部搜索能力对每个个体做局部增强,以得到当前的局部最优解;最后,得到全局最优解以及不同的局部最优解。10个目标蛋白的测试结果表明,所提方法能够有效提高采样多样性,得到TMscore大于0.5的预测构象,为进一步做结构修饰提供便利。
- 李章维郝小虎张贵军
- 关键词：进化算法MONTE
- 一种基于种群拥挤度识别的差分进化蛋白质结构预测方法
- 一种基于种群拥挤度识别的差分进化蛋白质结构预测方法，在差分进化算法(DE)的框架下，首先，对输入的查询序列进行随机片段组装，生成具有多样化折叠类型的初始构象种群；然后，依次选取种群中的个体作为目标个体，随机选取和目标个体...
- 张贵军郝小虎俞旭锋周晓根王柳静李章维
- 文献传递
- 一种基于模板自适应选择的多域蛋白结构组装方法
- 一种基于模板自适应选择的多域蛋白结构组装方法，首先，利用蛋白质比对工具对多域蛋白库的中各模板进行打分，并根据打分进行降序排名；然后，选择出排名靠前的部分模板进行组装，并对每个模板设置一个选择概率；其次，在组装过程中，每隔...
- 张贵军周晓根王柳静郝小虎
- 文献传递
- 一种基于残基接触信息辅助评价的蛋白质结构预测方法
- 一种基于残基接触信息辅助评价的蛋白质结构预测方法，首先，利用Robetta和RaptorX‑Contact得到片段库和接触图；其次，在种群进化的两个阶段，以不同的方式利用接触图辅助评价构象；最后，通过聚类得到最终预测结果...
- 张贵军谢腾宇孙科周晓根郝小虎王柳静
- 文献传递
- 一种基于LZW编码的道路交通空间数据压缩方法
- 一种基于LZW编码的道路交通空间数据压缩方法，首先，获取同一模态下、空间上的不同路段的道路交通数据建立道路交通特征参考序列，基于空间相关性分析，选择基准路段，并将其数据作为空间上的道路交通基准数据；其次，提取同一模态下、...
- 徐东伟王永东张贵军李章维周晓根郝小虎
- 一种基于局部抽象凸估计的群体全局优化方法
- 一种基于局部抽象凸估计的群体全局优化方法，在群体进化算法框架下，结合抽象凸理论，提出一种基于局部抽象凸估计的群体全局优化方法。通过对新生成个体的邻域信息构建松弛优化模型，基于分段线性凸包络的几何特征设计松弛模型的高效极值...
- 张贵军周晓根郝小虎梅珊陈铭秦传庆李章维
- 文献传递
- 一种基于副本交换和局部增强策略的群体构象空间搜索方法
- 一种基于副本交换和局部增强策略的群体构象空间搜索方法，在差分进化算法框架下，采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来有效降低构象空间搜索维数、提高算法的收敛速度；引入基于知识的片段组装技术可以有效提高预测精度...
- 张贵军郝小虎俞旭锋周晓根陈凯徐东伟
- 文献传递
- 一种多域蛋白模板无缝比对方法
- 一种多域蛋白模板无缝比对方法，从各单域蛋白的三维结构出发，首先，对模板的两端加上允许长度的空白序列；然后，采用蛋白质模板比对工具TM‑align搜索第一个单域蛋白在模板上的最佳比对位置，并从最后一个比对位置后的模板中搜索...
- 张贵军周晓根王柳静郝小虎
- 文献传递
- 一种基于局部Lipschitz支撑面的双层差分进化蛋白质结构预测方法
- 一种基于局部Lipschitz支撑面的双层差分进化蛋白质结构预测方法，首先，根据能量值选取当前种群中的最优构象，计算其他构象到最优构象的距离，并根据距离对所有构象进行排名；然后，选取离最优构象最近的部分构象建立Lipsc...
- 张贵军周晓根俞旭锋郝小虎王柳静徐东伟李章维
- 文献传递
