陈梦妮
- 作品数：24 被引量：82H指数：6
- 供职机构：云南省寄生虫病防治所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市“科技创新行动计划”中国全球基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 云南省输入性疟疾病例时间分布特征分析被引量：8
- 2017年
- 目的研究云南省输入性疟疾病例的时间分布特征,掌握输入性疟疾的流行动态。方法收集疟疾个案调查表和流行病学资料,剔除本地感染病例,整理归纳并进行统计分析。结果云南省输入性疟疾病例具有季节周期性(Q=26.574,P<0.05)和趋势性(Q=35.487,P<0.05),输入高峰为5月,低谷为2月,输入病例数差异有统计学意义(Z=-2.619,P<0.05)。简单季节性模型为最佳分析预测模型(R^2=0.677,BIC=4.867),残差序列为白噪声(Q=14.226,P>0.05)。运用模型对2016年1月、2月、3月的输入性疟疾病例数进行预测,预测值(95%CI)分别为29(7~50)、22(0~44)和31(8~54),实际发病数为29、24和38例,均在预测值的95%CI内。结论云南省输入性疟疾病例具有季节性和趋势性特征,所构建模型对近期病例有较好的预测效果。
- 毛祥华邓艳董莹陈梦妮徐艳春魏春唐烨榕
- 关键词：疟疾输入性
- 云南省1例伯氨喹诱发溶血患者的G6PD基因编码区突变分析及酶蛋白空间结构预测被引量：5
- 2019年
- 目的分析伯氨喹诱发溶血患者的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)基因突变对空间结构形成的影响。方法于2018年5月18日采集1例因服用伯氨喹出现溶血反应、G6PD酶活性下降75%的间日疟病例血样。提取血样的人基因组DNA,通过PCR分别扩增含G6PD基因exon2、exon3-7、exon8-9和exon10-13等12个外显子的片段并测序。整理获得的DNA序列与G6PD基因野生型、突变型序列比对,以确认12个外显子分别的起止点并拼接成exon2-13外显子的cDNA序列。用MEGA5.04软件分析cDNA序列的错义突变、同义突变和进行氨基酸链转换。采用SWISS-MODEL预测氨基酸链空间结构(www.swissmodel.expasy.org/interactive),PyMOL2.2.0软件修饰空间结构预测图。结果间日疟患者血样基因组经4个PCR反应体系扩增,分别获得含G6PD基因exon2、exon3-7、exon8-9、exon10-13外显子的336、2277、976和1421bp等4种目标产物。由测序结果整理获得12个外显子的cDNA链为1545bp,与野生型序列比对的同义突变、错义突变位点分别为c.1311T>C和c.1376G>T,导致437、459氨基酸呈Y/Y不变和R/L变异,空间位置均未在G6PD与NADP^+、乙醇酸配体的结合区。515aa氨基酸链的二聚体空间结构模型GMQE、QMEAN分别为0.97和0.66,建模质量高,与野生型模型(6eO7.1.A)比对,459氨基酸均处于模型表面,与NADP^+配体的结合区均包括238、357等16个残基;四聚体的建模质量略差,乙醇酸的配体结合区仅为47等6个残基,少于野生型的11个。结论G6PD基因编码区C.1311T>C同义突变与C.1376G>T错义突变同时存在,可能不影响该患者G6PD二个亚基的聚合及其与NADP+配体的结合,但四聚体的形成受到干扰。
- 董莹刘淑萍徐艳春刘言邓艳陈梦妮
- 关键词：伯氨喹溶血葡萄糖-6-磷酸脱氢酶
- 捕获和连接探针PCR与巢氏PCR检测疟原虫效果的比较被引量：2
- 2020年
- 目的了解捕获与连接探针PCR(CLIP-PCR)对疟原虫的确认诊断效果。方法云南省疟疾诊断参比实验室提供的血涂片镜检阴性和阳性者滤纸血样各70份,分别进行盲法CLIP-PCR和巢氏PCR检测,以巢氏PCR为金标准评价CLIP-PCR的检测效果及检测耗时,血样梯度稀释后测定CLIP-PCR最低检出阈值。结果检测140份血样,2种PCR检出假阳性和假阴性各1例,CLIP-PCR检测疟原虫的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和诊断准确度均为98.57%,kappa值为0.97;CLIP-PCR耗时13.91 h,较巢氏PCR耗时23.47 h缩短40.73%;梯度稀释后重复检测8次,≥3.2个虫/μl血检出率100%,0.32个虫/μl血检出率50%。结论CLIP-PCR检测疟原虫效果与巢氏PCR相同,重复性良好,更适用于大规模人群筛查。
- 林祖锐周耀武孙晓东徐艳春陈梦妮郑直
- 关键词：疟原虫
- 人体疟原虫乳酸脱氢酶基因多态性及B细胞表位预测
- 2022年
- 目的分析4种人体疟原虫乳酸脱氢酶(Plasmodium lactate dehydrogenase,pLDH)基因多态性并预测pLDH肽链B细胞抗原表位。方法收集传染病报告信息管理系统中登记的云南省疟疾病例血样和流行病学等信息。采用巢式PCR技术扩增4种人体疟原虫pLDH基因并测序,应用MEGA 7.0.26和DnaSP 5.10软件分析4种人体疟原虫p LDH基因DNA序列多态性,并采用免疫表位数据库(IEDB)预测pLDH肽链B细胞抗原表位。结果分别从153份间日疟、29份恶性疟、17份卵形疟和11份三日疟患者血样中获得间日疟原虫LDH(PvLDH)、恶性疟原虫LDH(PfLDH)、卵形疟原虫LDH(PoLDH)、三日疟原虫LDH(PmLDH)基因测序序列,分别定义15、2、4、2种单倍型,核苷酸多样性指数(π)为0.104。Po LDH基因种内分化程度较高,π为0.012;PvLDH、PfLDH和PmLDH基因π值均<0.001。4种人体疟原虫pLDH肽链可预测到4~5个/链的B细胞抗原活性区,活性得分约0.430;其中活性区短肽"86-PGKSDKEWNRD-96"为4种人体疟原虫共有的B细胞抗原表位,"266-GQYGHS(T)-271"仅出现在PvLDH和PoLDH肽链,PvLDH、PfLDH肽链特有的B细胞抗原表位分别是"212-EEVEGIFDR-220"和"208-LISDAE-213"。结论PoLDH基因多态性可能来自微弱的负向纯化选择,PvLDH、PfLDH、PmLDH基因则可能维持了相对保守状态。p LDH肽链近C端可能存在可区分间日疟、恶性疟原虫感染的B细胞抗原表位"212-EEVEGIFDR-220"和"208-LISDAE-213"。
- 黄和荣董莹邓艳徐艳春陈梦妮刘言张苍林
- 关键词：乳酸脱氢酶基因多态性B细胞表位表位预测
- 云南省重点地区疟疾病例G6PD基因突变研究被引量：1
- 2018年
- 目的通过分析云南省间日疟病例G6PD基因特征,摸清病例G6PD基因分子流行病学分布,为云南省疟疾规范治疗提供技术参考。方法收集2016年度云南省间日疟病例标本和病例流行病学史等信息,对照G6PD基因特征序列,采用聚合酶链式反应扩增目的基因片段,获得分析片段,对获取的片段进行电泳并进行序列测定。结果使用MEGA及SPSS进行分析,分析位点突变率、群体间遗传分化指数及地区间突变差异情况。结果共计检测样本188份,基因主要突变类型为点突变(point mutation),20280 C>T和1311 T>C突变率较高,突变率均为78.1%(147/188),1311 T>C系沉默突变(silent mutation),20280 C>T突变表现为单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism);未发现A95G、G1376T和G1388A突变。通过比对,云南间日疟病例G6PD基因与Gen Bank G6PD基因遗传距离为0.00~0.028,1311突变型(T>C)与1311野生型遗传距离为0.021。腾冲市1311 T>C突变率为92%(23/25),盈江县1311 T>C突变率为77.8%(102/131),两者差异无统计学意义(P>0.05)。结论云南省间日疟病例G6PD基因主要突变位点地区间差异不明显,现有的疟疾治疗方案不需要调整,但治疗时应密切关注药物性溶血的发生。
- 毛祥华邓艳徐艳春陈梦妮董莹
- 关键词：疟疾突变
- 云南省恶性疟原虫青蒿素耐药性相关基因K13 kelch结构域序列多态性的分析被引量：10
- 2016年
- 目的 分析云南省恶性疟现症病例中恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）K13基因kelch结构域的序列多态性，为掌握云南省恶性疟青蒿素耐药性提供依据。 方法 2013年1月-2015年12月，从云南省16个州（市）收集恶性疟现症病例的滤纸血样和相关信息，通过流行病学调查判定其感染来源，根据中国疾病预防控制信息系统疫情登记确认病例发现地。使用巢式PCR扩增恶性疟原虫K13基因kelch结构域并测序，与恶性疟原虫标准株3D7（PF3D7_1343700）序列进行比对。使用Mega 5.04分析序列多态，计算序列间变异位点、遗传距离等，计算氨基酸突变位点构成比并进行χ^2检验。 结果 2013-2015年共收集恶性疟现症病例血样202例，190例为输入性病例，12例为云南本地感染病例，各年的病例构成比分别为30.7％（62/202）、34.2％（69/202）和35.1％（71/202），呈逐年增多趋势。192例血样K13基因kelch结构域巢式扩增阳性，190例测序成功，66例存在K13基因错义突变，突变率为34.7%（66/190）。各年的突变病例检出构成比分别为40.9%（27/66）、37.9%（25/66）和21.2%（14/66），呈逐年减少趋势。共检出F446I、A578S、N458Y、P574L、A676D、G449A、C469Y、V566I、E556D和S16L等10种突变型，突变率最高的为F446I，占72.7%（48/66）。F446I突变型在18~56岁、农民、感染地为东南亚等病例中的检出比例分别为58.3%（28/48）、70.8%（34/48）和91.7%（44/48），高于同组其他病例的41.7%（20/48）、29.2%（14/48）和8.3%（4/48）（χ2=4.633、5.556、5.152，P＜0.05）。190例K13基因kelch结构域的同源性片段为248 bp，其中保守位点占94.8％（235/248），变异位点占5.2％（13/248），简约信息位点占2.0％（5/248），单态位点占3.2％（8/248）。190例DNA序列间遗传距离为0.000~0.036，平均为（0.001±0.001）。 结论 云南省恶性疟现症病例的K13基因kelch结构域存在10种突�
- 孙艾明董莹陈梦妮徐艳春邓艳毛祥华王剑
- 关键词：恶性疟原虫青蒿素耐药性多态
- 云南省不同感染来源间日疟原虫环子孢子蛋白基因多态和种群结构分析被引量：2
- 2020年
- 目的分析云南省不同感染来源间日疟原虫环子孢子蛋白(Pvcsp)基因序列,揭示当地Pvcsp基因的种群结构和遗传多样性。方法收集中国疾病预防控制中心传染病网络直报系统中2014-2017年报告的云南省本地和输入性间日疟病例流行病学资料及血样。提取血样中疟原虫基因组DNA,巢式PCR扩增并测序。采用MEGA 5.04、Arlequin 3.5.2.2软件进行单倍型、期望杂合度(He)分析,DnaSP 5.10计算核苷酸多样性(TT)、同义置换率(Ks)、错义置换率(Ka)及群体间遗传分化指数(Fst)。结果共检测间日疟病例血样969份,扩增获得650~750 bp大小的目的条带759份,包括云南本地感染者血样39份、非洲16份、缅甸688份、老挝13份、柬埔寨2份、巴基斯坦1份。单倍型分析结果显示,759条Pvcsp基因序列存在90个单倍型,其中29个为PV-I型温带族(类似VK210型),50个为PV-Ⅰ型热带族(类似VK210型),11个为PV-Ⅱ型(类似VK247型);3种基因型所占比例分别为51.4%(390/759)、41.1%(312/759)、7.5%(57/759),分布于云南本地感染、缅甸输入性病例中,但非洲、老挝及其他地区的输入性病例只表现为PV-Ⅰ型。PV-Ⅰ型、PV-Ⅱ型氨基酸序列突变分别发生在29、10个位点。759份病例血样的He为0.224,π为0.075,Ka/Ks为0.48。除去柬埔寨和巴基斯坦,Pvcsp基因在老挝输入性病例中的遗传多样性最高(He=0.422,π=0.03),云南本地与非洲输入性病例中的遗传分化最高(Fst=0.082),与缅甸输入性病例的遗传分化最低(Fst=0.002);Pvcsp基因在非洲与东南亚地区输入病例中属中等程度的遗传分化,在东南亚地区输入病例中遗传分化很小。结论云南省不同感染来源间日疟原虫环子孢子蛋白基因存在3种基因型,以PV-Ⅰ型温带族为优势虫株,不同基因型的种群结构和遗传分化不同。
- 徐艳春董莹邓艳毛祥华陈梦妮张苍林江陆斌
- 关键词：间日疟原虫多态性种群结构
- 2012－2014年云南省疟疾实验室诊断质量分析被引量：21
- 2015年
- 目的分析云南省的省、县两级实验室疟疾镜检诊断质量及影响因素。方法 2012年8月-2014年10月,云南省各疫情报送单位采集镜检确诊为疟疾的患者血样,制作血涂片和滤纸血送至省级疟疾参比实验室进行镜检和基因检测,并统计分析省、县两级实验室疟疾诊断的符合性。结果 2012年8月-2014年10月云南省的72个县镜检确诊疟疾病例1 400例,其中恶性疟、间日疟和未分型疟疾分别占18.4%(252/1 400)、79.3%(1 105/1 400)和3.1%(43/1 400),未分型疟疾比例最高为2012年的3.5%(9/257)。2012年云南各县与省级疟疾参比实验室疟原虫镜检结果的虫种符合率为70.1%(845/1 216),为2012-2014年期间的最低水平,血片疟原虫阳性符合率为77.6%(943/1 216)。各县的疟原虫镜检结果与省级实验室基因检测的虫种符合率、阳性符合率也是2012年最低,分别为81.3%(150/185)和85.0%(157/185)。省级实验室镜检与基因检测结果的不符合率为8.7%(97/1 120),不符合类型中以镜检阴性而基因检测为恶性疟原虫、间日疟原虫或恶性疟/间日疟原虫混合感染为主,占57.7%(56/97)。各县采集疟疾病例血样的覆盖率最低为2012月11月的46.9%(82/175)。2012-2014年全省血涂片制作质量得分分别为69.8、70.4和78.8(P<0.05)。结论 2013年后除个别县外,云南省的县级疟疾实验室诊断各环节的工作质量均显著提高。
- 董莹毛祥华陈梦妮邓艳王剑徐艳春
- 关键词：疟疾实验室
- 云南省输入性间日疟原虫多药抗性蛋白1基因突变多态性分析
- 2023年
- 目的分析云南省输入性间日疟原虫的多药抗性蛋白1基因(Pvmdr1)突变多态性。方法对云南省2020年和2021年诊断为间日疟原虫感染的病例血样进行Pvmdr1全基因扩增及测序,以间日疟原虫Sal‑Ⅰ分离株的序列(GenBank登录号:NC_009915.1)为模板设计PCR反应引物,用MEGA 5.04软件与编码区参比序列(GenBank登录号:XM_001613678.1)进行比对,用DnaSP 6.11.01软件分析单倍型和单核苷酸多态(SNP)位点及其突变类型,并计算核酸多样性指数π、单倍型期望杂合度(He)等,用Network 10.0软件构建中介网络进化图。结果共收集276份输入性间日疟患者血样,其中自缅甸感染病例占99.3%(274/276),自非洲、巴基斯坦感染各占0.4%(1/276)。259份血样扩增获得4392 bp的Pvmdr1全基因序列,提交GenBank获得的登录号为OP559204~OP559462。259条DNA序列π、Ka/Ks比值分别为0.00076和3.6006,共检出22个SNP,包括13个非同义突变和9个同义突变。仅c.4074C>T位点突变在2020、2021年的检出率[15.0%(21/140)、5.9%(7/119)]差异有统计学意义(χ^(2)=5.546,P<0.05)。次等位位点为c.1587A>G(97.9%,253/259),新检出SNP包括c.2499G>T(2.3%,6/259)、c.3358C>T(0.4%,1/259)、c.3832C>T(0.4%,1/259)。c.3064C>T、c.4065A>G、c.3358C>T和c.3832C>T突变位点仅在2021年的患者血样中检出,其中前2个SNP从非洲感染的分离株中检出,后2个SNP从缅甸感染的分离株中检出。259条Pvmdr1完整编码区与参比序列(单倍型Hap_1)比对,识别出26种单倍型(Hap_2~Hap_27),均为参比序列(单倍型Hap_1)的突变型,He为0.8907。其中,Hap_8的检出率最高(18.5%,48/259),非洲感染分离株中仅检出Hap_19。2020、2021年的患者血样中检出的单倍型种类分别有15和22种,当年独有的单倍型分别为4和10种。Hap_10在2020、2021年患者血样中的检出率分别为15.0%(21/140)和3.4%(4/119),差异有统计学意义(χ2=22.264,P<0.05)。不同单倍型的多重突变识别结果显示,4重、5重、6重、7重、9重、10�
- 丁红芸董莹徐艳春邓艳刘言吴静陈梦妮张苍林
- 关键词：间日疟原虫突变
- 不同感染来源间日疟原虫抗叶酸类药物相关基因的研究被引量：2
- 2018年
- 目的分析云南省不同感染来源间日疟原虫抗叶酸类药物抗性相关基因二氢叶酸还原酶基因(Pvdhfr)和二氢叶酸合成酶基因(Pvdhps)的突变特点。方法收集2012年8月-2016年12月寄生虫病防治信息管理系统登记报告的云南省间日疟病例血样和流行病学史等信息。提取疟原虫DNA,巢式PCR扩增Pvdhfr和Pvdhps基因并测序,测序序列与Gen Bank中的间日疟原虫Pvdhfr(登录号为X98123)、Pvdhps基因(登录号为PVX_123230)参比序列比对。用MEGA 5.04、Arlequin 3.5.1分析Pvdhfr和Pvdhps基因的单倍型、期望杂合度(He)、遗传分化指数(Fst)等。用Network 4.6.0、Arc Gis10.1构建单倍型网络进化图和突变型分布图。结果 共收集1 203份疟疾病例血样,缅甸、非洲、云南本地感染病例血样分别为1 060、79和64份。Pvdhfr、Pvdhps基因PCR扩增产物分别测序成功272份和708份。分析结果显示,Pvdhfr基因的272条序列存在53种单倍型,He为0.243,其中云南本地分离株群体的He最高,为0.667;12个位点均为野生型的频率是8.1%(22/272),其余52种单倍型在12个位点上存在单点或双重、三重、四重、五重、六重错义突变的不同突变型。Pvdhps基因的708条序列存在35种单倍型,He为0.153,其中缅甸感染分离株群体的He最高,为0.142;5个位点均为野生型的频率是36.2%(256/708),其余34种单倍型在5个位点形成29种错义突变,产生单点、双重、三重、四重等多种突变型。Pvdhfr及Pvdhps基因均以野生型为起始,再按单重突变到多重突变的路径逐步进化。Pvdhfr基因的野生型和突变型血样中,Pvdhps基因突变型的比例分别为18.2%(4/22)和65.6%(147/224)。Pvdhps、Pvdhfr基因突变型的血样分别分布在14和9个州(市),且以缅甸感染血样占多数,分别占97.3%(440/452)和95.4%(144/151)。结论云南省不同感染来源间日疟原虫抗叶酸类药物抗性相关基因Pvdhfr、Pvdhps的突变率、突变程度均高。
- 董莹邓艳陈梦妮徐艳春毛祥华王剑孙艾明薛靖波
- 关键词：间日疟原虫二氢叶酸还原酶抗性相关基因突变
